Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen dialign-tx komutudur.
Program:
ADI
dialign-tx - Segment tabanlı çoklu dizi hizalaması
SİNOPSİS
çevirme-tx [SEÇENEKLER] {con-dizini} {fasta dosyası} [fasta-out-dosyası]
TANIM
DIALIGN-TX, segment bazlı çoklu protein hizalamaları için geliştirilmiş bir algoritmadır.
DIALIGN-TX, birkaç dahil olmak üzere segment bazlı yaklaşımın eksiksiz bir yeniden uygulamasıdır.
çıktının kalitesini önemli ölçüde artıran yeni iyileştirmeler ve buluşsal yöntemler
DIALIGN 2.2 ile karşılaştırıldığında hizalamalar. Bu önemli üstünlük,
hem yerel hem de küresel uyum kriterlerinde.
SEÇENEKLER
-d
Hata Ayıklama Modu [VARSAYILAN 0]
0 hata ayıklama ifadesi yok
1, işlemin mevcut aşamasında hata ayıklar
2 çok konuşkan hata ayıklama
5 hardcore hata ayıklama
-s
Maksimum giriş dizisi miktarı [DEFAULT 5000].
-a
Bir FASTA dosyasındaki satır başına maksimum karakter sayısı [DEFAULT 100].
-c
Bir dizi yazdırırken satır başına maksimum karakter miktarı [DEFAULT 80].
-l
duyarlılık modu, seviye ne kadar yüksekse, sahte rastgele parçalar o kadar az olasıdır
yerel hizalamalarda hizalanmış [DEFAULT 0]
0 kapalı
1 seviye-1, azaltılmış hassasiyet
2 seviye-2, büyük ölçüde azaltılmış hassasiyet
-m
Puan matrisi dosya adı (konfigürasyon dizininde) [VARSAYILAN PROTEİN: BLOSUM.scr]
/ [VARSAYILAN DNA: dna_matrix.scr].
-w
Ağırlık formülü 1-pow(1-prob, faktör) olarak değiştirildiğinde minimum ağırlığı tanımlar
[VARSAYILAN 0.000000065].
-p
Olasılık dağılımı dosya adı (yapılandırma dizininde) [VARSAYILAN PROTEİN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [VARSAYILAN DNA: dna_diag_prob_100_exp_550000].
-v
Her puana ekleyin (negatif değerleri önlemek için) [DEFAULT 0].
-t
Sekans hizalaması için düşük puan için "Çift" eşiği [VARSAYILAN PROTEİN: 4] / [VARSAYILAN PROTEİN: XNUMX]
DNA: 0].
-n
Düşük puanlı pozisyonlar içeren pencere için maksimum ardışık pozisyon sayısı
[VARSAYILAN PROTEİN: 4] / [VARSAYILAN DNA: 1].
-g
Durdurma kriteri için global minimum parça uzunluğu [VARSAYILAN PROTEİN: 40] / [VARSAYILAN PROTEİN:
DNA: 1].
-m
Düşük puanlama pozisyonları içeren parça penceresinde izin verilen minimum ortalama puan [VARSAYILAN
PROTEİN: 4.0] / [VARSAYILAN DNA: 0.9].
-o
Örtüşme ağırlıklarının hesaplanıp hesaplanmadığı [DEFAULT 0].
-f
Minimum parça uzunluğu [VARSAYILAN 1].
-r
Parçayı tamamen dikkate almak için eşik ağırlığı [DEFAULT 0.0].
-u
[Varsayılan 0]
1: Yalnızca bir sqrt(amount_of_seqs) komşu dizi şeridi kullanın.
ikili hizalamaları hesaplayın (performansı artırın).
0: Tüm ikili hizalamalar hesaplanacaktır.
-A
İsteğe bağlı bağlantı dosyası. [VARSAYILAN hiçbiri]
-D
Girdi, DNA dizisidir.
-T
DNA'yı baştan sona aminoasitlere çevirin (uzunluk mod 3 = 0'a kesilecektir).
uyarı
Kullanmayın -D bu seçenek ile (PROTEIN girişi için varsayılan değerler yüklenecektir).
-L
Yalnızca en uzun Açık Okuma Çerçevesini karşılaştırın.
uyarı
Kullanmayın -D bu seçenek ile (PROTEIN girişi için varsayılan değerler yüklenecektir).
-O
DNA'yı aminoasitlere çevir, yapısı nedeniyle hesaplanan her dizi için okuma çerçevesi
en uzun ORF
uyarı
Kullanmayın -D bu seçenek ile (PROTEIN girişi için varsayılan değerler yüklenecektir).
-P
Aminoasitlerde çıktı, DNA dizilerinin yeniden çevrilmesi yok [VARSAYILAN: girdi = çıktı].
-F
Hızlı mod (hassasiyeti önemli ölçüde azalttığı için -l0 anlamına gelir).
-C
/usr/share/dialign-tx/prob_table içinde kayıtlı olasılık tablosunu oluşturun ve çıkın.
-H, -h
Bu mesajı yazdırın.
onworks.net hizmetlerini kullanarak dialign-tx'i çevrimiçi kullanın
