bowtie2-align-s - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

bowtie2-align-s - sıralamayı hizalamak için ultra hızlı ve bellek açısından verimli arka uç aracı
uzun referans dizilerini okur

TANIM

Bowtie 2 sürüm 2.2.6, Ben Langmead tarafından ([e-posta korumalı], www.cs.jhu.edu/~langmea)

KULLANIM

bowtie2-align [seçenekler]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Dizin dosya adı öneki (sondan eksi .X.bt2). NOT: Bowtie 1 ve Bowtie 2 indeksleri
uyumlu değil.

Dosyalarla eşleştirilmiş #1 eşli dosyalar .

Dosyalarla eşleştirilmiş #2 eşli dosyalar .

Eşlenmemiş okumaları olan dosyalar.

SAM çıktısı için dosya (varsayılan: stdout)

, , virgülle ayrılmış listeler olabilir (boşluksuz) ve belirtilebilir
bir cok zaman. Örneğin '-U dosya1.fq, dosya2.fq -U dosya3.fq'.

SEÇENEKLER (varsayılanlar in parantez)

Giriş:
-q sorgu girdi dosyaları FASTQ .fq/.fastq şeklindedir (varsayılan)

--qseq sorgu girdi dosyaları Illumina'nın qseq biçimindedir

-f sorgu girdi dosyaları (multi-)FASTA .fa/.mfa'dır

-r sorgu girdi dosyaları ham satır başına bir dizidir

-c , , dizilerin kendileridir, dosyalar değil

-s/--atlamak
ilkini atla girişte okur/çiftler (yok)

-u/--kadar
önce dur okur/çift (sınırsız)

-5/--kırp5
kırpmak okumaların 5'/sol ucundan bazlar (0)

-3/--kırp3
kırpmak okumaların 3'/sağ ucundan bazlar (0)

--phred33
nitelikler Phred+33'tür (varsayılan)

--phred64
nitelikler Phred+64

--int-nitelikler
boşlukla sınırlandırılmış tam sayılar olarak kodlanmış nitelikler

Ön ayarlar:
İle aynı:

İçin --uçtan uca:

--çok hızlı -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--hızlı -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--duyarlı -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (varsayılan)

--çok hassas -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

İçin --yerel:

--çok hızlı-yerel -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--hızlı-yerel -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--duyarlı-yerel -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (varsayılan)

--çok-duyarlı-yerel -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

hizalama:
-N
tohum hizalamasında maksimum # uyumsuzluk; 0 veya 1 (0) olabilir

-L
tohum alt dizilerinin uzunluğu; >3, <32 (22) olmalıdır

-i
tohum alt dizileri arasındaki aralık w/r/t read len (S,1,1.15)

--n-tavan
aln'de izin verilen maksimum A/C/G/T'ler için işlev (L,0,0.15)

--dpad
Dahil etmek DP tablosunun kenarlarında ekstra referans karakterleri (15)

--gbar
boşluklara izin verme aşırı okuma sayısı (4)

--ignore-quals
Phred ölçeğinde tüm kalite değerlerini 30 olarak ele alın (kapalı)

---nofw okumanın (kapalı) ileri (orijinal) versiyonunu hizalamayın

--norc okumanın ters tamamlayıcı sürümünü hizalamayın (kapalı)

--no-1mm-ön
optimal tohumlama için taramaya çalışmadan önce 1 uyumsuz hizalamaya izin vermeyin
hizalamalar

--uçtan uca
tüm okuma hizalanmalıdır; kırpma yok (açık)

OR

--yerel
yerel hizalama; uçlar yumuşak kırpılmış olabilir (kapalı)

puanlama:
--ma
maç bonusu (0 için --uçtan uca, 2 için --yerel)

--mp
uyumsuzluk için maksimum ceza; daha düşük nitelik = daha düşük ceza (6)

--np
okuma/başvuruda A/C/G/T olmayanlar için ceza (1)

--rdg ,
açık oku, cezaları uzat (5,3)

--rfg ,
referans boşluğu açık, cezaları uzat (5,3)

--skor-dk minimum kabul edilebilir hizalama puanı, w/r/t okuma uzunluğu
(Yerel için G,20,8, uçtan uca için L,-0.6,-0.6)

Raporlama:
(Varsayılan)
MAPQ ile birden fazla hizalama arayın, en iyi şekilde rapor edin

OR

-k
rapor etmek okuma başına alns; MAPQ anlamlı değil

OR

-a/--herşey
tüm hizalamaları rapor edin; çok yavaş, MAPQ anlamlı değil

Çaba:
-D
sonra uzatmaktan vazgeç başarısız uzatmalar (15)

-R
tekrarlayan tohumlarla okumak için deneyin tohum setleri (2)

Eşleştirilmiş uç:

-I/--mininler
minimum parça uzunluğu (0)

-X/--maxins
maksimum parça uzunluğu (500)

--Fr/-rf/-ff -1, -2 montaj ilişkileri ileri/geri, devir/fw, fw/fw (--Fr)

--karışıksız
eşleştirilmiş okumalar için eşleştirilmemiş hizalamaları bastır

--uyumsuz
eşleştirilmiş okumalar için uyumsuz hizalamaları bastır

--hayır-kırlangıç
eşler birbirini geçtiğinde uyumlu değil

--içermez
bir montaj ilişkisi hizalaması diğerini içerdiğinde uyumlu değil

-- örtüşme yok
montaj ilişkileri hiç örtüştüğünde uyumlu değil

Çıktı:
-t/--zaman
arama aşamaları tarafından alınan duvar saati süresini yazdır

--sessizlik
ciddi hatalar dışında stderr'e hiçbir şey yazdırma

--met-dosyası
metrikleri şu adresteki dosyaya gönder: (kapalı)

--met-stderr
metrikleri stderr'e gönder (kapalı)

--tanışmak
her seferinde dahili sayaçları ve metrikleri raporlayın saniye (1)

--hayır-ünal
hizalanmamış okumalar için SAM kayıtlarını bastır

--kafasız
başlık satırlarını, yani @ ile başlayan satırları gizle

--hayır-kare
@SQ başlık satırlarını bastır

--rg kimliği
@RG satırına ve RG:Z: opt alanına yansıtılan okuma grubu kimliğini ayarla

--rg
Ekle ("lab:değer") SAM başlığının @RG satırına. Not: @RG satırı yalnızca yazdırılır
ne zaman --rg kimliği ayarlanır.

--omit-sn-seq
ikincil hizalamalar için SEQ ve QUAL alanlarına '*' koyun.

performans:
-p/--İş Parçacığı başlatılacak hizalama iş parçacığı sayısı (1)

--yeniden sırala
SAM çıkış sırasını giriş okuma sırasına uymaya zorla

--mm dizin için bellek eşlemeli G/Ç kullanın; birçok 'papyon paylaşabilir

Diğer:
--qc-filtre
QSEQ filtresine göre kötü olan okumaları filtreleyin

--tohum
rastgele sayı üreteci için tohum (0)

--kararsız tohum randı. gen. okuma niteliklerini kullanmak yerine keyfi olarak

--versiyon
sürüm bilgilerini yazdır ve çık

-h/--Yardım
bu kullanım mesajını yazdır

Onworks.net hizmetlerini kullanarak bowtie2-align-s'yi çevrimiçi kullanın