gmx-energy - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-energy - Enerjileri xvg dosyalarına yazar ve ortalamaları görüntüler

SİNOPSİS

gmx enerjisi [-f [<.edr>]] [f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[- şiddet [<.xvg>]] [-çiftler [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-kor [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[şimdi] [-xvg ] [-[ücretsiz]
[- fetemp ] [-sıfır ] [-[hayır]toplam] [-[hayır]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[hayır]mutot] [-atlamak ]
[-[hayır]orta] [-nmol ] [-[hayır]fluct_props]
[-[hayır]driftcorr] [-[hayır]akış] [-[hayır]orinst] [-[hayır]ove]
[-acflen ] [-[hayır]normalleştirme] [-P ]
[-fitfn ] [-başlamak ] [-son uyum ]

TANIM

gmx enerji bir enerji dosyasından enerji bileşenlerini veya mesafe kısıtlama verilerini çıkarır. NS
kullanıcıdan istenen enerji terimlerini etkileşimli olarak seçmesi istenir.

Ortalama, RMSD ve sapma, simülasyondan tam hassasiyetle hesaplanır (bkz.
basılı kılavuz). Kayma, verilerin en küçük kareler sığdırılmasıyla hesaplanır.
düz. Bildirilen toplam sapma, ilk ve sondaki uyumun farkıdır.
puan. 5 blok üzerinden bir blok ortalamalarına dayalı olarak ortalamanın bir hata tahmini verilir
tam-hassas ortalamaları kullanarak. Hata tahmini, birden fazla blok üzerinden gerçekleştirilebilir
seçenekleri ile uzunluklar -nbmin ve -nbmax. not çoğu durumda enerji dosyaları
tüm MD adımlarının ortalamalarını veya içindeki kare sayısından çok daha fazla noktayı içerir.
enerji dosyası Bu gmx enerji istatistik çıktısından daha doğru .xvg
çıktı. Enerji dosyasında kesin ortalamalar bulunmadığında, bahsedilen istatistikler
yukarıdakiler sadece tek, kare başına enerji değerlerinin üzerindedir.

Dalgalanma terimi, RMSD'yi en küçük kareler uyumu etrafında verir.

Doğru enerji terimleri sağlandığında bazı dalgalanmaya bağlı özellikler hesaplanabilir
seçilidir ve komut satırı seçeneği -fluct_props verilmiş. Devamındaki
özellikler hesaplanır:

┌──────────────────────────────────────────── ─────┐
│Mülkiyet │ Gerekli enerji terimleri │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│Isı ​​kapasitesi C_p (NPT sims): │ Entalpi, Sıcaklık │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│Isı ​​kapasitesi C_v (NVT sims): │ Etot, Sıcaklık │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│Termal genleşme katsayısı. (NPT): │ Entalpi, Hacim, Sıcaklık │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│İzotermal sıkıştırılabilirlik: │ Vol, Temp │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│Adyabatik kütle modülü: │ Hacim, Sıcaklık │
└──────────────────────────────────────────── ─────┘

Her zaman molekül sayısını ayarlamanız gerekir. -nmol. C_p/C_v hesaplamaları değil
kuantum etkileri için herhangi bir düzeltmeyi içerir. Kullan gmx içeride programa ihtiyacınız varsa (ve
Yapmalısın).

Zaman - şiddet seçeneği belirlenir, zaman ortalamalı ihlaller çizilir ve devam eden
zaman ortalamalı ve anlık ihlallerin toplamı yeniden hesaplanır. Ek olarak koşu
seçilen çiftler arasındaki zaman ortalamalı ve anlık mesafeler,
-çiftler seçeneği.

Opsiyonlar -ora, -ort, -oda, -odr ve -odt oryantasyon kısıtlama verilerini analiz etmek için kullanılır.
İlk iki seçenek oryantasyonu, son üçü ise sapmaları gösterir.
deneysel değerlerden yönelimler. 'a' ile biten seçenekler
kısıtlamanın bir fonksiyonu olarak zaman içinde ortalama. 'T' ile biten seçenekler,
kısıtlama etiket numaraları için kullanıcı ve verileri zamanın bir fonksiyonu olarak çizin. Seçenek -odr
kısıtlamanın bir fonksiyonu olarak RMS sapmasını çizer. Çalışma zamanı veya topluluğu kullandığında
ortalama oryantasyon kısıtlamaları, seçenek -orinst anlık analiz etmek için kullanılabilir,
zaman ve topluluk yerine topluluk ortalamalı yönelimler ve sapmalar değil
ortalamalar.

seçenek -oten her oryantasyon için moleküler sıra tensörünün özdeğerlerini çizer
kısıtlama deneyi. seçeneği ile -ovec ayrıca özvektörler çizilir.

seçenek -odh serbest enerji verilerini çıkarır ve çizer (Hamiltoian farklılıkları ve/veya
Hamiltonian türevi dhdl) enerji.edr dosyası.

İle -ücret ideal bir gazla serbest enerji farkı için bir tahmin hesaplanır
durum:

Delta A = A(N,V,T) - A_idealgaz(N,V,T) = kT ln( )
Delta G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

k, Boltzmann'ın sabitidir, T ile belirlenir - fetemp ve ortalama topluluk üzerinde
(veya bir yörüngedeki zaman). Bunun prensipte yalnızca ortalama alındığında doğru olduğunu unutmayın.
bütün (Boltzmann) topluluğu üzerinde ve potansiyel enerjiyi kullanarak. Bu aynı zamanda
kullanarak bir entropi tahmini:

Delta S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - Delta A)/T
Delta S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + pV - Delta G)/T

İkinci bir enerji dosyası belirtildiğinde (f2), bir serbest enerji farkı hesaplanır:

dF = -kT ln( _A) ,

burada E_A ve E_B birinci ve ikinci enerji dosyalarından gelen enerjilerdir ve ortalama
A kümesinin üzerindedir. Serbest enerji farkının çalışan ortalaması, a'ya yazdırılır.
tarafından belirtilen dosya -ravg. not enerjilerin her ikisinin de aynı değerden hesaplanması gerektiğini
Yörünge.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.edr>] (ener.edr)
enerji dosyası

f2 [<.edr>] (ener.edr) (İsteğe bağlı)
enerji dosyası

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xvg>] (enerji.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

- şiddet [<.xvg>] (ihlalci.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-çiftler [<.xvg>] (çiftler.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-ora [<.xvg>] (oryanta.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-oda [<.xvg>] (orideva.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-oten [<.xvg>] (oriten.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-kor [<.xvg>] (encorr.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-vis [<.xvg>] (visko.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-ravg [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-[ücretsiz (yok hayır)
Ücretsiz bir enerji tahmini yapın

- fetemp (300)
Serbest enerji hesaplaması için referans sıcaklık

-sıfır (0)
Sıfır noktası enerjisini çıkar

-[hayır]toplam (yok hayır)
Hepsini görüntülemek yerine seçilen enerji terimlerini toplayın

-[hayır]dp (yok hayır)
Enerjileri yüksek hassasiyetle yazdırın

-nbmin (5)
Hata tahmini için minimum blok sayısı

-nbmax (5)
Hata tahmini için maksimum blok sayısı

-[hayır]mutot (yok hayır)
Bileşenlerden toplam dipol momentini hesaplayın

-atlamak (0)
Veri noktaları arasındaki kare sayısını atla

-[hayır]orta (yok hayır)
Ayrıca enerji çerçevelerinde depolanan tam ortalamayı ve rmsd'yi yazdırın (yalnızca 1 terim olduğunda
talep edildi)

-nmol (1)
Numunenizdeki molekül sayısı: enerjiler bu sayıya bölünür

-[hayır]fluct_props (yok hayır)
Isı kapasitesi gibi enerji dalgalanmalarına dayalı hesaplama özellikleri

-[hayır]driftcorr (yok hayır)
Yalnızca dalgalanma özelliklerinin hesaplanması için kullanışlıdır. içindeki sürüklenme
dalgalanma özellikleri hesaplanmadan önce gözlemlenebilirler çıkarılacaktır.

-[hayır]akış (yok hayır)
Enerjinin kendisinden ziyade enerji dalgalanmalarının otokorelasyonunu hesaplayın

-[hayır]orinst (yok hayır)
Anlık oryantasyon verilerini analiz edin

-[hayır]ove (yok hayır)
Ayrıca özvektörleri şu şekilde çizin: -oten

-acflen (-1)
ACF'nin uzunluğu, varsayılan çerçeve sayısının yarısıdır

-[hayır]normalleştirme (Evet)
ACF'yi normalleştir

-P (0)
ACF için Legendre polinomunun sırası (0 yok anlamına gelir): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Yok)
Sığdırma işlevi: yok, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-başlamak (0)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumuna başlama zamanı

-son uyum (-1)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumunun sona ereceği zaman, -1,
son

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-energy'yi çevrimiçi kullanın