gmx_d - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx - moleküler dinamik simülasyon paketi

SİNOPSİS

gmx [-[hayır]h] [-[hayır]sessiz] [-[hayır]sürüm] [-[telif hakkı yok] [-Güzel ]
[-[hayır]yedekleme]

TANIM

GROMACS, moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirmek için tam özellikli bir program paketidir.
yani, yüzlerce ila milyonlarca parçacık içeren sistemlerin davranışını simüle etmek için
Newtonian hareket denklemleri. Öncelikle proteinler, lipidler ve
polimerler, ancak çok çeşitli kimyasal ve biyolojik araştırmalara uygulanabilir
sorular.

SEÇENEKLER

Diğer seçenekler:

-[hayır]h (yok hayır)
Yardımı yazdır ve çık

-[hayır]sessiz (yok hayır)
Genel başlangıç ​​bilgilerini veya alıntıları yazdırmayın

-[hayır]sürüm (yok hayır)
Genişletilmiş sürüm bilgilerini yazdırın ve çıkın

-[telif hakkı yok (Evet)
Başlangıçta telif hakkı bilgilerini yazdır

-Güzel (19)
Nicelevel'i ayarlayın (varsayılan komuta bağlıdır)

-[hayır]yedekleme (Evet)
Çıktı dosyaları varsa yedekleri yazın

GMX KOMUTLAR

Aşağıdaki komutlar mevcuttur. Lütfen kendi kılavuz sayfalarına bakın veya gmx
yardım et daha fazla detay için.

Yörünge analiz
gmx çetesi(1)
açıları hesapla

gmx mesafesi(1)
Pozisyon çiftleri arasındaki mesafeleri hesaplayın

gmx-serbest hacim(1)
Serbest hacmi hesaplayın

gmx-çiftçisi(1)
Konum grupları arasındaki ikili mesafeleri hesaplayın

gmx-rdf(1)
Radyal dağılım fonksiyonlarını hesaplayın

gmx-sasa(1)
Çözücü ile erişilebilir yüzey alanını hesaplayın

gmx-seçimi(1)
Seçimlerle ilgili genel bilgileri yazdırın

Yaratma topolojileri ve koordinatları
gmx-editconf(1)
Kutuyu düzenleyin ve alt grupları yazın

gmx-x2top(1)
Koordinatlardan ilkel bir topoloji oluşturun

gmx-solvat(1)
Bir sistemi çözün

gmx-insert-molekülleri(1)
Molekülleri mevcut boş pozisyonlara yerleştirin

gmx-genconf(1)
'Rastgele' yönlerde bir konformasyon çarpın

gmx-genion(1)
Enerjik olarak uygun pozisyonlarda monoatomik iyonlar üretin

gmx-tür(1)
Dizin grupları için konum sınırlamaları veya mesafe sınırlamaları oluşturun

gmx-pdb2gmx(1)
Koordinat dosyalarını topolojiye ve FF uyumlu koordinat dosyalarına dönüştürün

Koşu a simülasyon
gmx-gromp(1)
Bir çalıştırma girdi dosyası oluşturun

gmx-mdrun(1)
Simülasyon gerçekleştirin, normal mod analizi yapın veya enerji minimizasyonu yapın

gmx-dönüştürme-tpr(1)
Değiştirilmiş bir çalıştırma girdi dosyası oluşturun

Görüntüleme yörüngelerini
gmx-nmtraj(1)
Bir özvektörden sanal bir salınan yörünge oluşturun

gmx görünümü(1)
Bir X-Windows terminalinde bir yörünge görüntüleyin

İşlemde enerjileri
gmx-lavman(1)
Bir enerji dosyasından bir enerji matrisi ayıklayın

gmx-enerji(1)
Enerjileri xvg dosyalarına yazar ve ortalamaları görüntüler

gmx-mdrun(1)
-rerun ile yörünge çerçeveleri için enerjileri (yeniden) hesaplayın

dönüştürme Dosyaları
gmx-editconf(1)
Yapı dosyalarını dönüştürür ve işler

gmx-enconv(1)
Enerji dosyalarını dönüştürün

gmx-sigeps(1)
c6/12 veya c6/cn kombinasyonlarını sigma/epsilon'a ve sigma/epsilon'dan dönüştürün

gmx-trjcat(1)
Yörünge dosyalarını birleştir

gmx-trjconv(1)
Yörünge dosyalarını dönüştürün ve yönetin

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) matrislerini postscript veya XPM'ye dönüştürün

Tools
gmx-analiz(1)
Veri kümelerini analiz edin

gmx dindomu(1)
İnterpolasyon ve ekstrapolasyon yapı rotasyonları

gmx filtresi(1)
Pürüzsüz filmler yapmak için kullanışlı olan frekans filtresi yörüngeleri

gmx-yalan(1)
Doğrusal kombinasyonlardan serbest enerjiyi tahmin edin

gmx-morf(1)
Konformasyonlar arasında doğrusal olarak enterpolasyon yap

gmx-pme_hatası(1)
Belirli bir girdi dosyasıyla PME kullanmanın hatasını tahmin edin

gmx-sahte(1)
Histogramlardan serbest enerjileri veya diğer histogramları hesaplayın

gmx-uzaysal(1)
Mekansal dağılım fonksiyonunu hesaplayın

gmx-traj(1)
Yörüngelerden x, v, f, kutu, sıcaklık ve dönme enerjisi grafiği

gmx-tune_pme(1)
Ayarları optimize etmek için PME sıralarının bir fonksiyonu olarak zaman mdrun

gmx-wham(1)
Şemsiye örneklemesinden sonra ağırlıklı histogram analizi yapın

gmx-kontrol(1)
Dosyaları kontrol edin ve karşılaştırın

gmx dökümü(1)
İkili dosyaları insan tarafından okunabilir hale getirin

gmx-make_ndx(1)
Dizin dosyaları oluşturun

gmx-mk_angndx(1)
'gmx açısı' için dizin dosyaları oluşturun

gmx-trjorder(1)
Molekülleri bir gruba olan uzaklıklarına göre sıralayın

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) matrislerini postscript veya XPM'ye dönüştürün

Mesafeler arasında yapılar
gmx-kümesi(1)
küme yapıları

gmx-confirms(1)
İki yapıyı sığdır ve RMSD'yi hesaplar

gmx-rms(1)
Bir referans yapısı ve RMSD matrisleri ile RMSD'leri hesaplayın

gmx-rmsf(1)
Atomik dalgalanmaları hesaplayın

Mesafeler in yapılar tekrar zaman
gmx-akılcı(1)
İki grup arasındaki minimum mesafeyi hesaplayın

gmx-mdmat(1)
Kalıntı temas haritalarını hesaplayın

gmx-polisstat(1)
Polimerlerin statik özelliklerini hesaplayın

gmx-rmsdist(1)
Güç -2, -3 veya -6 ile ortalama atom çifti mesafelerini hesaplayın

Kitle dağıtım özellikleri tekrar zaman
gmx-dönüşüm(1)
Dönme yarıçapını hesaplayın

gmx-msd(1)
Ortalama kare yer değiştirmeleri hesaplar

gmx-polisstat(1)
Polimerlerin statik özelliklerini hesaplayın

gmx-rdf(1)
Radyal dağılım fonksiyonlarını hesaplayın

gmx-rotacf(1)
Moleküller için rotasyonel korelasyon fonksiyonunu hesaplayın

gmx-rotmat(1)
Bir referans yapıya uydurmak için döndürme matrisini çizin

gmx-sans(1)
Küçük açılı nötron saçılma spektrumlarını hesaplayın

gmx saksafonlar(1)
Küçük açılı X-ışını saçılma spektrumlarını hesaplayın

gmx-traj(1)
Yörüngelerden x, v, f, kutu, sıcaklık ve dönme enerjisi grafiği

gmx-vanhove(1)
Van Hove yer değiştirme ve korelasyon fonksiyonlarını hesaplayın

Analiz bağlı etkileşimleri
gmx açısı(1)
Açılar ve dihedraller için dağılımları ve korelasyonları hesaplayın

gmx-mk_angndx(1)
'gmx açısı' için dizin dosyaları oluşturun

Yapısal özellikleri
gmx-anadock(1)
Autodock çalıştırmalarından küme yapıları

gmx paketi(1)
Eksen demetlerini analiz edin, örneğin helisler

gmx-clustsize(1)
Atomik kümelerin boyut dağılımlarını hesaplayın

gmx-disre(1)
Mesafe kısıtlamalarını analiz edin

gmx-hbond(1)
Hidrojen bağlarını hesaplayın ve analiz edin

gmx siparişi(1)
Karbon kuyrukları için atom başına sipariş parametresini hesaplayın

gmx-anapara(1)
Bir atom grubu için ana eylemsizlik eksenlerini hesaplayın

gmx-rdf(1)
Radyal dağılım fonksiyonlarını hesaplayın

gmx-tuz(1)
Hesaplama tuz köprüleri

gmx-yönelimli(1)
Çözünenlerin etrafındaki solvent oryantasyonunu analiz edin

gmx-spol(1)
Çözücü dipol oryantasyonunu ve çözünen maddeler etrafındaki polarizasyonu analiz edin

Kinetik özellikleri
gmx çubuğu(1)
Bennett'in kabul oranı aracılığıyla serbest enerji farkı tahminlerini hesaplayın

gmx-akımı(1)
Dielektrik sabitlerini ve mevcut otokorelasyon fonksiyonunu hesaplayın

gmx-dos(1)
Durumların yoğunluğunu ve buna dayalı özellikleri analiz edin

gmx-boya çifti(1)
Yörüngelerden boya dinamiklerini çıkarın

gmx-anapara(1)
Bir atom grubu için ana eylemsizlik eksenlerini hesaplayın

gmx-tcaf(1)
Sıvıların viskozitelerini hesaplayın

gmx-traj(1)
Yörüngelerden x, v, f, kutu, sıcaklık ve dönme enerjisi grafiği

gmx-vanhove(1)
Van Hove yer değiştirme ve korelasyon fonksiyonlarını hesaplayın

gmx-velacc(1)
Hız otokorelasyon fonksiyonlarını hesaplayın

Elektrostatik özellikleri
gmx-akımı(1)
Dielektrik sabitlerini ve mevcut otokorelasyon fonksiyonunu hesaplayın

gmx-dielektrik(1)
Frekansa bağlı dielektrik sabitlerini hesaplayın

gmx-dipoller(1)
Toplam dipol artı dalgalanmaları hesaplayın

gmx potansiyeli(1)
Kutu boyunca elektrostatik potansiyeli hesaplayın

gmx-spol(1)
Çözücü dipol oryantasyonunu ve çözünen maddeler etrafındaki polarizasyonu analiz edin

gmx-genion(1)
Enerjik olarak uygun pozisyonlarda monoatomik iyonlar üretin

Proteine ​​özgü analiz
gmx-do_dssp(1)
İkincil yapıyı atayın ve solvent erişilebilir yüzey alanını hesaplayın

gmx-chi(1)
Chi ve diğer dihedraller hakkında bilmek istediğiniz her şeyi hesaplayın

gmx sarmalı(1)
Alfa sarmallarının temel özelliklerini hesaplayın

gmx-sarmal yön(1)
Helislerin içindeki yerel eğim/bükme/dönme/yönlendirmeyi hesaplayın

gmx-rama(1)
Ramachandran grafiklerini hesaplayın

gmx-tekerlek(1)
Helisel tekerlekleri çizin

Arayüzler
gmx paketi(1)
Eksen demetlerini analiz edin, örneğin helisler

gmx yoğunluğu(1)
Sistemin yoğunluğunu hesaplayın

gmx-yoğunluk haritası(1)
2B düzlemsel veya eksenel-radyal yoğunluk haritalarını hesaplayın

gmx-yoğunlaştırıcı(1)
Yüzey dalgalanmalarını hesaplayın

gmx-h2sıra(1)
Su moleküllerinin yönünü hesaplayın

gmx-hidrorder(1)
Belirli bir atomun etrafındaki dörtyüzlülük parametrelerini hesaplayın

gmx siparişi(1)
Karbon kuyrukları için atom başına sipariş parametresini hesaplayın

gmx potansiyeli(1)
Kutu boyunca elektrostatik potansiyeli hesaplayın

Kovaryans analiz
gmx-anaeig(1)
Özvektörleri analiz edin

gmx-covar(1)
Kovaryans matrisini hesaplayın ve köşegenleştirin

gmx-make_edi(1)
Temel dinamik örneklemesi için girdi dosyaları oluşturun

Normal modları
gmx-anaeig(1)
Normal modları analiz edin

gmx-nmeig(1)
Normal mod analizi için Hessian'ı köşegenleştirin

gmx-nmtraj(1)
Bir özvektörden sanal bir salınan yörünge oluşturun

gmx-nmens(1)
Normal modlardan bir yapılar topluluğu oluşturun

gmx-gromp(1)
Bir çalıştırma girdi dosyası oluşturun

gmx-mdrun(1)
Minimum potansiyel enerjiyi bulun ve Hessian'ı hesaplayın

TELİF HAKKI

2015, GROMACS geliştirme ekibi

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx_d'yi çevrimiçi kullanın