Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut uyumluluğudur.
Program:
ADI
compalign - iki çoklu hizalamayı karşılaştır
SİNOPSİS
uyum sağlamak [-seçenekler]
TANIM
uyum sağlamak güvenilen hizalama ve test arasındaki kesirli "kimliği" hesaplar
hizalama. İki dosya, tam olarak aynı dizilerde, tam olarak aynı dizileri içermelidir.
sipariş.
Çoklu dizi hizalamalarının kimliği, ortalama kimlik olarak tanımlanır.
tüm N(N-1)/2 ikili hizalamalar.
İki ikili hizalama kümesinin kesirli kimliği sırayla aşağıdaki gibi tanımlanır.
(hizalanmış bilinen diziler k1 ve k2 ve hizalanmış test dizileri t1 ve t2 için):
eşleşen sütunlar / toplam sütunlar
burada toplam sütunlar = içinde bulunduğu toplam sütun sayısı
k1 veya k2'de geçerli (nongap) bir sembol;
eşleşen sütunlar = aşağıdakilerden birinin bulunduğu sütun sayısı
aşağıdaki doğrudur:
k1 ve k2'nin her ikisi de belirli bir sütunda geçerli sembollere sahiptir; t1 ve t2
t1/t2 sütununda hizalanmış aynı sembollere sahip
hizalama;
k1, k2'deki bir boşluğa hizalanmış bir sembole sahiptir; t1'deki bu sembol
ayrıca bir boşluğa hizalanmış;
k2, k1'deki bir boşluğa hizalanmış bir sembole sahiptir; t2'deki bu sembol
ayrıca bir boşluğa hizalanmıştır.
Tüm olası çiftler için puanlar hesaplandığından, algoritma aşağıdakiler için (N^2)L düzeyindedir.
N uzunluğunda L dizisi; büyük dizi setleri biraz zaman alacaktır.
SEÇENEKLER
Mevcut seçenekler:
-h Kısa yardım ve kullanım bilgilerini yazdırın.
-c Yalnızca işaretli #=CS fikir birliği yapısı altında karşılaştırın.
--bilgi
Her iki hizalamanın da formatta olduğunu belirtin (örneğin, MSF).
--sessizlik
Ayrıntılı üstbilgiyi gizle (regresyon testinde kullanılır).
onworks.net hizmetlerini kullanarak compalign'ı çevrimiçi kullanın
