bp_hivqp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

bp_hivq.PL - Bio::DB::HIV için etkileşimli bir komut satırı arayüzü ve
Biyo::DB::Sorgu::HIVQuery

SİNOPSİS

$ perl bp_hivq.PL
hivq> sorgu C[alt tip] SI[fenotip]
hivq> ön çalıştırma
80 dizi döndürüldü
Sorgu: C[alt tip] SI[fenotip]
hivq> csi.fas dosya dışı
hivq> koşmak
İndirme tamamlandı.
hivq> dosya dışı dsi.fas
hivq> D[alt tip] SI[fenotip]'i çalıştır
İndirme tamamlandı.
hivq> sayım
25 dizi döndürüldü
Sorgu: D[alt tip] SI[fenotip]
hivq> çıkış
$

TANIM

BioPerl modülleri Bio::DB::HIV ve Bio::DB::Query::HIVQuery birlikte toplu sorgulara izin verir
basit bir sorgu kullanarak Los Alamos Ulusal Laboratuvarlarının HIV Dizisi Veritabanına karşı
dilim. "bp_hivq.PL" hem bu modüllerin kullanımına ilişkin bir örnek hem de bir
LANL HIV DB için bağımsız etkileşimli komut satırı arabirimi. Basit komutlar izin verir
kullanıcı, içinde uygulanan sorgu dilini kullanarak HIV dizilerini ve açıklamalarını alır.
Bio::DB::Sorgu::HIVQuery. Daha fazla ayrıntı için bu modüllerin kılavuz sayfalarını ziyaret edin.

KULLANIM

Komut dosyasını "perl bp_hivq.PL" veya Unix'te "./bp_hivq.PL" kullanarak çalıştırın. göreceksin

hivq>

çabuk. Sıra ve açıklama verilerini almak için sorguları olan komutları yazın. Bkz.
Örnek bir oturum için ÖZET. Kullanılabilir komutlar aşağıda açıklanmıştır.

İPUÇLARI
LANL veritabanı oldukça karmaşık ve kapsamlıdır. keşfetmek için "bul" özelliğini kullanın.
kullanılabilir veritabanı tabloları ve alanları. Belirli bir alan için takma adları belirlemek için şunu kullanın:
"takma adı bul [alan adı]". Örneğin, garip bir şekilde adlandırılmış alana kısa bir takma ad bulmak için
"seq_sample.ssam_second_receptor", yap

hivq> takma adı bul seq_sample.ssam_second_receptor

hangi döner

çekirdek alıcı ikinci alıcı

Şimdi, aşağıdaki sorgu yerine

hivq> C[alt tür] CCR5[seq_sample.ssam_second_receptor]'u çalıştırın

yapabileceğini biliyorsun

hivq> C[alt tip] CCR5[coreceptor]'u çalıştırın

Alınan dizileri alan dosyayı ayarlamak için "outfile" komutunu kullanın. Yapabilirsiniz
sırasında yeni bir "outfile" komutu vererek mevcut çıktı dosyasını değiştirin.
oturum, toplantı, celse. Çıktı dosyası varsayılan olarak standart çıktıdır.

Bir sorguyu veritabanına çarpmadan doğrulamak için "query" komutunu kullanın. "Ön çalıştırmayı" kullanın
veya bir sorgu için dizi isabetlerinin sayısını almadan almak için "count" komutları
veri. Tam bir sorgu gerçekleştirmek için "çalıştır" veya "yap" kullanın, dizi verilerini
şu anda ayarlanmış çıktı dosyaları.

"bp_hivq.PL" komutlarını toplu olarak işlemek için bir metin dosyası oluşturun ("bp_hivq.cmd", örneğin)
her satırda bir tane istenen komutları içeren. Ardından, aşağıdakileri kabuktan yürütün:

$ kedi bp_hivq.cmd | perl bp_hivq.PL

KOMUTLAR

İşte komutların tam listesi. Tek parantez içindeki seçenekler ("[req_option]")
gereklidir; çift ​​parantez içindeki seçenekler ("[[opt_option]]") isteğe bağlıdır.

onayla : Daha önce etkileşimli onayı aç/kapat
sorguları yürütme
çıkış: Komut dosyasından çık
find : Veritabanı şemasını keşfedin
tabloları bul Tüm veritabanı tablolarını görüntüle
alanları bul Tüm veritabanı alanlarını görüntüle (sütunlar)
[tablo] alanları bul [tablo] içindeki tüm alanları göster
[field] takma adını bul [field] için geçerli takma adları göster
help [[komut]] : Komut yardımını göster
[[komut]] belirtilmemişse, hepsini listeleyin
kullanılabilir komutlar
id : Geçerli oturum kimliğini göster
outfile [filename] : Alınan verileri toplamak için dosya ayarla
ping : LANL DB'nin mevcut olup olmadığını kontrol edin
prerun [[query]] : Sorguyu yürütün, ancak yalnızca isabet sayısını alın
[[sorgu]] belirtilmemişse, geçerli sorguyu kullanın
sorgu [sorgu] : Geçerli sorguyu doğrulayın ve ayarlayın
[[query]] komutunu çalıştırın: Sorguyu yürütün ve verileri alın
[[sorgu]] belirtilmemişse, geçerli sorguyu kullanın
durum : Komut dosyasının mevcut durumunu göster

güle güle : 'çıkış' için takma ad
config: 'durum' için takma ad
count : 'prerun' için takma ad
do : 'koşmak' için takma ad
out : 'outfile' için takma ad
çıkın: 'çıkış' için takma ad

SEÇENEKLER

-v : ayrıntılı; dahili hata ayıklama () işlevini açar

GERİ BİLDİRİM

Posta Listeler
Kullanıcı geri bildirimi, bu ve diğer Bioperl modüllerinin gelişiminin ayrılmaz bir parçasıdır. Göndermek
yorumlarınızı ve önerilerinizi tercihen Bioperl posta listesine. Senin katılımın
çok takdir edilmektedir.

[e-posta korumalı] - Genel Tartışma
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Posta listeleri hakkında

Raporlama Bugs
Hataları ve hatalarını takip etmemize yardımcı olması için hataları Bioperl hata izleme sistemine bildirin.
çözüm. Hata raporları web üzerinden gönderilebilir:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

YAZAR - işaret A. Jensen

Mark A. Jensen[e-posta korumalı]>

onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi bp_hivqp kullanın