cmtk - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

cmtk - Hesaplamalı Morfometri Araç Takımı

SİNOPSİS

cmtk [seçenekler]

TANIM

Bu yardımcı komut dosyası, CMTK tarafından sağlanan tüm komut satırı araçlarına birleşik erişim sağlar.
Lütfen CMTK'nin çalıştırılacak komutunu ve seçeneklerini belirtin. Görmek cmtk- (1) kılavuz sayfası veya
çıktı cmtk --yardım et için özel seçenekler

KOMUTLAR

bölüm
Afin ve ardından sert olmayan B-spline kullanarak bir hedef görüntüyü bir atlasa kaydedin
kaydedin, ardından atlas etiket haritasını hedef görüntüye yeniden biçimlendirin.

asegment_sri24
SRI24 insan beyni atlasının seçilen bir kanalına bir hedef görüntü kaydedin, ardından
atlas etiket haritalarından birini hedef görüntüye yeniden biçimlendirin. Not:
hedef görüntü kafatası soyulmuş, yani sadece beyni içeriyor.

ortalama_afine
Bu araç, kullanıcı tarafından sağlanan bir afin koordinat dizisinin ortalamasını hesaplar.
dönüşümler.

ortalama_görüntüler
Bu araç, piksel düzeyinde ortalama, varyans, standart sapma, z-puanı veya
kullanıcı tarafından sağlanan yoğunluk görüntülerinin bir listesinden entropi görüntüleri.

ortalama_etiketler
Kısmi hacimleri kullanan ortalama ortak kayıtlı etiket görüntüleri

avg_adm
Bir aktif kullanarak ortalama şekilli ortalama yoğunluklu görüntüleri ve deformasyon haritalarını hesaplayın.
deformasyon modeli.

concat_afine
Bu araç, çoklu afin koordinatların açık birleştirmesini hesaplar.
her biri isteğe bağlı olarak ters çevrilebilen dönüşümler.

dönüştür_warp
Bu araç, rijit olmayan B-spline serbest biçimli deformasyon koordinatını dönüştürür
farklı temsiller arasındaki dönüşümler (örneğin, mutlak ve göreli
vektörler). Ayrıca kesirli dönüşümler oluşturur.

dönüştürmek
Bu araç, görüntü dosyası biçimleri ve piksel veri türleri arasında dönüştürme yapar. Ayrıca başvurabilir
süreçte basit, genel amaçlı görüntü işlemleri. İsteğe bağlı sayıda
komut satırında tam olarak uygulanacak olan işlemler belirtilebilir.
verilen sipariş.

dbtool
Bu araç, görüntüler ve dönüşümler arasındaki veritabanını değiştirir ve sorgular.
Onları.

dcm2resim
DICOM dilimlerini 3B görüntü yığınlarıyla birleştirin

tanımlamak
Bu araç, girdi dosyalarının ayrıntılı bir açıklamasını resim(ler) veya
dönüşüm(ler).

bağırsak
Bu program, elde edilen görüntü yığınlarındaki şerit artifaktlarını düzeltir.
dilimler arası yoğunluk ölçeği farklılıkları.

algılama_adni_fantom
Bu araç, nesnenin 3B görüntüsündeki tüm küresel yer işaretlerinin konumlarını algılar.
Magphan EMR051 yapısal görüntüleme fantomu (aka ADNI Phantom).

algılama_spheres_matched_filter
Bu araç, üç boyutlu görüntülerdeki küresel nesneleri algılar.

dof2mat
Afin dönüşümü serbestlik derecesi gösteriminden matris formuna dönüştürün

dwi_mask_bad_slices
Bu araç, bir dizi 3B difüzyon ağırlıklı MR görüntüsünü okur ve hatalı dilimleri bulur. Kötü
bir difüzyon görüntüsündeki dilim, ortalama yoğunluğu bir sınırın dışında olan bir dilim olarak algılanır.
gelen tüm karşılık gelen dilimlerin ortalamalarının ortalaması etrafında belirtilen aralık
kalan difüzyon görüntüleri.

epiunwarp
Yankı Düzlemsel Görüntülerde B0 alanı homojensizliği kaynaklı bozulmayı düzeltin (örn.
difüzyon ağırlıklı görüntüler) zıt faz kodlaması ile elde edilen iki görüntü kullanılarak
tarifi.

fib2 görüntüsü
UNC Fiber İzleme aracından alınan fiber izleme sonuçları, Standart Girişten okunur
ve tüm fiber noktaları bir 3D görüntüye çizilir. Sonuç aşağıdakilerden birine yazılır.
desteklenen görüntü dosyası biçimleri.

yalan formu
UNC Fiber İzleme aracından fiber izleme sonuçlarını içeren bir dosya şuradan okunur:
Standart Giriş ve bir veya daha fazla (birleştirilmiş) koordinat dönüşümü uygulandı
tüm fiber nokta koordinatlarına. Sonuç, yine Standart Çıktı'ya yazılır.
UNC fiber dosya formatı.

film Bu araç, araya eklenmiş bir giriş görüntüsünü geçiş görüntülerine böler, bunları birlikte kaydeder,
ve hareket düzeltmeli bir görüntüyü yeniden oluşturur

filtre
Bu araç, içeriğe duyarlı olanlar da dahil olmak üzere uzamsal filtreleme operatörlerini uygular.
seçici Gauss çekirdeklerine dayalı operatörler.

fit_afine_dfield
Bir B-spline olmak üzere, doğrusal olmayan bir dönüşüme doğrusal bir afin dönüşümü sığdırın
serbest biçimli deformasyon veya parametrik olmayan bir deformasyon alanı.

fit_afine_xform
Birleştirilmiş, isteğe bağlı olarak ters çevrilmiş bir listeye doğrusal bir afin dönüşümü sığdırın,
dönüşümler.

fit_affine_xform_landmarks
Bir dizi eşleşen yer işaretine doğrusal bir afin dönüşüm sığdırın.

fit_spline_dfield
Bir parametrik rijit olmayan dönüşümü (B-spline serbest biçimli deformasyon) bir
deformasyon alanı

fit_spline_xform
Bir listeye parametrik rijit olmayan bir dönüşüm (B-spline serbest biçimli deformasyon) sığdırın
birleştirilmiş, isteğe bağlı olarak ters çevrilmiş dönüşümler.

görünüm

coğrafi eşleşme
Bu araç, iki veya daha fazla görüntüyü okur ve ızgara boyutlarının, piksellerin olup olmadığını test eder.
boyutlar ve görüntüden uzaya dönüşümler eşleşir. İsteğe bağlı olarak, tüm resimler
testi gerçekleştirmeden önce standart oryantasyona yeniden yönlendirilir. Tüm resimler eşleşirse,
araç 0 çıkış kodu ile döner, aksi takdirde çıkış kodu 2 ile döner.
bir hata (örneğin, resimlerden biri okunamıyor), çıkış kodu 1'dir.

gösteriş Genel Doğrusal kullanarak birden çok görüntüdeki piksel yoğunluklarının istatistiksel modellemesi
Modeli.

Hmm Gauss karışımları için EM algoritmasını kullanarak bir görüntüyü c sınıflarına ayırın.
isteğe bağlı öncelikler

Gregxform
BU ARAÇ KULLANIMDAN KALDIRILMIŞTIR. LÜTFEN YERİNE streamxform KULLANIN.

groupwise_afine
Bu araç, bir şablon olmadan aynı anda bir girdi görüntüsü popülasyonu kaydeder,
ya 'dondurma' algoritmasını ya da grup bazında benzerlik ölçüsünü kullanarak
karşılıklı bilginin ('RMI') sürekli yaklaşımı.

groupwise_init
olarak kullanılabilecek bir grup giriş görüntüsü için ilk afin hizalamasını hesaplayın.
grup bazında kayıt için giriş

groupwise_warp
Bu araç, bir giriş görüntüsü popülasyonunu, herhangi bir
'dondurma' algoritmasını veya grup bazında benzerlik ölçüsünü kullanan şablon
sürekli bir karşılıklı bilgi yaklaşımına ('RMI') dayalıdır.

Hausdorff
Bu araç, iki etiket görüntüsü arasındaki Hausdorff mesafesini hesaplar.

Histogram
Görüntü yoğunluklarının bir histogramını oluşturun ve sekmeyle ayrılmış metin dosyası olarak yazın.
standart çıktı

görüntü matematik
Yığın tabanlı postfix gösterimini kullanarak görüntüler üzerinde işlemler gerçekleştirin.

interleaved_bad_slices
Bu araç, bir zaman serisi 3B görüntüleri okur ve aykırı değerleri tespit eder.

yinelemeli_şekil_ortalama

cidb Bu araç, araya eklenmiş bir giriş görüntüsünü geçiş görüntülerine böler, bunları birlikte kaydeder,
ve hareket düzeltmeli bir görüntüyü yeniden oluşturur

Seviye seti
Minimum bölgesel varyans kullanılarak ön plan/arka planın seviye kümesi tipi segmentasyonu
enerji

lmsba
Bu araç, ortak kayıtlı ve çok sınıflı segmentasyonları birleştirir.
yerel ağırlıklı Şekil Tabanlı Ortalama kullanılarak yeniden biçimlendirilmiş atlaslar.

isba Bu araç, birlikte kaydedilmiş ve yeniden biçimlendirilmiş birden çok ikili segmentasyonu birleştirir
yerel ağırlıklı Şekil Tabanlı Ortalamayı kullanan atlaslar.

oy
Bu araç, birlikte kaydedilmiş ve yeniden biçimlendirilmiş atlaslar için birden çok segmentasyonu birleştirir
yerel ağırlıklı oy kullanma.

make_initial_affine
Kütle merkezlerini veya asal eksenleri hizalayarak ilk afin dönüşümünü hesaplayın

mat2dof
Dönüşüm matrisini serbestlik derecelerine dönüştürün

mcaffin
Histogram tabanlı veya kovaryans tabanlı kullanarak çok kanallı afin görüntü kaydı
ortak entropi önlemleri

mcwarp
Histogram tabanlı veya
kovaryans tabanlı ortak entropi önlemleri

mk_adni_fantom
ADNI yapısal görüntüleme kalibrasyon fantomunun (aka Magphan) görüntüsünü oluşturun
EMR051).

mk_analyze_hdr
için kullanıcı tarafından sağlanan parametrelere göre Analzye 7.5 formatına göre başlık dosyası yapın.
geometri, veri türü, yönlendirme vb.

mk_nifti_hdr
için kullanıcı tarafından sağlanan parametrelere göre NIFTI dosya formatına göre başlık dosyası yapın.
geometri, veri türü, yönlendirme vb.

mk_phantom_3d
Çeşitli çizim komutlarını kullanarak 3B dijital fantom görüntüler oluşturun

mrbialar
Bu program, bir önyargı kullanarak MR görüntülerindeki yoğunluk homojen olmama artefaktlarını düzeltir
alan entropi minimizasyonu yoluyla tahmin edilir.

üst üste gelmek
İki veya daha fazla görüntü arasındaki örtüşme ölçülerini hesaplayın

sonda
Bu araç, kullanıcı tarafından sağlanan görüntünün bir listesinde piksel değerleri veya sembolik etiketler yazdırır
koordinatlar.

piksel arama
Bu araç, bir görüntü dosyasının yanı sıra standarttan piksel koordinatlarının bir listesini okur.
giriş. Her piksel için, görüntüdeki yerel bir mahalle aranır.
maksimum değer. Maksimumun konumu daha sonra standart çıktıya yazılır.

yeniden biçimlendirme
Yeniden biçimlendirilmiş görüntüleri ve Jacobian haritalarını hesaplamak için genişletilmiş hacimli yeniden biçimlendirici aracı
birleştirilmiş dönüşümlerin keyfi dizileri

kayıt
Bu program, çoklu çözünürlük kullanarak katı ve afin görüntü kaydı gerçekleştirir.
voksel tabanlı görüntü benzerlik ölçülerinin optimizasyonu.

kayıtx
Bu program, çoklu çözünürlük kullanarak katı ve afin görüntü kaydı gerçekleştirir.
voksel tabanlı görüntü benzerlik ölçülerinin optimizasyonu.

gerileme
Deformasyon alanlarının ve görüntülerin lineer (ve daha yüksek dereceli polinom) regresyonu.

yeniden yönlendirmek
Görüntü yönelimleri arasında dönüştürme, yani fiziksel olarak piksel dizisini yeniden sıralayın ve uyum sağlayın
saklanan anatomik oryantasyon bilgisi

sba Öklid Uzaklık Dönüşümü kullanılarak ortalama segmentasyonlar (etiket alanları). Tüm
giriş görüntüleri aynı alanda olmalıdır. EDT de bu alanda hesaplanır. Görmek
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 temel algoritmanın ayrıntıları için.

sbai Öklid Uzaklık Dönüşümü kullanılarak ortalama segmentasyonlar (etiket alanları). Bu
aracı, EDT'den enterpolasyon yaparak ortak enterpolasyon ve ortalama alır. Bu
girdilerin aynı sabitten dönüşümler olmasını gerektirir (zorunlu değil)
farklı hareketli görüntüler EDT hesaplaması, her hareketli görüntünün uzayında yapılır.
Yerimizi http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 altta yatan ayrıntılar için
algoritması.

dizi
Standart girdiden okunan sayısal değerlerin sırasını analiz edin

benzerlik
Yoğunluk farkı veya etiket çakışmaları gibi benzerlik ölçümlerini hesaplayın.
iki resim.

bölmek
Hacimli görüntüyü alt görüntülere ayırın, yani araya eklenmiş görüntüleri geçişlere ayırmak için

istatistik
Görüntü piksel yoğunlukları üzerinde istatistiksel hesaplamalar, yani ortalamalar ve standart
sapmalar

akış_pikselleri
Bu araç, bir veya daha fazla görüntüyü okur ve tüm piksellerini standart çıktıya yazar.
ikili biçim. İsteğe bağlı olarak, her görüntü belirli bir anatomik yapıya yeniden yönlendirilebilir.
yönlendirmeli ve/veya farklı bir veri tipine dönüştürülmüştür. Bu, boru tesisatı için kullanışlıdır
örneğin Camino DTI araç takımı gibi bir boru hattı aracılığıyla görüntü verileri.

akışxform
ASCII-formatlı bir nokta koordinatları listesi standart girdiden okunur ve bir kullanıcı-
sağlanan koordinat dönüşümleri dizisi (her biri isteğe bağlı olarak ters çevrilmiş) uygulanır
onlara. Dönüştürülen noktalar daha sonra standart çıktıya yazılır.

semptom
Örneğin, belirlemek için bir görüntünün yaklaşık simetri düzlemini hesaplayın.
insan beyni görüntülerinde orta sagital düzlem. Çeşitli çıktı biçimleri desteklenir,
örneğin, içine çizilen simetri düzlemi ile giriş görüntüsünün yazılması veya giriş
görüntü simetri düzlemi boyunca yeniden hizalanmıştır.

sembolik
Örneğin, belirlemek için bir görüntünün yaklaşık simetri düzlemini hesaplayın.
insan beyni görüntülerinde orta sagital düzlem. Çeşitli çıktı biçimleri desteklenir,
örneğin, içine çizilen simetri düzlemi ile giriş görüntüsünün yazılması veya giriş
görüntü simetri düzlemi boyunca yeniden hizalanmıştır.

deneme
İstatistiksel anlamlılık için Pixelwise testleri. Ayrıca korelasyonları ve z puanlarını hesaplayın

bölünmemiş
Ayrı görüntü yığınlarını tek bir serpiştirilmiş görüntü biriminde birleştirin

unwarp_image_phantom
Bu araç, ya bir polinom dönüşümü ya da B-spline serbest biçimli
bir görüntünün eğriliğini açmak için deformasyon. Dönüşüm, beklenen ve tespit edilene dayalıdır
Aynı tarayıcıda elde edilen yapısal bir fantom görüntüsündeki işaret noktaları. Kullan
Bir görüntüdeki ADNI Phantom'un yer işaretlerini algılamak için 'detect_adni_phantom' aracı ve
bu araçla kullanıma uygun bir hayali açıklama dosyası oluşturun.

vol2csv
Bu araç, bir etiket görüntüsündeki bölgelerin hacimlerini hesaplar. İsteğe bağlı olarak kabul eder
yoğunluk haritaları (örneğin, farklı dokular için) ve bölge başına hesaplar ve yazdırır
her biri için içerik. Ayrıca araç, hesaba katmak için isteğe bağlı bir 'piksel hacmi' haritasını kabul edebilir
örneğin uzamsal bozulma nedeniyle yerel piksel hacmi varyasyonları için.

hacim_enjeksiyon
Birden çok ortak kayıtlı (düşük çözünürlüklü) yüksek çözünürlüklü bir birimin yeniden yapılandırılması
ileri hacim enjeksiyonu kullanan görüntüler

hacim_yeniden yapılandırma
Ters enterpolasyon kullanarak ortak kayıtlı görüntülerden yinelemeli hacim rekonstrüksiyonu
veya ortak bulanıklaştırma

vtkxform
ASCII biçimli bir VTK dosyası, standart girdiden ve kullanıcı tarafından sağlanan bir koordinattan okunur
köşe koordinatlarına dönüşüm (isteğe bağlı olarak ters çevrilmiş) uygulanır. bir VTK
dönüştürülmüş noktaları olan dosya daha sonra standart çıktıya yazılır.

çarpıtmak Bu program, çoklu çözünürlüklü optimizasyon kullanarak rijit olmayan görüntü kaydı gerçekleştirir
voksel tabanlı görüntü benzerlik ölçüleri ve çok çözünürlüklü B-spline
dönüşüm modeli.

warp2ps
Görselleştirme için deformasyon alanını deforme ızgara olarak PostScript formatında yazın ve
resim

çözgü
Bu program, çoklu çözünürlüklü optimizasyon kullanarak rijit olmayan görüntü kaydı gerçekleştirir
voksel tabanlı görüntü benzerlik ölçüleri ve çok çözünürlüklü B-spline
dönüşüm modeli.

xform2dfield
Parametrik rijit veya rijit olmayan dönüşümü deformasyon alanına dönüştürün, örneklenmiş
belirli bir referans görüntüsünün piksel konumları

xform2itk
Bu araç, koordinat dönüşümlerini CMTK formatından ITK formatına dönüştürür ve
süreç, görüntü koordinat kurallarındaki farklılıklar için de doğru

xform2skaler
Bu araç, dönüşümler ve deformasyon alanlarından skaler ölçüler çıkarır,
ızgara konumlarında örneklenir ve sonuçları bir görüntüye yazar. Desteklenen örnekler
skaler ölçüler: dönüşümün x,y,z bileşeni,
dönüşüm ve Jacobian determinantları.

YAZARLAR

Torsten Rohlfing, Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff ve Yaroslav Halchenko

onworks.net hizmetlerini kullanarak cmtk'yi çevrimiçi kullanın