gmap - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmap - Genomik Haritalama ve Hizalama Programı

SİNOPSİS

gmap [SEÇENEKLER...] <FASTA Dosyaları...>, or kedi | gmap [SEÇENEKLER...]

SEÇENEKLER

Giriş seçenekleri (zorunlu dahil -d or -g)
-D, --dir=rehber
Genom dizini. Varsayılan (belirtildiği gibi --ile-gmapdb yapılandırma programına)
is /var/önbellek/gmap

-d, --db=STRING
Genom veritabanı. Argüman '?' ise (tırnak işaretleri ile), bu komut listeler
mevcut veritabanları.

-k, --kmer=INT
genom veritabanında kullanılacak kmer boyutu (izin verilen değerler: 16 veya daha az). değilse
belirtildiğinde, program genomdaki mevcut en yüksek kmer boyutunu bulacaktır.
veritabanı

--örnekleme=INT
Genom veritabanında kullanılacak örnekleme. Belirtilmezse, program aşağıdakileri bulacaktır.
seçilen k-mer boyutu içinde genom veri tabanındaki mevcut en küçük örnekleme değeri

-G, --genom dolu
Tam genomu kullanın (tüm ASCII karakterlerine izin verilir; kurulum sırasında açıkça oluşturulmuştur), değil
sıkıştırılmış versiyon

-g, --gseg=Dosya
Kullanıcı tarafından sağlanan genomik segment

-1, --kendi kendine hizalama
Bir diziyi stdin aracılığıyla FASTA formatında kendisine karşı hizalayın (Almak için kullanışlıdır
bir nükleotid dizisinin protein çevirisi)

-2, --pairalign
FASTA formatında iki diziyi stdin aracılığıyla hizalayın, birincisi genomik ve ikincisi
biri cDNA olmak

--cmdline=STRING,SİCİM
Komut satırında sağlanan bu iki diziyi, birincisi genomik ve
ikincisi cDNA

-q, --Bölüm=INT/INT
Her n diziden yalnızca i'ncisini işleyin, örneğin 0/100 veya 99/100 (için kullanışlıdır)
işleri bir bilgisayar çiftliğine dağıtmak).

--giriş arabelleği boyutu=INT
Giriş arabelleğinin boyutu (program verimlilik için bu kadar çok diziyi bir seferde okur)
(varsayılan 1000)

Hesaplama seçenekleri

-B, --grup=INT
Parti modu (varsayılan = 2)

Mod Ofsetler Konumlar Genom
0 nota bakın mmap mmap
1 bkz. not mmap ve ön yükleme mmap
(varsayılan) 2 bkz. not mmap ve önyükleme mmap ve önyükleme
3 bkz. not ayırma mmap ve önyükleme
4 bkz. not tahsisi tahsisi
5 genişlet tahsis tahsis et

Not: Tek bir dizi için tüm veri yapıları mmap kullanır
Mmap yoksa ve tahsis seçilmediyse, fileio kullanılır (çok yavaş)

Hakkında not --grup ve ofsetler: Ofsetlerin genişletilmesi kontrol edilebilir
tarafından bağımsız olarak --genişletme ofsetleri bayrak. NS --grup=5 seçenek eşdeğerdir
--grup=4 artı --genişletme ofsetleri=1

--genişletme ofsetleri=INT
Genomik ofset indeksinin genişletilip genişletilmeyeceği Değerler: 0 (hayır, varsayılan) veya 1 (evet).
Genişletme daha hızlı hizalama sağlar, ancak daha fazla bellek gerektirir

-- ekleme yok
Eklemeyi kapatır (genomik dizileri bir genom üzerine hizalamak için kullanışlıdır)

--min-intron uzunluğu=INT
Bir dahili intron için minimum uzunluk (varsayılan 9). Bu boyutun altında, genomik bir boşluk
bir intron yerine bir silme olarak kabul edilecektir.

-K, --intronuzunluk=INT
Bir dahili intron için maksimum uzunluk (varsayılan 200000)

-w, --localsplicedist=INT
Dizinin sonunda bilinen ekleme yerleri için maksimum uzunluk (varsayılan 2000000)

-L, --toplam uzunluk=INT
Maksimum toplam intron uzunluğu (varsayılan 2400000)

-x, --kimera-marj=INT
Kalan diziyi aramayı tetikleyen hizalanmamış dizi miktarı
(varsayılan 30). Kimerik okumaların hizalanmasını sağlar ve bazı konularda yardımcı olabilir
kimerik olmayan okumalar Kapatmak için sıfıra ayarlayın.

--hayır-kimeralar
Kimera bulmayı kapatır. ile aynı etki --kimera-marj=0

-t, --nthreads=INT
Çalışan iş parçacığı sayısı

-c, --chraltküme=dizi
Aramayı verilen kromozomla sınırlandırın

-z, --yön=STRING
cDNA yönü (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter,veya
otomatik (varsayılan))

-H, --trimendeksonlar=INT
Belirtilen sayıdan daha az eşleşmeyle bitiş eksonlarını kırpın (nt, varsayılan 9'da)

--kanonik mod=INT
Kanonik ve yarı kanonik intronlar için ödül 0=düşük ödül, 1=yüksek ödül
(varsayılan), 2=yüksek özdeş diziler için düşük ödül ve aksi takdirde yüksek ödül

--türler arası
Kurallı ekleme için daha hassas bir arama kullanın; bu, özellikle aşağıdakilere yardımcı olur:
türler arası hizalamalar ve diğer zor durumlar

--allow-close-indels=INT
Birbirine yakın ekleme ve silmeye izin ver (0=hayır, 1=evet (varsayılan), 2=sadece
yüksek kaliteli hizalamalar için)

--mikroekson-spliceprob=FLOAT
Yalnızca ek yeri olasılıklarından biri bundan daha büyükse mikroeksonlara izin verin
değer (varsayılan 0.95)

--cmetdir=STRING
Metilsitozin indeks dosyaları için dizin (cmetinex kullanılarak oluşturulur) (varsayılan
kullanılarak belirtilen genom indeks dosyalarının konumu -D, -V, ve -d)

--atoidir=STRING
A-to-I RNA düzenleme dizin dosyaları için dizin (atoiindex kullanılarak oluşturulur) (varsayılan
kullanılarak belirtilen genom indeks dosyalarının konumu -D, -V, ve -d)

--mod=STRING
Hizalama modu: standart (varsayılan), cmet örgülü, cmet örgüsüz, atoi örgülü,
atoi sarmalsız, ttoc sarmallı veya ttoc sarmalsız. Standart olmayan modlar gerektirir
Daha önce cmetinex veya atoiindex programlarını çalıştırmış olmanız (ayrıca
ttoc modları) genomda

-p, --prunelevel
Budama düzeyi: 0=budama yok (varsayılan), 1=zayıf diziler, 2=tekrarlayan diziler, 3=zayıf ve
tekrarlayan

Çıkış türleri

-S, --Özet
Yalnızca hizalamaların özetini göster

-A, --hizalamak
Hizalamaları göster

-3, --sürekli
Hizalamayı üç sürekli satırda göster

-4, --sürekli-ekson
Ekzon başına üç satırda hizalamayı göster

-Z, --kompres
Çıktıyı sıkıştırılmış biçimde yazdırın

-E, --eksonlar=STRING
Eksonları yazdırın ("cdna" veya "genomik")

-P, --protein_dna
Protein dizisini yazdır (cDNA)

-Q, --protein_gen
Protein dizisini yazdır (genomik)

-f, --biçim=INT
Çıktı için diğer format (ayrıca not edin -A ve -S seçenekler ve listelenen diğer seçenekler
Çıkış türleri altında):
psl (veya 1) = PSL (BLAT) formatı,
gff3_gene (veya 2) = GFF3 gen formatı,
gff3_match_cdna (veya 3) = GFF3 cDNA_match formatı,
gff3_match_est (veya 4) = GFF3 EST_match formatı,
splicesites (veya 6) = splicesites çıktısı (GSNAP ekleme dosyası için),
introns = introns çıktısı (GSNAP ekleme dosyası için),
map_exons (veya 7) = IIT FASTA ekson harita formatı,
map_ranges (veya 8) = IIT FASTA menzil haritası formatı,
kodlar (veya 9) = tablo biçimindeki kodlar,
sampe = SAM formatı (paired_read bitini bayrakta ayarlama),
samse = SAM formatı (paired_read biti ayarlamadan)

Çıktı seçenekleri

-n, --nyollar=INT
Gösterilecek maksimum yol sayısı (varsayılan 5). 1 olarak ayarlanırsa, GMAP rapor vermez
kimerik hizalamalar, çünkü bunlar iki yol anlamına gelir. Tek bir hizalama istiyorsanız
artı kimerik hizalamalar, ardından bunu 0 olarak ayarlayın.

--en düşük puan=INT
Yalnızca puanı en iyi yolun bu değeri içinde olan yolları bildirin. Varsayılan olarak,
bu seçenek sağlanmadıysa,
program bulunan tüm yolları yazdırır.

-O, --sıralı
Çıktıyı girdiyle aynı sırada yazdırın (yalnızca birden fazla çalışan varsa geçerlidir
Konu)

-5, --md5
Her sorgu dizisi için MD5 sağlama toplamı yazdır

-o, --kimera-örtüşme
Varsa, chimera kesme noktasında göstermek için örtüşme

--başarısız
Yalnızca başarısız hizalamaları yazdırın, sonuçsuz olanlar

--başarısız
Başarısız hizalamaların yazdırılmasını hariç tut

-V, --snpsdir=STRING
SNP dizin dosyaları için dizin (snpindex kullanılarak oluşturulur) (varsayılan
kullanılarak belirtilen genom indeks dosyaları -D ve -d)

-v, --snps kullanımı=STRING
Bilinen SNP'leri içeren veritabanını kullanın (içinde .iit, daha önce kullanılarak oluşturulmuş
snpindex) SNP'lere tolerans için

--bölünmüş-çıktı=STRING
Çoklu dosya çıktısı için taban adı, nomapping için ayrı olarak,
uniq, mult, (ve chimera, eğer --kimera-marj seçildi)

--başarısız-giriş=STRING
Tamamen başarısız hizalamaları, verilen FASTA veya FASTQ formatında giriş olarak yazdırın
dosya. Eğer --bölünmüş-çıktı bayrak da verilir, bu dosya ek olarak oluşturulur
.nomapping dosyasındaki çıktıya.

--append-çıktı
Ne zaman --bölünmüş-çıktı or --başarısız giriş verildiğinde, bu bayrak çıktıya ekleyecektir.
mevcut dosyalar. Aksi takdirde, varsayılan yeni dosyalar oluşturmaktır.

--output-buffer-size=INT
Çıktı iş parçacığı için sorgularda arabellek boyutu (varsayılan 1000). sayısı ne zaman
yazdırılacak sonuçlar bu boyutu aşarsa, çalışan iş parçacıkları,
birikim temizlendi

-F, --tam uzunluk
Met ile başlayarak tam uzunlukta protein alın

-a, --cdsstart=INT
Verilen nükleotitten kodonları çevir (1 tabanlı)

-T, --kesmek
Tam uzunluktaki proteinin etrafındaki hizalamayı kısaltın, Met to Stop Anlamına Gelir -F bayrağı.

-Y, --hoşgörülü
Çerçeve kaymaları için düzeltmelerle cDNA'yı çevirir

GFF3 çıkışı için seçenekler

--gff3-ekleme ayırıcıları=INT
Her sorgu dizisinden sonra ### ayırıcı eklenip eklenmeyeceği Değerler: 0 (hayır), 1 (evet,
varsayılan)

SAM çıkışı seçenekleri

--no-sam-başlıkları
'@' ile başlayan başlıkları yazdırmayın

--sam-use-0M
Picard'ın gerektirdiği bitişik eklemeler ve silmeler arasına CIGAR'a 0M yerleştirin,
ancak diğer araçlarda hatalara neden olabilir

--force-xs-dir
RNA-Seq hizalamaları için XS:A:? duyu yönü belirsiz olduğunda ve
bu değeri keyfi olarak XS:A:+ ile değiştirir. gibi bazı programlar için yararlı olabilir.
XS:A:? ile başa çıkamayan Kol Düğmeleri olarak. Ancak, bu bayrağı kullanırsanız,
bu durumlarda rapor edilen XS:A:+ değeri anlamlı olmayacaktır.

--md-küçük harf-snp
MD dizisinde, bilinen SNP'ler tarafından verildiğinde -v bayrak,
fark nükleotitlerini küçük harf olarak yazdırdıklarında,
referanstan farklıdır ancak bilinen bir alternatif alel ile eşleşir

--eylem-if-puro hatası
CIGAR uzunluğu ile dizi uzunluğu arasında bir uyuşmazlık varsa yapılacak işlem
İzin verilen değerler: yoksay, uyarı (varsayılan), iptal

--read-group-id=STRING
Okuma grubu kimliği (RG-ID) alanına girilecek değer

--oku-grup-adı=STRING
Okuma grubu adı (RG-SM) alanına girilecek değer

--read-group-kütüphane=STRING
Okuma grubu kitaplığı (RG-LB) alanına yerleştirilecek değer

--read-group-platformu=STRING
Okuma grubu kitaplığı (RG-PL) alanına yerleştirilecek değer

Kalite puanları için seçenekler

--kalite-protokol=STRING
Giriş kalitesi puanları için protokol. İzin verilen değerler: illumina (ASCII 64-126)
(eşittir -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (eşdeğeri -J 33 -j 0)

Varsayılan sanger (kaliteli baskı kayması yok)
SAM çıktı dosyaları sanger protokolünde kalite puanlarına sahip olmalıdır

Veya bu bayrakla baskı kaymasını belirtebilirsiniz:

-j, --kalite-baskı-kaydırma=INT
FASTQ kalite puanlarını çıktıda bu miktara göre kaydırın (sanger için varsayılan değer 0'dır)
protokol; Illumina girişini Sanger çıkışına değiştirmek için -31)

Harici harita dosyası seçenekleri

-M, --mapdir=rehber
Harita dizini

-m, --harita=iit dosyası
Harita dosyası. Argüman '?' ise (tırnaklarla birlikte),
bu, kullanılabilir harita dosyalarını listeler.

-e, --mapexon'lar
Her eksonu ayrı ayrı haritalayın

-b, --mapboth
Her iki genom dizisinden de isabetleri bildirin

-u, -- yan yana=INT
Yan vuruşları göster (varsayılan 0)

--baskı-yorum
Her isabet için yorum satırını göster

Hizalama çıktı seçenekleri

-N, --uzunluk yok
Hizalamada intron uzunluğu yok

-I, -- ters mod=INT
Genomik (-) diziye hizalama modu: 0=cDNA'yı ters çevirme (varsayılan)
1=cDNA'yı ters çevir ve genomik (-) diziyi yazdır 2=cDNA'yı ters çevir ve genomik yazdır (+)
iplik

-i, --introngap=INT
İntronun her iki ucunda gösterilecek nükleotidler (varsayılan 3)

-l, --sarma uzunluğu=INT
Hizalama için sarma uzunluğu (varsayılan 50)

Çıkış seçeneklerini filtreleme

--min-kırpılmış-kapsama=FLOAT
Bu değerin altında kırpılmış kapsama sahip hizalamaları yazdırmayın (varsayılan=0.0,
filtreleme yok demektir) Bundan bağımsız olarak kimerik hizalamaların çıkacağını unutmayın.
filtre

--min-kimlik=FLOAT
Bu değerden daha düşük kimliğe sahip hizalamaları yazdırmayın (varsayılan=0.0,
filtreleme) Bu filtreden bağımsız olarak kimerik hizalamaların çıkacağını unutmayın.
Yardım seçenekleri

--Kontrol
Derleyici varsayımlarını kontrol edin

--versiyon
Sürümü göster

--yardım et Bu yardım mesajını göster

GMAP paketinin diğer araçları /usr/lib/gmap içinde bulunur

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmap'i çevrimiçi kullanın