Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gff2ps komutudur.
Program:
ADI
gff2ps - GFF dosyalarından PostScript grafik çıktısı üretir.
SİNOPSİS
gff2ps [seçenekler] -- gff_files
TANIM
Bu program, gff formatlı veri alanlarına sahip dosyalardan renkle doldurulmuş DotPlot'lar çizer. NS
program, GFF formatındaki bir genomik dizi üzerindeki açıklamalı özellikleri girdi olarak alır ve
PostScript'te görsel bir çıktı üretir.
SEÇENEKLER
-h Seçeneklerin özetini göster.
-H
Yalnızca belirtilen seçenek için yardımı gösterir.
-V Ayrıntılı mod, standart hataya tam bir rapor gönderilir (varsayılan yalnızca
Uyarılar).
-v Sessiz mod: Tüm uyarıları devre dışı bırakın, standart hataya mesaj gönderilmez.
-d Varsayılan özel dosyayı yazın (veya varsa yeniden yazın).
-D
Verilen dosya adıyla yeni bir varsayılan özel dosya oluşturun.
-C
Verilen özel dosyayı yükleyin ve varsayılan özel dosyaya (.gff2psrc) ekleyin.
-s
Sayfa boyutunu değiştirmek için kullanışlıdır (varsayılan a4'tür).
-p Sayfa yönlendirmesini Dikey olarak değiştirir (varsayılan Yatay'dır).
-G
FOREGROUND için rengi ayarlar (varsayılan siyahtır).
-g
ARKA PLAN için rengi ayarlar (varsayılan beyazdır).
-P <#> Çıktınızı bölmek için kaç sayfa gerektiğini ayarlar (varsayılan bir sayfadır).
-S <#> İlk nükleotidi yakınlaştırın (varsayılan, dizi kökenidir).
-E <#> Son nükleotidi yakınlaştırın (varsayılan dizi uzunluğudur).
-B <#> Sayfa başına blok ayarlar (varsayılan birdir).
-N <#> Satır başına nükleotidleri ayarlar (varsayılan, gff- girişinden en büyük dizi konumudur.
Dosyalar).
-b Soldan sağa ve yukarıdan aşağıya bloklar (varsayılan önce yukarıdan aşağıyadır).
-L Başlığı kapatın (Başlık alanı).
-T
Başlık tanımlama (varsayılan, gff dosya adı girişidir).
-t
Altyazı tanımlama (varsayılan, hiçbiridir).
-l Sayfa numaralandırmasını göstermez.
-O Tarih göstermiyor.
-o Zaman göstermez.
-M <#> Satır başına ana onay işareti sayısı (varsayılan 10).
-K <#> Başlıca onay işaretleri nükleotitlerde ölçeklenir, varsayılan çizgiler için nükleotit uzunluğudur
ana onay işareti sayısına bölünür (bkz. -T seçeneği).
-m <#> Büyük onay işaretleri arasındaki küçük işaretlerin sayısı (varsayılan 10).
-k <#> Nükleotitlerde varsayılan olarak küçük onay işaretleri ölçeği, ana onay işareti boyutu bölü
küçük onay işareti sayısı (bkz. seçenek -t).
-w, -f İleri sarmal (Watson) öğelerini görüntülemeyi kapatın.
-C, -r Ters sarmal (Crick) öğelerinin görüntülenmesini kapatın.
-i Telden bağımsız elemanların görüntülenmesini kapatın.
-0
"0" çerçevesi için rengi ayarlar (varsayılan mavidir).
-1 "1" çerçevesi için rengi ayarlar (varsayılan kırmızıdır).
-2 "2" çerçevesi için rengi ayarlar (varsayılan yeşildir).
-3 "." çerçevesinin rengini ayarlar. (varsayılan turuncudur).
-n Öğe konumları için etiketleri kapatın.
-a Planda CopyRight satırını kapatın.
ÇEVRE DEĞİŞKENLER
Kullanıcılar tarafından tercihlerine göre ayarlanabilecek üç çevresel değişken vardır:
+ GFF2PS'nin kabuk ile varsayılan dosyaları bulabileceği yolu belirleyebilirsiniz.
"GFF2PS_CFDIR" değişkeni. Varsayılan değer, GFF2PS'yi çalıştırdığınız yoldur.
+ Ayrıca beğeneceğiniz varsayılan özel dosya adını da değişken ile tanımlayabilirsiniz.
"GFF2PS_CUSTOMFILE", özel dosya için program varsayılan dosya adı ".gff2psrc".
+ GFF2PS'nin bir dizine geçerli izinlere sahip birkaç geçici dosya yazması gerekiyor
Kullanıcının okuması ve yazması. Varsayılan geçici dizin yolu " olarak ayarlanmıştır./ Tmp /" ama sen yapabilirsin
"GFF2PS_TMP" değişkenini kullanarak farklı bir geçici dizin yolu atayın.
Bu değişkenleri Bourne-shell'de (bash) ayarlamak:
GFF2PS_CFDIR="path" dışa aktar
GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name" dışa aktar
GFF2PS_TMP = "yol" dışa aktar
Bir C-Kabuğu (csh) kullanma:
setenv GFF2PS_CFDIR "yol"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "dosya_adı"
setenv GFF2PS_TMP "yol"
YORUMLAR
* Tanımlanan renkler şunlardır:
Temel Renkler: siyah beyaz
Değişken Renkler: gri macenta menekşe mavi gök mavisi camgöbeği deniz yeşili yeşil limon yeşili sarı
turuncu kırmızı kahverengi
Değişken Renklerden "çok koyu", "karanlık", "açık" ve "açık" olmak üzere beş renk tonu elde edebilirsiniz.
"çok hafif" önekleri. Bir örnek: çokkaranlıkdenizyeşilikoyudenizyeşilidenizyeşiliaçıkdenizyeşili
çok açıkdeniz yeşili
* Tanımlanan Sayfa Boyutları:
A0'dan A10'a, B0'dan B10'a, 10x14, executive, folio, ledger, legal, letter, quarto,
açıklama ve tabloid.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gff2ps'yi çevrimiçi kullanın
