Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fdnamlke komutudur.
Program:
ADI
fdnamlk - Nükleotid filogenisini maksimum olasılığa göre tahmin eder
SİNOPSİS
fdnamlk -sıra sıralı setall -intree dosyası ağaç [-kategoriler tamsayı] -oranı dizi
-kategoriler özellikleri [ağırlıklar özellikleri] [-tratio şamandıra] [-freqs from geçiş]
-temel frekans dizi [-gama liste] -gama katsayısı şamandıra -ngammacat tamsayı
-değişmez şamandıra -ninvarcat tamsayı -invarfrac şamandıra
-nhmmkategorileri tamsayı -hmm oranları dizi -hmmolasılıklar dizi -adjsite boole
-lambda şamandıra -karmakarışık tamsayı -tohum tamsayı -küresel boole -uzunluklar boole
-outfile dış dosya [-alabalık geçiş] -outtreefile dış dosya [-baskı verileri boole]
[-ilerlemek boole] [-ağaç izi boole] [-hipstat boole]
fdnamlk -Yardım
AÇIKLAMA
fdnamlk EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Filojeni:Moleküler dizi" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-sıra sıralı setall
Bir veya daha fazla dizi hizalaması içeren dosya
-intree dosyası ağaç
-kategoriler tamsayı
Varsayılan değer: 1
-oranı dizi
-kategoriler özellikleri
ağırlıklar özellikleri
Ek Bölüm
-tratio şamandıra
Varsayılan değer: 2.0
-freqs from geçiş
Varsayılan değer: Y
-temel frekans dizi
Varsayılan değer: 0.25 0.25 0.25 0.25
-gama liste
Varsayılan değer: Sabit oran
-gama katsayısı şamandıra
Varsayılan değer: 1
-ngammacat tamsayı
Varsayılan değer: 1
-değişmez şamandıra
Varsayılan değer: 1
-ninvarcat tamsayı
Varsayılan değer: 1
-invarfrac şamandıra
Varsayılan değer: 0.0
-nhmmkategorileri tamsayı
Varsayılan değer: 1
-hmm oranları dizi
Varsayılan değer: 1.0
-hmmolasılıklar dizi
Varsayılan değer: 1.0
-adjsite boole
Varsayılan değer: N
-lambda şamandıra
Varsayılan değer: 1.0
-karmakarışık tamsayı
-tohum tamsayı
Varsayılan değer: 1
-küresel boole
Varsayılan değer: N
-uzunluklar boole
Varsayılan değer: N
Çıktı Bölüm
-outfile dış dosya
-alabalık geçiş
Varsayılan değer: Y
-outtreefile dış dosya
-baskı verileri boole
Varsayılan değer: N
-ilerlemek boole
Varsayılan değer: Y
-ağaç izi boole
Varsayılan değer: Y
-hipstat boole
Varsayılan değer: N
onworks.net hizmetlerini kullanarak fdnamlke'yi çevrimiçi kullanın
