Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen dnaindex komutudur.
Program:
ADI
dnaindex - ANFO ile kullanım için dizin dna dosyası
SİNOPSİS
DNA indeksi [ seçenek ... ]
TANIM
DNA indeksi bir dna dosyası için bir dizin oluşturur. DNA dosyalarının kullanılabilmesi için indekslenmesi gerekir
bilgi(1), aynı dna dosyası için birden fazla indekse sahip olmak mümkündür.
SEÇENEKLER
-V, --versiyon
Sürüm numarasını yazdırın ve çıkın.
-o dosyası, --output dosyası
çıktıyı şuraya yaz: dosya. dosya geleneksel olarak biter .idx. Varsayılan
genomadı_kelime boyutu.idx.
-g dosyası, --genome dosyası
genomu oku dosya. Bu dosya adı da sonuçtaki dizinde saklanır, bu nedenle
indeks kullanıldığında otomatik olarak bulunabilir. Bu nedenle en iyisidir
dosya yolu olmayan bir dosya adıdır.
-G dizini, --genome-dir dizini
Ekle dir genom arama yoluna. Bu, dizine eklenecek genomun
daha sonra kullanılacağı yerde henüz değil.
-d metni, --açıklama metni
Ekle metin dizine açıklama olarak. Bu tamamen bilgilendirme amaçlıdır.
-s boyutu, --wordsize boyutu
Kelime boyutunu şuna ayarla boyut. Daha küçük bir kelime boyutu, doğruluğu pahasına artırır
daha yüksek hesaplama yatırımı. Varsayılan, 12'dir ve 8'lik bir adımla
iyi bir uzlaşma sağlar.
-S num, --adım num
Adımı ayarlayın num. Sadece bir tanesi num DNA'nın olası kelimeleri aslında
indekslendi. Daha küçük bir adım, daha büyük bir indeks pahasına hassasiyeti artırır.
Varsayılan değer 8'dir ve 12 kelime boyutuyla birlikte iyi bir sonuç verir.
uzlaşmadır.
-l lim, --limit lim
Şundan daha sık meydana gelen kelimelerin indekslenmesini önler lim zamanlar. Bu olabilir
tekrarlayan tohumları görmezden gelmek ve onları depolamak için alan kazanmak için kullanılır. İyi bir varsayılan
indekslenen genomun boyutuna bağlıdır, 500 gibi bir şey
kelime boyutu 12 ve adım 8 olan insan genomu.
-h, --histogram
Kelime frekanslarının bir histogramını üretin. Bu nasıl bir fikir edinmek için kullanılabilir
için uygun bir değer seçmek için frekans dağılımı --sınır.
-v, --ayrıntılı
İşlem sırasında bir ilerleme göstergesi yazdırın.
NOTLAR
DNA indeksi 4 bit kullanımı nedeniyle 32 gigabazdan uzun olmayan genomlarla sınırlıdır
endeksler. Dizin oldukça büyüktür, bu nedenle parametrelere bağlı olarak 64 bitlik bir platform
gigabaz aralığındaki genomlar için gereklidir.
Bir genom IUPAC belirsizlik kodları içeriyorsa, etkilenen tohumların genişletilmesi gerekir. Eğer
küçük bir bölgede çok sayıda belirsizlik kodu vardır, bu da kabul edilemez derecede büyük bir
endeksi.
ÇEVRE
ANFO_PATH
Genom dosyalarının arandığı dizinlerin iki nokta üst üste ayrılmış listesi.
onworks.net hizmetlerini kullanarak dnaindex'i çevrimiçi kullanın
