Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gff2aplot komutudur.
Program:
ADI
gff2aplot - İkili hizalamalar için GFF dosyalarını PostScript'e dönüştürme.
SİNOPSİS
gff2aplot [seçenekler]
AÇIKLAMA
Bu kılavuz sayfası kısaca şunları belgelemektedir: gff2aplot Komut.
gff2aplot bunun için GFF dosyalarından renk dolu hizalama grafikleri çizen bir programdır.
hizalama ve iki dizi açıklama.
SEÇENEKLER
Kendi üzerinde çift çizgi "--" seçeneklerin sonunu ve dosya adlarının başlangıcını belirtir (eğer
sunmak). STDIN yer tutucusu olarak tek bir tire "-" kullanabilirsiniz. Mevcut seçenekler ve bir
kısa açıklama burada listelenmiştir:
-H, --yardım et
Seçeneklerin özetini göster.
--versiyon
Geçerli sürümü gösterir ve çıkar.
-içinde, --ayrıntılı
Ayrıntılı mod, standart hataya tam bir rapor gönderilir (varsayılan,
sadece UYARILAR).
-V, --logs-dosya adı
Rapor bir günlük dosyasına yazılır.
-Q, --sessizlik
Sessiz mod, standart hataya herhangi bir mesaj/uyarı gösterme (yalnızca raporlama
HATALAR).
-P, --sayfa boyutu
Önceden tanımlanmış olanlar arasında bir sayfa boyutu ayarlamak, mevcut sayfaların listesi için aşağıya bakın
biçimleri).
--margin-sol
--margin-sağ
--kenar-üst
--margin-alt
Her sayfa kenar boşluğunu ayarlamak . Herhangi bir birim sağlanmazsa, puanlar kabul edilir,
nokta, milimetre, santimetre veya inç (pt, mm, cm veya inç) kullanabilirsiniz.
sırasıyla).
-B, --arka plan rengi
Arka plan rengi.
-F, --ön plan rengi
Ön plan rengi.
-T, --Başlık
Tanımlama arsa başlığı.
-T, --alt yazı
Konu alt başlığını tanımlama.
-X, --x-etiket
X ekseni etiketini tanımlama.
-E, --y-etiket
Y ekseni etiketini tanımlama.
-L, --yüzde-kutu-etiketi
Yüzde kutusu etiketini tanımlama.
-ben, --ekstra-kutu-etiket
Ekstra Kutu Etiketi Tanımlama.
-X, --x-dizi-kodları
S, --start-x-dizisi
X-dizisi birinci nükleotidi ayarlar.
- Eh, --end-x-dizisi
X dizisi son nükleotidi ayarlar.
-y, ---y-sıra-kodları
-Evet, --start-y-dizisi
Y dizisi birinci nükleotidi ayarlar.
, -e --end-y-dizisi
Y-sekansı son nükleotidi ayarlar.
--x-sıra-yakınlaştırma
--y-sıra-yakınlaştırma
-Z, --yakınlaştır [ [-S ] [-E ] [-S ] [-e ] ]
Bu seçenek -S,-E,-s,-e ile seçtiğiniz bir alanı yakınlaştırır (4'ü de isteğe bağlıdır).
, -z --zoom-alanı [ [-S ] [-E ] [-S ] [-e ] ]
Bu seçenek, çiziminizde bir yakınlaştırma alanını işaretler, ancak yakınlaştırma yapmaz.
-A, --hizalama-adı
Birden fazla hizalamanız varsa hangi hizalamanın çizileceğini tanımlama
gff girişinizde.
-N, --x-sıra-adı
X ekseninde hangi dizinin çizileceğinin tanımlanması.
-N, --y-sıra-adı
Y ekseninde hangi dizinin çizileceğinin tanımlanması.
-R, --aplot-xy-noteq
Varsayılan olarak X ve Y eksenleri aynı uzunluktadır, bu seçenek bu tür davranışları devre dışı bırakır, dolayısıyla X
ve Y dizisi, nükleotid uzunluklarıyla orantılı eksen uzunluklarına sahip olacaktır.
-R, --xy-eksen ölçeği <X/Y oran>
Bu seçenek, kişinin X ve Y eksen uzunlukları arasında farklı bir ölçek ayarlamasına olanak tanır (
varsayılan '1'dir). 1'in altındaki değerler Y'yi X'ten büyük yapar ve 1'den büyük değerler
X'in Y'den büyük olması. # Daha iyi açıklanmalıdır.
-W, --aln-ölçek genişliği
Aplot çizgileri için genişlik üzerinde ölçeklendirme puanı.
-w, --aln-ölçek-renk
Aplot çizgileri için renk üzerinde ölçeklendirme puanı.
-K, --göster-şeritler
Eksenlerdeki tüm özellikler için Şeritleri: (N)one, (L)ines, (R)ibbons, (B)oth olacak şekilde zorlayın.
-G, --ızgarayı göster
Izgarayı 'açar' (varsayılan 'kapalı'dır).
-G, --gizle-ızgara
Izgarayı 'kapatır' (özelleştirme dosyalarından açıksa).
-BEN, --yüzde-göster kutusu
Yüzde kutusunu 'açık' olarak değiştirir (varsayılan 'kapalı'dır).
-ben, --gizle-yüzde-kutusu
Yüzde kutusunu 'kapalı' değiştirir (özel dosyalarda 'açık' olarak ayarlanmışsa).
-Ö, --göster-ekstra-kutu
Ekstra kutusunu 'açar' (varsayılan 'kapalı'dır).
-Ö, --gizle-ekstra-kutu
Ekstra kutusunu 'kapatır' (özel dosyalarda 'açık' olarak ayarlanmışsa).
-NS, --aplot-kutu-rengi
Ana kutu arka plan rengini alot.
-NS, --yüzde-kutu-renk
Yüzde kutusu arka plan rengi.
-B, --ekstra-kutu-renk
Ekstra kutu arka plan rengi.
--nopsuyarılar
X dizisi olduğunda, son PostScript şeklinde görünebilecek uyarıları kapatın,
Y dizisi ve/veya hizalama giriş verileri eksik.
-A, --gizli krediler
Arsadaki gff2aplot kredileri hattını kapatın.
- hata ayıklama
Programı test ederken değişken içerikleri raporlama. Bu günlük raporu dosyasını gerektirir
seçeneği de etkinleştirildi.
--layout-var ' '
--dizi-var ' '
--kaynak-var ' '
--strand-var ' '
--grup-var ' '
--özellik-var ' '
Bir özellik/grup/dizi/kaynak/sıra/düzen özelleştirme değişkeni şuradan yükleniyor:
Komut satırı. Bu seçeneklerden herhangi birini tekrarlayarak birkaç değişken ayarlayabilirsiniz,
yani:
... --feature-var 'cds::feature_shape=kutu'
--feature-var 'cds::feature_color=blue' ...
-C, --özel-dosyaadı
Belirli bir dosyadan özelleştirme parametrelerinin yüklenmesi (varsayılan ".gff2aplotrc" ise)
var ondan önce yüklenir).
Bunlar gff2aplot'ta tanımlanan renklerdir:
+ Varsayılan Renkler: siyah beyaz.
+ Renk Paleti:
gri pembe macenta menekşe mavi gök mavisi camgöbeği deniz yeşili
yeşil kireç yeşili sarı turuncu kırmızı kahverengi
Değişken Renklerden "çok derin" ile dokuz adede kadar renk tonu elde edebilirsiniz,
"deep", "verydark", "dark", "light", "verylight", "pale" ve "verypale" önekleri,
örnek olarak:
çok derin mavi, çok koyu mavi, çok koyu mavi, koyu mavi, mavi, açık mavi, çok açık mavi,
soluk mavi ve çok soluk mavi.
+ Dinamik renkler: gradyan gökkuşağı.
Aşağıdaki sayfa boyutları mevcuttur: A0'dan A10'a, B0'dan B10'a, 10x14,
yönetici, folio, defter, hukuk, mektup, dörtlü, açıklama ve tabloid.
ÇEVRE DEĞİŞKENLER
Kullanıcılar tarafından tercihlerine göre ayarlanabilecek iki çevresel değişken vardır:
+ gff2aplot'un Shell ile varsayılan dosyaları bulabileceği yolu belirtebilirsiniz
"GFF2APLOT_CUSTOMPATH" değişkeni. Varsayılan değer, koştuğunuz yoldur
gff2aplot.
+ Ayrıca beğeneceğiniz varsayılan özel dosya adını da değişken ile tanımlayabilirsiniz.
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE", özel dosya için program varsayılan dosya adı ".gff2aplotrc".
+ Artık gff2aplot'un herhangi bir geçici dosya yazması gerekmiyor, böylece önceki sürümler
varsayılan geçici dizin yolu değişkeni ("GFF2APLOT_TMP") artık kullanılmamaktadır.
+ Bu değişkenleri Bourne-shell ve C-shell'de ayarlamak:
o Bourne-Shell (örn. bash) kullanma:
dışa aktar GFF2APLOT_CUSTOMPATH="yol" dışa aktar GFF2APLOT_CUSTOMFILE="dosya_adı"
o C-Kabuk Kullanma:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "yol" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "dosya_adı"
onworks.net hizmetlerini kullanarak gff2aplot'u çevrimiçi kullanın
