ginsi - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mafft - Amino asit veya nükleotid dizileri için çoklu hizalama programı

SİNOPSİS

mafya [seçenekleri] giriş [> çıktı]

böyle giriş [> çıktı]

ginsi giriş [> çıktı]

einsi giriş [> çıktı]

fftnsi giriş [> çıktı]

fftn'ler giriş [> çıktı]

nwn'lar giriş [> çıktı]

Nwnsi giriş [> çıktı]

mafft-profil group1 group2 [> çıktı]

giriş, group1 ve group2 FASTA formatında olmalıdır.

TANIM

MAFFT unix benzeri işletim sistemleri için çok sıralı bir hizalama programıdır. Sunduğu
bir dizi çoklu hizalama yöntemi.

Doğruluk odaklı yöntemleri:
· L-INS-i (muhtemelen en doğru; <200 dizi için önerilir; yinelemeli iyileştirme
yerel ikili hizalama bilgilerini içeren yöntem):

mafya --yerel çift --maksimum 1000 giriş [> çıktı]

böyle giriş [> çıktı]

· G-INS-i (benzer uzunluktaki diziler için uygundur; <200 diziler için önerilir;
küresel ikili hizalama bilgilerini içeren yinelemeli iyileştirme yöntemi):

mafya --küresel çift --maksimum 1000 giriş [> çıktı]

ginsi giriş [> çıktı]

· E-INS-i (büyük hizalanamayan bölgeler içeren diziler için uygundur;
<200 dizi):

mafya --ep 0 --genafpair --maksimum 1000 giriş [> çıktı]

einsi giriş [> çıktı]

E-INS-i için, --ep 0 seçeneği, büyük boşluklara izin vermek için önerilir.

hız odaklı yöntemleri:
· FFT-NS-i (yinelemeli iyileştirme yöntemi; yalnızca iki döngü):

mafya --retree 2 --maksimum 2 giriş [> çıktı]

fftnsi giriş [> çıktı]

· FFT-NS-i (yinelemeli iyileştirme yöntemi; maks. 1000 yineleme):

mafya --retree 2 --maksimum 1000 giriş [> çıktı]

· FFT-NS-2 (hızlı; aşamalı yöntem):

mafya --retree 2 --maksimum 0 giriş [> çıktı]

fftn'ler giriş [> çıktı]

· FFT-NS-1 (çok hızlı; 2000'den fazla dizi için önerilir; kaba
rehber ağaç):

mafya --retree 1 --maksimum 0 giriş [> çıktı]

· NW-NS-i (FFT yaklaşımı olmayan yinelemeli iyileştirme yöntemi; yalnızca iki döngü):

mafya --retree 2 --maksimum 2 --noff giriş [> çıktı]

Nwnsi giriş [> çıktı]

· NW-NS-2 (hızlı; FFT yaklaşımı olmadan aşamalı yöntem):

mafya --retree 2 --maksimum 0 --noff giriş [> çıktı]

nwn'lar giriş [> çıktı]

· NW-NS-PartTree-1 (~10,000 ila ~50,000 dizi için önerilir; aşamalı yöntem
PartTree algoritması ile):

mafya --retree 1 --maksimum 0 --noff --parttree giriş [> çıktı]

gruptan gruba hizalamalar

mafft-profil group1 group2 [> çıktı]

ya da alışveriş sepetinize tıklayın:

mafya --maksimum 1000 --tohum group1 --tohum group2 /dev/null [> çıktı]

SEÇENEKLER

Algoritma
--Oto
L-INS-i, FFT-NS-i ve FFT-NS-2 arasından uygun stratejiyi otomatik olarak seçer,
veri boyutuna göre. Varsayılan: kapalı (her zaman FFT-NS-2)

---6merpair
Mesafe, paylaşılan 6mer sayısına göre hesaplanır. Normalde olması gereken

--küresel çift
Tüm ikili hizalamalar Needleman-Wunsch algoritması ile hesaplanır. Daha
doğru ama ---6merpair'den daha yavaş. Küresel olarak hizalanabilir bir dizi için uygundur
diziler. ~200 diziye kadar uygulanabilir. --maxiterate 1000 ile bir kombinasyon
önerilir (G-INS-i). Varsayılan: kapalı (6mer mesafe kullanılır)

--yerel çift
Tüm ikili hizalamalar Smith-Waterman algoritması ile hesaplanır. Daha kesin
ancak ---6merpair'den daha yavaş. Bir dizi yerel olarak hizalanabilir dizi için uygundur.
~200 diziye kadar uygulanabilir. --maxiterate 1000 ile bir kombinasyon
önerilir (L-INS-i). Varsayılan: kapalı (6mer mesafe kullanılır)

--genafpair
Tüm ikili hizalamalar, genelleştirilmiş bir yerel algoritma ile hesaplanır.
afin boşluk maliyeti (Altschul 1998). ---6merpair'den daha doğru ancak daha yavaş. Uygun
büyük iç boşluklar beklendiğinde. ~200 diziye kadar uygulanabilir. A
--maxiterate 1000 ile kombinasyon önerilir (E-INS-i). Varsayılan: kapalı (6mer
mesafe kullanılır)

--hızlı hava
Tüm ikili hizalamalar FASTA ile hesaplanır (Pearson ve Lipman 1988). FASTA
gereklidir. Varsayılan: kapalı (6mer mesafe kullanılır)

--ağırlık numara
Tutarlılık terimi için ikili hizalamalardan hesaplanan ağırlık faktörü. Geçerli
--globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair veya --blastpair öğelerinden biri olduğunda
seçildi. Varsayılan: 2.7

--retree numara
Kılavuz ağaç inşa edildi numara ilerleyici aşamada zamanlar. 6mer mesafe ile geçerlidir.
Varsayılan: 2

--maksimum numara
numara yinelemeli iyileştirme döngüleri gerçekleştirilir. Varsayılan: 0

--fft
Gruptan gruba hizalamada FFT yaklaşımını kullanın. Normalde olması gereken

--noff
Gruptan gruba hizalamada FFT yaklaşımını kullanmayın. Varsayılan: kapalı

--skor yok
Hizalama puanı, yinelemeli iyileştirme aşamasında kontrol edilmez. Varsayılan: kapalı (skor
kontrol edilir)

--memsave
Myers-Miller (1988) algoritmasını kullanın. Varsayılan: otomatik olarak açıldığında
hizalama uzunluğu 10,000'i (aa/nt) aşıyor.

--parttree
2007mer mesafe ile hızlı bir ağaç oluşturma yöntemi (PartTree, Katoh ve Toh 6) kullanın.
Girilen çok sayıda (> ~10,000) dizi için önerilir. Varsayılan: kapalı

--dpparttree
PartTree algoritması, DP'ye dayalı mesafelerle kullanılır. Biraz daha doğru ve
--parttree'den daha yavaş. Çok sayıda (> ~10,000) dizi için önerilir:
giriş. Varsayılan: kapalı

--fastaparttree
PartTree algoritması, FASTA'ya dayalı mesafelerle kullanılır. Biraz daha doğru
ve --parttree'den daha yavaştır. Çok sayıda (> ~ 10,000) dizi için önerilir
girdiler. FASTA gereklidir. Varsayılan: kapalı

--parça boyutu numara
PartTree algoritmasındaki bölüm sayısı. Varsayılan: 50

--grup boyutu numara
Hizalamayı şundan daha büyük yapmayın: numara diziler. Yalnızca --*parttree ile geçerlidir
seçenekler. Varsayılan: giriş dizilerinin sayısı

Parametre
--op numara
Gruptan gruba hizalamada boşluk açma cezası. Varsayılan: 1.53

--ep numara
Gruptan gruba hizalama için boşluk genişletme cezası gibi çalışan ofset değeri.
Varsayılan: 0.123

--lop numara
Yerel ikili hizalamada boşluk açma cezası. --localpair veya
--genafpair seçeneği seçilir. Varsayılan: -2.00

--lep numara
Yerel ikili hizalamada ofset değeri. --localpair veya --genafpair olduğunda geçerlidir
seçeneği seçilir. Varsayılan: 0.1

--lexx numara
Yerel ikili hizalamada boşluk uzatma cezası. --localpair veya
--genafpair seçeneği seçilir. Varsayılan: -0.1

--LOP numara
Hizalamayı atlamak için boşluk açma cezası. --genafpair seçeneği olduğunda geçerlidir
seçildi. Varsayılan: -6.00

--LEXP numara
Hizalamayı atlamak için boşluk uzatma cezası. --genafpair seçeneği olduğunda geçerlidir
seçildi. Varsayılan: 0.00

--bl numara
ÇİÇEĞİ numara matris (Henikoff ve Henikoff 1992) kullanılmıştır. numara=30, 45, 62 veya 80.
Varsayılan: 62

--jtt numara
JTT PAM'ı numara (Jones ve ark. 1992) matrisi kullanılır. numara>0. Varsayılan: BLOSUM62

--tm numara
Transmembran PAM numara (Jones ve ark. 1994) matrisi kullanılır. numara>0. Varsayılan:
BLOSUM62

--aamatriks matris dosyası
Kullanıcı tanımlı bir AA puanlama matrisi kullanın. biçimi matris dosyası ile aynıdır
BÜYÜK PATLAMA. Nükleotid dizileri girildiğinde yoksayılır. Varsayılan: BLOSUM62

--fmodeli
AA/nuc bileşim bilgilerini puanlama matrisine dahil edin. Varsayılan: kapalı

Çıktı
--clustalout
Çıktı formatı: küme formatı. Varsayılan: kapalı (fasta formatı)

--giriş sırası
Çıkış sırası: giriş ile aynı. Normalde olması gereken

--yeniden sırala
Çıktı sırası: hizalanmış. Varsayılan: kapalı (giriş sırası)

--ağaç çıkışı
Kılavuz ağacı çıktı olarak giriş.ağaç dosyası. Varsayılan: kapalı

--sessizlik
İlerleme bildirme. Varsayılan: kapalı

Giriş
--nuc
Dizilerin nükleotid olduğunu varsayalım. Varsayılan: otomatik

--amino
Dizilerin amino asit olduğunu varsayalım. Varsayılan: otomatik

--tohum hizalama1 [--tohum hizalama2 --tohum hizalama3 ...]
Verilen tohum hizalamaları hizalama_n (fasta formatı) içindeki dizilerle hizalanır
giriş. Her tohumun içindeki hizalama korunur.

onworks.net hizmetlerini kullanarak ginsi'yi çevrimiçi kullanın