Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut gaeval'idir.
Program:
ADI
gaeval - transkripte dayalı gen modelleri için kapsama ve bütünlük puanlarını hesaplayın
hizalamalar
SİNOPSİS
gaval [seçenekleri] hizalamalar.gff3 genler.gff3 [moregenes.gff3 ...]
TANIM
Temel seçenekler:
-h|--yardım
bu yardım mesajını yazdırın ve çıkın
-v|--sürüm
sürüm numarasını yazdır ve çık
Bütünlük puanını hesaplamak için ağırlıklar (toplam 1.0'a kadar olmalıdır):
-a|--alfa: ÇİFT
tek ekson genleri için doğrulanmış intronlar veya % beklenen CDS uzunluğu; varsayılan 0.6
-b|--beta: ÇİFT
ekzon kapsamı; varsayılan 0.3
-g|--gama: ÇİFT
% beklenen 5' UTR uzunluğu; varsayılan değer 0.05
-e|--epsilon: ÇİFT
% beklenen 3' UTR uzunluğu; varsayılan değer 0.05
Bütünlük puanını hesaplamak için beklenen özellik uzunlukları:
-c|--exp-cd'ler: INT
beklenen CDS uzunluğu (bp cinsinden); varsayılan 400
-5|--exp-5putr: INT
beklenen 5' UTR uzunluğu; varsayılan 200
-3|--exp-3putr: INT
beklenen 3' UTR uzunluğu; varsayılan 100
onworks.net hizmetlerini kullanarak gaeval'i çevrimiçi kullanın