Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut coğrafyasıdır.
Program:
ADI
geom - Kartezyen koordinatlarda bir moleküler geometri girdisini analiz eder.
TANIM
Program geom bir dizi Kartezyen koordinatı okur ve onlardan bağı belirler
mesafeler (Bohr ve angstrom), bağ açıları, burulma açıları, düzlem dışı açılar
(isteğe bağlı), atalet momentleri ve dönme sabitleri.
DOSYALAR GEREKLİ
input.dat - Girdi dosyası
ve aşağıdakilerden biri:
geom.dat - geometri dosyası
file11.dat - PSI biçimli geometri/gradyan dosyası
DOSYALAR OLUŞTURULDU
geom.out - analizi içeren dosya
GİRİŞ SEÇENEKLER
The geom program aşağıdaki seçeneklere sahiptir:
-h Yardım bilgilerini yazdırın (bu seçenekler).
-aslar [Dosya]
Girişi, her satır atomdan oluşan bir ACES çıkış formatında okuyun.
sembol, atom numarası ve Kartezyen koordinatlar (Bohr cinsinden). isteğe bağlı argüman
varsayılan olarak geometri giriş dosyasının adıdır. geom.dat.
-qchem [Dosya]
Girişi, her satır atomdan oluşan bir QCHEM çıkış formatında okuyun.
sayı, atom sembolü ve Kartezyen koordinatlar (Angstrom cinsinden). isteğe bağlı
argüman, varsayılan olarak şu şekilde olan geometri giriş dosyasının adıdır. geom.dat.
-XYZ [Dosya]
Girişi XYZ çıkış formatında okuyun. İlk satır sayısını içerir
atomlar ve ikinci satır bir yorum satırıdır. Sonraki satırların her biri şunları içerir:
atom sembolü ve Kartezyen XY ve Z koordinatları (Angstrom cinsinden). isteğe bağlı
argüman, varsayılan olarak şu şekilde olan geometri giriş dosyasının adıdır. geom.dat.
-ooop abcd açısının oluşan açı olarak tanımlandığı düzlem dışı açıları yazdırın
ad vektörü ve b, c ve d atomları tarafından tanımlanan düzlem tarafından.
DO_OOP = boole
Yukarıda açıklanan komut satırı anahtarı -oop ile aynı.
İZOTOPLAR = matris of gerçekler/dizeler
Kütle merkezi hesabında kullanılacak kütleleri belirtmek için kullanılır ve
dönme sabitleri. Hesaplanacak her izotopomer için bir dizi sağlanır.
Diziler, kayan noktalı sayıları izotopları belirten dizilerle karıştırabilir.
Bu dizi verilmezse ve file11.dat varsa, o zaman kütleler olacaktır.
dosya11'deki atom numaralarının dönüştürülmesiyle elde edilir. Kütleler tarafından verilmezse
İZOTOPLAR veya dosya11 tarafından, o zaman kütle ile ilgili hiçbir miktar hesaplanmayacaktır.
-g [Dosya]
file11.dat dışında bir dosyadan Kartezyen koordinatlarını okuyun. Bir dosya adı değilse
verilen, varsayılan geom.dat'tır. Alternatif dosyanın bir biçimde olduğu varsayılır
PSI'ın geom.dat'ına benzer. Bu tür dosyalar atom numarası içermediğinden,
Bu seçenekte eylemsizlik momentleri ve dönme sabitleri hesaplanmaz.
kullanıldı.
READ_GEOM = boole
input.dat'taki bu seçenek şunları söyler: geom PSI'daki geom.dat'tan geometriyi okumak için
geom.dat formatı.
-a Tüm çift mesafeleri için parametreleri yazdırın.
PRINT_ALL_DIST = boole
Yukarıda açıklanan -a bayrağı ile aynı.
-d mesafe
Yalnızca şundan küçük atom çiftlerini içeren parametreleri yazdırın: mesafe bohr
ayrı (varsayılan değer 4.0 bohr'dur).
PRINT_DISTANCE = değer
Yukarıda açıklanan -d bayrağı ile aynı.
-angström
Giriş koordinatları bohr değil angstrom cinsindendir.
ANGSTROM = boole
If DOĞRU, giriş koordinatları bohr yerine angstrom cinsindendir. Varsayılan
YANLIŞ.
Aşağıdaki örnek, su için geometrik bilgileri hesaplamak içindir.
birkaç farklı izotop. Geometri, geom.dat'tan değil, geom.dat'tan okunur.
dosya11.dat.
coğrafya: (
read_geom = doğru
izotoplar = (
(AAH)
(GARİP)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 Haziran, 1998 geom(1)
onworks.net hizmetlerini kullanarak geom'u çevrimiçi kullanın
