freecontact - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

freecontact - hızlı protein teması tahmincisi

SİNOPSİS

ücretsiz iletişim [SEÇENEK]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < hizalama.aln > kişiler.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' <align.fa | serbest iletişim
--parprof evfold > kişiler.out

ücretsiz iletişim --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --yoğunluk=NUM --cov20=BOOL
--tahmin-ivcov=BOOL --gapth=NUM --icme-timeout=NUM --input-formatı=[düz|xml]
--mincontsep=NUM --çıktı-formatı=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-ağırlık=NUM --rho=NUM --konular=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

TANIM

FreeContact, hız için optimize edilmiş bir protein kalıntısı temas tahmincisidir. FreeContact şunları yapabilir:
yayınlanmış temas tahmincileri EVfold-mfDCA için hızlandırılmış bir giriş işlevi görür
DS. Marks ve ark. (2011) [1] ve D. Jones ve ark.'nın PSICOV'u. (2011) [2].

FreeContact, vektör talimatlarının, birden fazla iş parçacığının ve
önemli parçaların daha hızlı uygulanması. Hizalamaya bağlı olarak 8 kat veya daha yüksek hızlanmalar
mümkündür.

Anlamlı sonuçlar için yeterince büyük bir hizalama gereklidir. Asgari olarak bir
uzunluğundan daha büyük etkili (ağırlıklandırma sonrası) bir dizi sayısıyla hizalama
sorgu sırası kullanılmalıdır. Onbinlerce (etkili) diziyle hizalamalar
iyi bir girdi olarak kabul edilir.

jackhmmer(1) veya hhblitler(1) örneğin hizalamaları oluşturmak için kullanılabilir.

[1] PLoS Bir. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 Aralık.
Evrimsel dizi varyasyonundan hesaplanan protein 3 boyutlu yapısı. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Biyoenformatik. 2012 Ocak 15;28(2):184-90. Epub 2011 Kasım 17. PSICOV: kesin
Büyük çarpanlarda seyrek ters kovaryans tahminini kullanarak yapısal temas tahmini
dizi hizalamaları. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Giriş
Aşağıdaki biçimler desteklenir:

düz
Aşağıdaki basit giriş dosyası formatı kullanılır:

# sorgubaşlangıcı=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
NOGAPSOR EKLEMELER İLE SORGU SIRASI
-HİZALANMIŞ---SIRA--BOŞLUKLARLA------
BAŞKA BİR HİZALANMIŞ ------------- DİZİ

'#' başlık satırları isteğe bağlıdır. Başlık satırları temas kalıntısını hesaplamak için kullanılır
numaraları ve belirli çıktı formatları için ilgili sorgu kalıntılarını aramak.

Hiçbir sorgu tanımlanmadıysa hizalamadaki ilk sıra sorgu olarak kullanılır
sekans. Sorgu dizisi hizalamada boşluklar içermemelidir.

Tüm hizalama satırları aynı uzunlukta olmalıdır ve yalnızca
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B], [D] ile eşlenir, [Z], [E] ile eşlenir, [JOUX],
[X] ile eşlendi. [X] tüm program boyunca yalnızca kendisiyle eşleşir.

A2M giriş hizalamaları aşağıdaki formata dönüştürülebilir:
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln hizalamayı doğrudan borulamak için kullanılabilir
serbest temasa geçin.

xml Bir XML belgesihttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD'den [4] türetilen FreeContact şemasında [5] tanımlanan element.

Örnek: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Çıktı
Orijinal EVfold-mfDCA veya PSICOV çıkış formatı, ilgili
parametre profili seçilir.

evkatlamak (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + düzeltilmiş norm (CN) temas puanı
| | | | + karşılıklı bilgi (MI) puanı
| | | + iletişim amino asit kalıntı kodu
| | + kontak kalıntı numarası
| + amino asit kalıntı koduyla iletişime geçin
+ kontak kalıntı numarası

Kişiler artık numarasına göre sıralanır.

pfrmat_rr (PSICOV)
CASP kalıntı-kalıntı ayırma tahmini (PFRMAT RR) formatı [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + temas puanı
| | Kalıntı çifti için tahmin edilen Cb-Cb mesafesinin +-+ aralığı [Å]
| | (Glisinler için C-alfa)
| | Bu iki alan çıktıda değişmezdir.
| + kontak kalıntı numarası
+ kontak kalıntı numarası

Kişiler puana göre azalan şekilde sıralanır.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?sayfa=biçim>

bioxsd
Bir XML belgesihttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD'den [4] türetilen FreeContact şemasında [5] tanımlanan element.

Örnek: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Not: BioXSD, FreeContact ile işbirliği içinde aktif olarak geliştirilme aşamasında olduğundan,
FreeContact şeması aslında [5]'te henüz mevcut olmayan bir versiyondan türetilmiş olabilir.

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Çıktı tüm olası kişileri listelemeyebilir.

REFERANSLAR

Gönderilen. FreeContact: hızlı ve ücretsiz doğrudan kalıntı-kalıntı temas tahmini.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaş M, Rost B.

SEÇENEKLER

-a [ --threads ] bağımsız değişken
Kullanılacak konular [0-). 0, çekirdek sayısı kadar anlamına gelir.

--apply-gapth argümanı
Doğru olduğunda, ağırlıklı boşluk frekansına sahip kalıntı sütunlarını ve satırlarını hariç tutun > --boşluk
kovaryans matrisinden [Boolean].

-c [ --clustpc ] arg
BLOSUM kümelenme yüzdesi [0-100].

--cov20 argümanı
Doğruysa, bir amino asidi kovaryans matrisinin dışında bırakın, bu da onu aşırı belirlenmemiş hale getirir
[Boolean].

-d [ --yoğunluk ] bağımsız değişken
Hedef hassas matris yoğunluğu [0-1]. Ayarlamak 0 yoğunluğu kontrol etmemek.

- hata ayıklama
Hata ayıklamayı açın.

--tahmin-ivcov argümanı
Matris ters çevirme yerine ters kovaryans matris tahminini kullanın [Boolean].

-f [ --ali ] arg (=-)
Hizalama dosyası [yol]. '-' ise standart giriş. Varsayılan: '-'.

-g [ --gapth ] arg
Ağırlıklı aralık frekansı eşiği (0-1).

-h [ --yardım ]
Bu yardım mesajını oluşturun.

-i [ --input-format ] arg (=düz)
Giriş formatı [düz|xml].

--icme-timeout argümanı (=1800)
Ters kovaryans matrisi tahmini zaman aşımı saniye cinsinden [0-). Her dönüşüme uygulanır
bağımsız olarak arayın. Bir zaman aşımı meydana gelirse program durum bilgisi ile çıkar 2.

--mincontsep argümanı
Amino asitlerde minimum dizi bazında temas eden kalıntı çifti ayrımı şu şekilde verilmiştir:
(ji>=arg). 1 bitişik kalıntılar için. [1-).

-o [ --çıkış-biçimi ] arg
Çıkış formatı [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=varsayılan)
Parametre profili (isteğe bağlı) [varsayılan|evfold|psicov]. Varsayılan profil evkatlamak.

Profil değerlerini geçersiz kılmak için komut satırı bağımsız değişkenleri kullanılabilir.

evkatlamak
EVfold-mfDCA [1] uyumluluk modunu tetikler.

psikov
PSICOV [2] uyumluluk modunu tetikler.

psikov-sd
PSICOV [2] duyulur varsayılan modunu tetikler: sabit varsayılan rho, yoğunluk kontrolü yok.

-w [ --pscount-ağırlık ] bağımsız değişken
Sözde sayım ağırlığı [0-1].

-p [ --pseudoct ] arg
Sözde sayım [0-).

-- moral
Etkin parametreleri standart hataya yazdırın. Hangi parametrelerin olduğunu görmek için bu seçeneği kullanın.
serbest iletişim(1) ayrıntılı olarak çalıştırılır. Bu özellikle aşağıdaki durumlarda faydalıdır: --parprof
seçeneği diğer seçeneklerle birlikte kullanılır.

--rho arg
Glasso düzenleme parametresinin başlangıç ​​değeri [0-). Negatifse değeri seçin
otomatik olarak.

--sessiz argüman (=0)
Standart hatada hata mesajlarından başka bir şey yazdırmayın. etkilemez - hata ayıklama.

--veczw arg
Mevcut olduğunda vektörleştirilmiş dizi ağırlıklandırmasını kullanın [Boolean].

--versiyon
Baskı versiyonu.

EXIT DURUMU

0 Hata yok - başarı.

1 Belirtilmeyen hata.

2 Bir zaman aşımı (bkz. --icme-zaman aşımı) oluştu.

ÖRNEKLER

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTLAR

Optimum performans için Otomatik Olarak Ayarlanmış Doğrusal Cebir Yazılımını (ATLAS) kullanın.
kütüphane derlenmiş on the makine freecontact'ın çalıştırıldığı yer.

Onworks.net hizmetlerini kullanarak freecontact'ı çevrimiçi kullanın