gmx-yoğunluğu - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-density - Sistemin yoğunluğunu hesaplayın

SİNOPSİS

gmx yoğunluğu [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-dens ] [-ng ] [-[no]merkez]
[-[hayır]simge] [-[hayır]akraba]

TANIM

gmx yoğunluk bir dizin dosyası kullanarak kutudaki kısmi yoğunlukları hesaplar.

NPT simülasyonlarının toplam yoğunluğu için şunu kullanın: gmx enerji yerine.

seçenek -Center keyfi bir merkeze göre histogram gruplaması gerçekleştirir
grup, mutlak kutu koordinatlarında. Z ekseni kutusu boyunca profilleri hesaplıyorsanız
bZ boyutu, tüm sistemi temel alarak ortalarsanız çıktı -bZ/2'den bZ/2'ye olacaktır.
Bu davranışın GROMACS 5.0'da değiştiğini unutmayın; önceki sürümler yalnızca bir
(0,bZ) içinde statik gruplama ve çıktıyı kaydırdı. Şimdi her karenin merkezini hesaplıyoruz
ve bin içinde (-bZ/2,bZ/2).

seçenek -simge çıktıyı merkez çevresinde simetrik hale getirir. Bu otomatik olarak açılır
-Center fazla. Seçenek -akraba bölme işlemini mutlak kutu yerine göreli olarak gerçekleştirir
nihai çıktıyı çıktı boyunca ortalama kutu boyutuyla koordine eder ve ölçekler
eksen. Bu ile birlikte kullanılabilir -Center.

Yoğunluklar kg/m^3 cinsindendir ve sayı yoğunlukları veya elektron yoğunlukları da olabilir.
hesaplandı. Elektron yoğunlukları için, her biri için elektron sayısını açıklayan bir dosya
atom türü kullanılarak sağlanmalıdır -ei. Şuna benzemelidir:

2
atom adı = nrelektronlar
atom adı = nrelektronlar

İlk satır, dosyadan okunacak satır sayısını içerir. bir tane olmalı
sisteminizdeki her benzersiz atom adı için satır. Her atom için elektron sayısı
atomik kısmi yükü ile değiştirilir.

İKİLİ KATLILAR İÇİN ÖNEMLİ HUSUSLAR

En yaygın kullanım senaryolarından biri, çeşitli grupların yoğunluğunu hesaplamaktır.
tipik olarak z ekseninin normal yön olduğu bir lipit çift tabakası boyunca. Kısaca
simülasyonlar, küçük sistemler ve sabit kutu boyutları bu iyi çalışır, ancak daha fazlası için
genel durum lipid çift katmanları karmaşık olabilir. Her ikisi de iken ilk sorun
proteinler ve lipitler düşük hacim sıkıştırılabilirliğine sahiptir, lipitler oldukça yüksek alana sahiptir
sıkıştırılabilirlik. Bu, kutunun şeklinin (kalınlık ve alan/lipid) dalgalanacağı anlamına gelir.
tamamen gevşemiş bir sistem için bile önemli ölçüde. GROMACS, kutuyu
orijin ve pozitif koordinatlar, bu da kutuda ortalanmış bir çift katmanın olduğu anlamına gelir.
bu dalgalanmalardan dolayı biraz yukarı/aşağı hareket edecek ve profilinizi lekeleyecektir. Kolay
Bunu düzeltmenin yolu (basınç bağlantısı istiyorsanız) -Center seçenek o
kutunun merkezine göre yoğunluk profilini hesaplar. Yapabileceğinizi unutmayın
ile karmaşık simetrik olmayan bir sisteminiz olsa bile, yine de çift katmanlı parça üzerinde ortalayın.
çift ​​katmanlı ve diyelim ki, zar proteinleri - o zaman çıktımız bir üzerinde daha fazla değere sahip olacaktır.
(merkez) orijin referansının tarafı.

Ortalanmış hesaplama bile, çıktı profillerinin bir miktar bulaşmasına yol açacaktır, çünkü
lipidlerin kendileri sıkıştırılır ve genişletilir. Çoğu durumda muhtemelen bunu istersiniz (çünkü
makroskopik deneylere karşılık gelir), ancak moleküler ayrıntılara bakmak isterseniz
kullanabilirsin -akraba hacmin etkilerini daha da fazla kaldırmaya çalışma seçeneği
dalgalanmaları.

Son olarak, yüzey gerilimine maruz kalmayan büyük çift katmanlar dalgalı
sistemde oluşan 'dalgaların' olduğu dalgalanmalar. Bu temel bir
biyolojik sistemin özelliği ve eğer deneylerle karşılaştırıyorsanız, muhtemelen
dalgalanma bulaşma etkisini dahil etmek istiyorum.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası

-ei [<.dat>] (elektronlar.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xvg>] (yoğunluk.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-d (Z)
Membran üzerindeki normali X, Y veya Z yönünde alın.

-sl (50)
Kutuyu bu sayıda dilime bölün.

-dens (kitle)
Yoğunluk: kütle, sayı, yük, elektron

-ng (1)
Yoğunlukları hesaplanacak grup sayısı.

-[no]merkez (yok hayır)
(Değiştirme) kutusunun ortasına göre gruplamayı gerçekleştirin. İçin yararlı
çift ​​katmanlı.

-[hayır]simge (yok hayır)
Yoğunluğu merkeze göre eksen boyunca simetrikleştirin. İçin yararlı
çift ​​katmanlı.

-[hayır]akraba (yok hayır)
Kutuları değiştirmek ve çıktıyı ortalama boyutlara göre ölçeklemek için göreli koordinatları kullanın.

BİLİNEN KONULAR

· Elektron yoğunlukları hesaplanırken tip yerine atom isimleri kullanılır. Bu kötü.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx yoğunluğunu çevrimiçi kullanın