Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut sirkleridir.
Program:
ADI
____ _
/ ____(_)_ __ ___ ____ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |____| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|____/
yuvarlak iyidir
circos - dairesel olarak birleştirilmiş bilgi grafikleri oluşturun
SİNOPSİS
# yapılandırma dosyasının konumunu tahmin edin
sirkler
# özel yapılandırma dosyasını kullan
circos -conf circos.conf [-sessiz]
# gerekli modülleri teşhis edin
sirk modülleri
# adam sayfası
sirk -adam
# kod bileşenleri için ayrıntılı hata ayıklama
# görmek http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GRUP1,[GRUP2,...]
# tam hata ayıklama
circos -debug_group _all
# bir bloğun (veya blok ağacının) yapılandırma dökümü
# REGEXP ile eşleşen herhangi bir parametre (isteğe bağlı)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}
# geçersiz kılma yapılandırma parametreleri
circos -param görüntü/yarıçap=2000p -param ideogram/göster=hayır
# eğlence için - aşağıdakiler dışında görüntüdeki tüm renkleri rastgele seçin
# COLOR1 ve COLOR2
circos -rastgelerenk RENK1,[COLOR2,...]
TANIM
Circos, verileri dairesel bir düzende görselleştirmek içindir, ilişkileri keşfetmek için idealdir
nesneler veya konumlar arasında Dairesel bir düzenin olmasının başka nedenleri de var.
avantajlı, en az değil çekici olduğu gerçeği.
Sirke bir çözüm değil. Görselleştirme sorunlarını çözmek için bir araçtır. verilen için
sorun, uygun olduğu garanti edilmez.
Her bir veri öğesinin nasıl görüntülendiği üzerinde tam kontrole sahip olursunuz, bu da eşleştirmenize yardımcı olur.
alaka düzeyi.
YAPILANDIRMA
Ayarların düz metin yapılandırma dosyası kullanılarak iletilmesi amaçlanmıştır. Bu dosya olabilir
Circos'un tamamen otomatikleştirilmesine izin veren manuel olarak veya başka bir komut dosyası tarafından oluşturulur.
Tam belgeler için bkz.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>
Sözdizimi
Yapılandırma düz metindir ve hiyerarşik bloklardan oluşur. gibi bazı bloklar
" zorunludur, diğerleri ise " isteğe bağlıdır.
Başlamak için hızlı kılavuz eğitimine bakın.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>
Tipik bir yapılandırma dosyası şöyle görünebilir
# görüntü boyutu ve biçimi
...
# ideogramların konumu ve boyutu
...
# veri parçalarının konumu, türü ve biçimi
...
...
# renkler, yazı tipleri ve dolgu desenleri
< >
# sistem parametreleri
< >
Modülarite
"< > yönergesi, bir yapılandırma dosyasını diğerine aktarır. Bu
tesis, yapılandırma dosyalarını modüler tutmaya yardımcı olur.
Renk ve yazı tipi tanımları gibi sık sık değişmeyen parametre tanımları,
geleneksel olarak bulunan dosyalardan içe aktarılır vesaire/ dağıtımda.
Öğreticilerde, " ve " bloklar içe aktarılır
ana yapılandırma dosyası. Bu bloklar oldukça büyüyebildiğinden, ana
yapılandırma dosyası, ayrı dosyalara indirgenirse daha okunaklı olur.
ağır basan ile *
Bir dosyadan eklenen bir parametreyi geçersiz kılmak için "*" son ekini kullanın. son ek
durumlar dışında bir parametrenin birden çok tanımına izin verilmediğinden gereklidir
burada bir parametre birden fazla değere sahip olabilir.
# dahil edilen dosya 'yarıçapı' tanımlar
< >
# bu, yarıçap değerini geçersiz kılar
yarıçap* = 2500p
Bir blokta hangi değerin öncelikli olduğunu belirtmek için "*" soneki tekrarlanabilir.
yarıçap = 1500p
yarıçap* = 2500p
yarıçap** = 3000p # bu yarıçap örneği kullanılacak
ağır basan ile Komuta çizgi
Benzersiz bir blok adındaki herhangi bir yapılandırma parametresi komut satırında belirtilebilir
kullanma
-param YOL/PARA=değer
Örneğin,
göster = hayır
...
-param ideogram/göster=hayır
ve
varsayılan = 0.01r
...
-param ideogram/aralık/varsayılan=0.01r
Ne zaman konf() yapılandırma dosyasında bir parametrenin değerini almak için kullanılır (herhangi bir
sadece -param ile ayarlananlar değil), parametreyi değiştirmek için esnek bir sistem elde edersiniz.
komut satırında yapılandırma.
tür = insan
karyotip = veri/karyotip/karyotip.conf(tür).txt
-param türleri=sıçan
Her biri kendi "-param" bayrağına sahip birden fazla parametre yeniden tanımlanabilir
-param show_ticks=no -param görüntüsü/yarıçapı=2000p
Birleştirme Blokları
Aşağıdaki blokların birden çok örneği otomatik olarak birleştirilir: " ,
" " " " " " ve " .
Bunun amacı, kanonik tanımlara eklemenize izin vermektir.
# bu dosya varsayılanı tanımlar , ve
< >
# renk bloğuna ekle
benim rengim = 150,25,25
SEÇENEKLER
yapılandırma
-configfile DOSYA
Yapılandırma dosyasının adı. Bu gereklidir.
Circos, içinde "circos.conf" araması yaparak bu dosyanın konumunu tahmin etmeye çalışır.
".", "..", ve "../ ..".
Çıktı oluşturulan
-png, -nopng
-svg, -nosvg
PNG ve SVG dosyalarının çıktısını değiştirir.
Resim Elements
-show_tick, -noshow_tick
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Kenelerin ve etiketlerinin görüntüsünü geçersiz kılın. Bunların her ikisi de genellikle
engellemek.
Çıktı Yollar
-outputdir DIR, -dir DIR
-çıktı dosyası DOSYA, -dosya DOSYA
Çıktı dizinini ve dosya adını değiştirin. DOSYA bir yol içerebilir.
Hata ayıklama
-hata ayıklama
Temel hata ayıklama çıktısını açın. Bilgileri şuradan bildirir:
görüntü, io, katman, özet, zamanlayıcı
hata ayıklama grupları (aşağıya bakın).
-debug_group {+-}GRUP1,[{+-}GRUP2,...]
Belirli gruplar için hata ayıklama çıktısını açın. Grupların listesi için bkz.
L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>
Çıktıya bir grup eklemek için onu + ile önekleyin. Kaldırmak için - ile.
# varsayılan hata ayıklama gruplarını kullanın ancak katman ve io'yu hariç tutun
-debug -debug_group -katman,-io
# varsayılan hata ayıklama gruplarını kullanın ve boşluk ekleyin
-debug -debug_group +boşluk
# grupları açıkça belirtin
-debug_group png,io,zamanlayıcı
Desteklenen grupları listelemek için bağımsız değişken olmadan bayrağı kullanın
-debug_group
Zamanlı
Zamanlama bilgilerini rapor edin. -debug_group +zamanlayıcı ile aynı
-sessiz
Rapor oluşturma yok.
-paranoyak, -noparanoyak
Paranoyak modda (varsayılan) çalıştırın veya çalıştırmayın. Bu ayar için varsayılan, şu şekilde tanımlanır:
etc/housekeeping.conf dosyasında 'paranoyak'.
-uyarılar, -bilgiler
Uyarıları görüntüleyin veya göstermeyin (varsayılan). Bu ayar için varsayılan, şu şekilde tanımlanır:
etc/housekeeping.conf içindeki 'uyarılar'.
-fakeerror =öğe -fakeerror CAT =öğe -fakeerror ,ID =öğe -fakeerror CAT,ID
CAT kategorisi ve hata adı kimliği için hata mesajını görüntüleyerek sahte bir hata yapın. Eğer
biri veya hiçbiri belirtilmemiş, hangi hataların mevcut olduğunu listeler.
Hata mesajlarını görmekten gerçekten zevk almıyorsanız, bunu yapmanız için çok az neden olmalıdır.
bunu kullanmak istiyorum.
kullanım
-version
Sürümü göster.
-Yardım
Kısa kullanım özetini göster.
-adam
Adam sayfasını göster.
saçmalamak Etrafında
-rastgelerenk [renk1,renk2,...]
İsteğe bağlı bir liste dışında, görüntüdeki her öğenin rengini rastgele belirleyin.
renkler.
Örneğin, arka planı beyaz ve siyah olan her şeyi tutmak için,
-rastgele renkli beyaz, siyah
onworks.net hizmetlerini kullanarak sirkleri çevrimiçi kullanın
