Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen cmfetch komutudur.
Program:
ADI
cmfetch - bir dosyadan kovaryans model(ler)ini alır
SİNOPSİS
cmfetch [seçenekler]
(adlı CM'yi alır )
cmfetch -f [seçenekler]
(listelenen tüm CM'leri alır )
cmfetch --index [seçenekler]
(dizinler almak için)
TANIM
Bir veya daha fazla CM'yi bir (örneğin büyük bir Rfam veritabanı).
Çok hızlı alımı etkinleştirmek için, ilk olarak, kullanarak cmfetch --indeks. İçerik
adlı bir ikili dosyadır .ssi.
Varsayılan mod, ad veya erişim adı verilen tek bir CM'yi almaktır. . İçin
örnek:
% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
İle -f seçenek, a bunun yerine bir veya daha fazla anahtarın listesini içeren okunur.
Her boş olmayan yorum satırındaki ilk boşlukla ayrılmış alan
olarak kullanılır , ve hatta kalan veriler yoksayılır. Bu, çeşitliliğe izin verir
olarak kullanılacak boşlukla ayrılmış veri dosyalarının s.
Kullanırken -f ve , if indekslendi, anahtarlar
sırayla meydana gelirler , ama eğer dizine eklenmez, anahtarlar alınır
içinde meydana geldikleri sıra . Bu, bir uygulamanın yan etkisidir.
olsa bile birden fazla anahtarın alınmasına izin verir. gibi geri sarılamaz bir akıştır
standart bir giriş borusu.
Normal kullanımda (olmadan --index or -f seçenekler), '-' (tire) olabilir, yani
okuma girişi stdin bir dosyadan ziyade. İle --index seçeneği olmayabilir
'-'; standart bir girdi akışını indekslemek mantıklı değil. İle -f seçenek, ya
or (ancak ikisi birden değil) '-' olabilir. Okumak genellikle özellikle yararlıdır
standart girdiden, çünkü bu, isteğe bağlı komut satırını kullanmaya izin verir
CM adlarının veya erişimlerinin bir listesini oluşturmak için çağrılar, ardından hepsini yeni bir dosyaya getirin,
sadece bir komutla.
Varsayılan olarak CM, Infernal-1.1 formatında standart çıktıya yazdırılır.
SEÇENEKLER
-h Yardım; komut satırı kullanımı ve mevcut tüm seçenekler hakkında kısa bir hatırlatma yazdırın.
-f İkinci komut satırı argümanı bir tek bir yerine . The
her satırındaki ilk alan geri alma olarak kullanılır (bir CM adı
veya katılım). Boş satırlar ve yorum satırları (# karakteriyle başlayan)
görmezden geldi.
-o Dosyaya çıktı CM(ler)i standart çıktı yerine.
-O CM(ler)i adlandırılmış tek tek dosya(lar)a aktarın standart çıktı yerine İle
-f seçeneği, bu birçok dosyanın oluşturulmasına neden olabilir.
--index
Bir veya daha fazla profil almak yerine , indekslemek için
gelecekteki alımlar. Bu bir .ssi ikili dizin dosyası.
onworks.net hizmetlerini kullanarak cmfetch'i çevrimiçi kullanın
