Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut ayarlayıcıdır.
Program:
ADI
daligner - uzun okuma hizalayıcı
SİNOPSİS
dalgıç [-vbAI][-kint(14)] [-wint(6)] [-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-eçift(.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-miz]+ konu:db|baraj hedef:db|baraj ...
TANIM
Kesilmiş dizilerdeki dizileri karşılaştırın konu listesindekilere karşı engelle hedef bloklar
en azından içeren yerel hizalamaları aramak -l baz çiftleri (varsayılan 1000) veya daha fazlası,
ortalama korelasyon oranına sahip -e (varsayılan %70). Bulunan yerel hizalamalar
her seferinde hizalama üzerindeki bir izleme noktasının kaydedildiği seyrek bir kodlamada çıktısı alınacaktır.
-s a-okumanın baz çiftleri (varsayılan 100bp). Okumalar her iki yönde de karşılaştırılır ve
kriterleri karşılayan yerel hizalamalar, açıklanan birkaç oluşturulan dosyadan birine gönderilir.
altında. -v seçeneği, her biri hakkında istatistik veren ayrıntılı bir raporlama modunu açar.
hesaplamanın en önemli adımı.
Seçenekler -k, -h, ve -w olası eşleşmeler için ilk filtreleme aramasını kontrol edin
arasında okur. Özellikle, arama kodumuz bir çift çapraz genişlikte bant arar.
Tam eşleşen k-mers koleksiyonunu içeren 2^w (varsayılan 2^6 = 64) (varsayılan 14)
iki okuma arasında, k-mer vuruşlarının kapsadığı toplam baz sayısı h olacak şekilde
(varsayılan 35). k, mevcut uygulamada 32'den büyük olamaz. Eğer -b seçenek
ayarlanır, ardından dalgıç verilerin güçlü bir bileşimsel önyargıya sahip olduğunu varsayar (örn. >%65 AT
zengin) ve biraz daha fazla zaman pahasına, k-mer boyutlarını dinamik olarak ayarlar.
bileşimsel önyargı, böylece kullanılan merlerin 4^k'lik bir etkin özgüllüğe sahip olması sağlanır.
ile belirtilen bir veya daha fazla aralık izi varsa, -m seçeneği, ardından okumalar
maskenin uygulandığı DB veya DB'ler, aralıkların birleşimi ile yumuşak maskelenir
geçerli olan tüm aralık izlerinin, yani herhangi birinde herhangi bir baz içeren herhangi bir k-mer
maskelenmiş aralıklar, eşleşme sağlama amacıyla yok sayılır. Bir aralık izi
DBdust tarafından oluşturulan ve bir dizi aralığı kodlayan "toz" izi gibi bir izdir.
kırpılmamış veya kırpılmış DB üzerinde.
Değişmez bir şekilde, bazı k-merler önemli ölçüde aşırı temsil edilir (örneğin homopolimer koşuları).
Bu k-mer'ler, aşırı sayıda eşleşen k-mer çifti yaratır ve adressiz bırakılır.
daligner'ın mevcut fiziksel belleği aşmasına neden olur. Bununla başa çıkmanın bir yolu,
açıkça ayarla -t daha fazla meydana gelen herhangi bir k-mer kullanımını baskılayan parametre
göre t Konu veya hedef bloktaki zamanlar. Bununla birlikte, durumu ele almanın daha iyi bir yolu
durum, programın otomatik olarak bir değer seçmesine izin vermektir. t belirli bir karşılayan
tarafından belirtilen (Gb cinsinden) bellek kullanım sınırı -M parametre. Varsayılan olarak dalgıç kullanacak
seçim olarak fiziksel bellek miktarı -M. Daha az kullanmak istiyorsanız, yalnızca 8Gb deyin
24 çalıştırmak istediğiniz için 3 Gb HPC küme düğümünde dalgıç düğümdeki işler, ardından
belirtmek -M8. belirtme -M0 temelde istemediğinizi gösterir dalgıç kendine
k-mer bastırmayı belirli bir bellek miktarına uyacak şekilde ayarlayın.
Her konu için, hedef blok çifti, örneğin X ve Y için, program hizalamaları bildirir.
a-okuma X'tedir ve b-okuma Y'dedir ve bunun tersi de geçerlidir. Ancak, eğer -A seçenektir
set ("A" için "asimetrik"), ardından a-okumanın X'te olduğu ve b-okumanın olduğu yerde çakışır.
Y'de rapor edilir ve X = Y ise, yalnızca
a-okuma dizini, b-okuma dizininden daha küçüktür. Her iki durumda da, eğer -I seçenek ayarlandı ("I"
"kimlik") için, X = Y olduğunda, aynı okumanın farklı bölümleri arasındaki örtüşmeler
ayrıca bulunur ve raporlanır.
Bulunan her hizalama -- a[ab,ae] x bo[bb,be] -- şeklinde kaydedilir; burada a ve b
örtüşen okumaların indeksleri (kırpılmış DB'de), o b-okumanın olup olmadığını gösterir
aynı veya zıt iplikten ve [ab,ae] ve [bb,be] a ve bo'nun aralıklarıdır,
sırasıyla, bu hizalama. Program, bu hizalama kayıtlarını adı verilen dosyalara yerleştirir.
XY[C|N]#.las biçimindedir, burada C, b-okumalarının tamamlandığını gösterir ve N
olmadığını gösterir (her iki karşılaştırma da yapılır) ve # algılanan iş parçacığıdır
ve dosyada bulunan hizalamaların koleksiyonunu yazdı. o dosya
XYO#.las, a-okumanın X'ten olduğu ve iş parçacığı # tarafından üretilen hizalamaları içerir.
b-okuma Y'den ve O yönündedir. Komut dalgıç -A X Y 2*NTHREAD üretir
iş parçacığı dosyaları XY?.las ve dalgıç X Y 4*NTHREAD dosyaları XY?.las ve YX?.las üretir
(sürece X=Y bu durumda yalnızca NTHREAD dosyaları, XX?.las üretilir).
Varsayılan olarak, dalgıç veritabanındaki daha büyük okumalar arasındaki tüm örtüşmeleri karşılaştırır
DB veya DB'ler bölündüğünde ayarlanan minimum sınır değerden, tipik olarak 1 veya 2 Kbp. Yine de,
HGAP montaj boru hattı yalnızca 8Kbp veya üzeri büyük okumaları düzeltmek istiyor ve bu nedenle
yalnızca a-okumanın büyük okumalardan biri olduğu örtüşmelere ihtiyaç duyar. ayarlayarak -H
N demek için parametre, biri değişir dalgıç böylece yalnızca a-okuduğu yerdeki çakışmaları rapor eder
N baz çifti uzunluğundadır.
Varsayılan parametre ayarları ham Pacbio verileri için iyi olsa da, dalgıç kullanılabilir
düzeltilmiş okumalarda veya diğer daha az gürültülü okumalarda hizalamaları verimli bir şekilde bulmak için. İçin
örneğin, uygulamaları .dams'a karşı eşlemek için çalıştırıyoruz
dalgıç -k20 -h60 -e.85
ve düzeltilmiş okumalarda, genellikle koşarız
dalgıç -k25 -w5 -h60 -e.95 -s500
ve bu ayarlarda çok hızlı.
onworks.net hizmetlerini kullanarak daligner'ı çevrimiçi kullanın
