Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen dcmstack komutudur.
Program:
ADI
dcmstack - DICOM'dan NIFTI'ye dönüştürücü
TANIM
kullanım: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-aptaller]
[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voksel sırası VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--zaman sırası TIME_ORDER] [--vektör sırası VECTOR_ORDER]
[-l] [--çeviriciyi devre dışı bırak DISABLE_TRANSLATOR] [--özü-özel] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regex'ler] [-v] [--strict] [--version]
[kaynak_dirs [kaynak_dirs ...]]
DICOM dosyalarını her bir kaynak dizinden 2B ila 5B birimler halinde istifleyin, isteğe bağlı olarak ayıklayın
meta veri.
konumsal argümanlar:
kaynak_dizinleri
DICOM dosyalarını içeren kaynak dizinler.
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
Giriş seçenekleri:
--zorla-oku
Önsözü eksik olsalar bile tüm dosyaları DICOM olarak okumayı deneyin.
--dosya-uzantısı DOSYA_EXT
Yalnızca belirtilen uzantıya sahip dosyaları okumayı deneyin. Varsayılan: .dcm
--izin-aptallar
Çıktının o dilimini doldurarak piksel verilerinin eksik olduğu DICOM dosyalarına izin verin
maksimum temsil edilebilir değere sahip nifti.
Çıktı seçenekleri:
--dest-dir DEST_DIR
Hedef dizin, varsayılan olarak kaynak dizine geçer.
-o ÇIKIŞ_NAME, --çıktı-adı ÇIKIŞ_NAME
DICOM etiketlerine dayalı olarak çıktı dosya adlarını belirleyen Python biçimi dizesi.
--çıktı-dahili ÇIKIŞ_EXT
Çıktı dosyası türünün uzantısı. Varsayılan: .nii.gz
-d, --dump-meta
Ayıklanan meta verileri, aynı temel ada sahip bir JSON dosyasına boşaltın.
oluşturulan Nifti
--embed-meta
Ayıklanan meta verileri bir Nifti başlık uzantısına gömün (JSON biçiminde).
Istif Seçenekler:
-g GRUP_BY, --grup-by GROUP_BY
Girdi dosyalarını yığınlar halinde gruplamak için virgülle ayrılmış meta veri anahtarları listesi.
--voksel sırası VOXEL_SİPARİŞ
Vokselleri, hastada uzamsal indeksler bu yönlerden başlayacak şekilde sıralayın.
Uzay. Hasta alanındaki talimatlar üç karakterli bir kod olarak verilmelidir:
(l)sol, (sağ)sağ, (a)ön, (p)arka, (s)üst, (i)alt. boş geçmek
dize yeniden yönlendirmeyi devre dışı bırakır. Varsayılan: LAS
-t TIME_VAR, --zaman-var TIME_VAR
Yığını zaman boyutu boyunca sıralamak için kullanılacak DICOM öğesi anahtar sözcüğü.
--vektör-var VECTOR_VAR
Yığını vektör boyutu boyunca sıralamak için kullanılacak DICOM öğesi anahtar sözcüğü.
--zaman sırası TIME_ORDER
değerleri için (her satırda bir tane) istenen sırayı içeren bir metin dosyası sağlayın.
zaman değişkeni olarak kullanılan nitelik. Bu seçeneğe nadiren ihtiyaç duyulur.
--vektör sırası VECTOR_SİPARİŞ
değerleri için (her satırda bir tane) istenen sırayı içeren bir metin dosyası sağlayın.
vektör değişkeni olarak kullanılan öznitelik. Bu seçeneğe nadiren ihtiyaç duyulur.
Meta Çıkarma ve Süzme Seçenekler:
-l, --list-çevirmenler
Etkin çevirmenleri listele ve çık
--disable-çevirmen DISABLE_TRANSLATOR
Sağlanan etiketler için çevirmenleri devre dışı bırakın. Etiketler formatta verilmelidir
"0x0_0x0". Birden fazla virgülle ayrılmış listede verilebilir. "hepsi" kelimesi ise
sağlanırsa, tüm çevirmenler devre dışı bırakılır.
--extract-özel
Çevirmen olmasa bile meta verileri özel öğelerden çıkarın. Eğer
öğenin değeri, ascii olmayan baytlar içeriyorsa, yine de yoksayılacaktır. NS
çıkarılan meta veriler yine de normal ifadeler tarafından filtrelenebilir.
-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Anahtarın sağlanan normal ifadeyle eşleştiği tüm meta verileri ekleyin. Bu
hariç tutulan ifadeleri geçersiz kılar. Tüm meta veriler için geçerlidir.
-e HARİÇ_REGEX, --hariç tutma-normal ifade EXCLUDE_REGEX
Anahtarın sağlanan normal ifadeyle eşleştiği tüm meta verileri hariç tutun. Bu
varsayılan hariç tutma ifadelerini tamamlar. Tüm meta veriler için geçerlidir.
--default-regex'ler
Varsayılan dahil etme ve normal ifadeleri hariç tutma ve çıkma listesini yazdırın.
genel Seçenekler:
-v, --ayrıntılı
Ek bilgileri yazdırın.
--sıkı
Bir uyarı göstermek yerine ilk istisnada başarısız olun.
--versiyon
Sürümü göster ve çık.
META VERİLERDE ÖZEL SAĞLIK BİLGİSİ OLUP OLMADIĞINI BİLMEK SİZİN SORUMLULUĞUNUZDADIR.
BU PROGRAM TARAFINDAN ÇIKARILMIŞTIR.
onworks.net hizmetlerini kullanarak dcmstack'i çevrimiçi kullanın
