Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen glam2 komutudur.
Program:
ADI
glam2 - Motiflerin Boşluklu Yerel Hizalaması
SİNOPSİS
gösteriş2 [seçenekleri] alfabe my_seqs.fa
Bunun dışında bir alfabe p or n bir alfabe dosyasının adı olarak yorumlanır.
TANIM
GLAM2, tipik olarak amino asit veya dizilerdeki motifleri bulmak için bir yazılım paketidir.
nükleotid dizileri. Bir motif, tekrar eden bir dizi modelidir: tipik örnekler,
TATA kutusu ve CAAX prenilasyon motifi. GLAM2'nin ana yeniliği,
Motiflerde eklemeler ve silmeler.
SEÇENEKLER (VARSAYILAN AYARLAR)
-h
Tüm seçenekleri ve bunların varsayılan ayarlarını göster.
-o
Çıktı dosyası (stdout'u).
-r
Hizalama çalıştırmalarının sayısı (10).
-n
Bu kadar yinelemeden sonra her çalıştırmayı iyileştirme olmadan sonlandırın (10000).
-2
Her iki ipliği de inceleyin - ileri ve geri tamamlayıcı.
-z
Hizalamadaki minimum dizi sayısı (2).
-a
Minimum hizalanmış sütun sayısı (2).
-b
Maksimum hizalanmış sütun sayısı (50).
-w
İlk hizalanmış sütun sayısı (20).
-d
Dirichlet karışım dosyası.
-D
Silme sözde sayı (0.1).
-E
Silinmeyen sözde sayı (2.0).
-I
Ekleme sözde sayısı (0.02).
-J
Eklemesiz sözde sayı (1.0).
-q
Jenerik ve dizi setine özgü kalıntı bolluğu için ağırlık (1e + 99).
-t
İlk sıcaklık (1.2).
-c
n yineleme başına soğutma faktörü (1.44).
-u
Sıcaklık alt sınırı (0.1).
-p
Her yinelemede ilerleme bilgilerini yazdırın.
-m
Site örnekleme hareketi başına sütun örnekleme hareketleri (1.0).
-x
Site örnekleme algoritması: 0=HIZLI 1=YAVAŞ 2=FFT (0).
-s
Sözde rasgele sayılar için tohum (1).
onworks.net hizmetlerini kullanarak glam2'yi çevrimiçi kullanın