Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_fastam9_to_tablep komutudur.
Program:
ADI
fastm9_to_table - FASTA -m 9 çıkışını NCBI -m 9 tablo çıkışına çevir
SİNOPSİS
fastm9_to_table [-e değer filtresi] [-b bit puan filtresi] [--başlık] [-o çıkış dosyası] girdi dosyası1 girdi dosyası2 ...
AÇIKLAMA
Komut satırı seçenekleri:
-e/--evalue evalue -- edeğere göre filtrele
-b/--bitscore bitscore -- bitscore göre filtrele
--header -- sütun başlığını yazdırmak için boole bayrağı
-o/--out -- veri yazmak için isteğe bağlı çıktı dosyası,
aksi takdirde STDOUT'a yazacaktır
-h/--help -- bu belgeleri göster
Teknik olarak bir SearchIO betiği değildir, çünkü bu herhangi bir Bioperl bileşeni kullanmaz, ancak bir
kullanışlı ve hızlı. Çıktı, standart NCBI -m9 sütunlarıyla tablo çıktısıdır.
sorgu adı
isim vurmak
yüzde kimlik
hizalama uzunluğu
sayı uyumsuzlukları
sayı boşlukları
sorgu başlangıcı (dönüş dizisi başlangıcında > bitişindeyse)
sorgu sonu
starta basın (dev-iplik başlangıç > bitiş ise)
son vuruş
değerlendirmek
bit puanı
Ek olarak 3 sütun daha sağlandı
fasta puanı
sw-skor
yüzde benzer
sorgu uzunluğu
vuruş uzunluğu
sorgu boşlukları
boşlukları vurmak
YAZAR - Jason Stajiç
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_fastam9_to_tablep'i çevrimiçi kullanın
