Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_sreformatp komutudur.
Program:
ADI
bpsreformat - sıra biçimlerini dönüştürün
TANIM
Bu komut dosyası, dizi biçimlerinin dönüştürülmesine izin veren SeqIO sistemini kullanır.
dizi verileri veya çoklu dizi hizalama verileri. Adı, Sean'ın
Eddy'nin programı sreformat (HMMER pkg'nin bir parçası) bunu zaten yapıyor. Sean'ın programı denemeleri
Kodumuzdayken giriş biçimlerini tahmin etmek için şu anda ne olduğunu belirtmenizi istiyoruz.
giriş ve çıkış biçimleri ve eğer veriler bir çoklu dizi hizalamasından veya
düz dizi dosyaları.
Kullanımı:
bpsreformat -if INFORMAT -of OUTFORMAT -i DOSYA ADI -o çıktı.FORMAT
-h/--help Bu yardımı yazdır
-if/--informat Giriş biçimini belirtin
-of/--outformat Çıktı biçimini belirtin
-i/--input Giriş dosyası adını belirtin
(STDIN'deki verileri iletmek için dosya adı olarak eksi işaretini kullanın)
-o/--output Çıktı dosyası adını belirtin
(STDOUT'ta veri iletmek için dosya adı olarak eksi işaretini kullanın)
--msa Bunun çoklu dizi hizalama verisi olduğunu belirtin
--special Özel parametreleri AlignIO/SeqIO'ya iletir
nesne -- bunların çoğu Bio::AlignIO nesneleri içindir
Aşağıdakilerin virgülle ayrılmış listesi
interleaved yok -- phylip için, interleaved olmayan format
idlinebreak -- phylip için onu molphy formatı yapar
yüzdeler -- küme için, satır başına kimlik %'sini göster
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi bp_sreformatp kullanın
