Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-mindist komutudur.
Program:
ADI
gmx-mindist - İki grup arasındaki minimum mesafeyi hesapla
SİNOPSİS
gmx zihin uzmanı [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [-on [<.xvg>]] [-o [<.çık>]]
[-öküz [<.xtc/.trr/...>]] [Ya da [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-sen ] [-[şimdi]
[-xvg ] [-[no]matris] [-[hayır]maks] [-d ]
[-[hayır]grup] [-[hayır]pi] [-[Bölünme yok] [-ng ]
[-[hayır]pbc] [-[hayır]respertime] [-[no]baskı adı]
TANIM
gmx akılcı bir grup ile bir dizi diğer grup arasındaki mesafeyi hesaplar. İkisi de
minimum mesafe (ilgili gruplardan herhangi bir atom çifti arasında) ve
belirli bir mesafedeki kontaklar iki ayrı çıktı dosyasına yazılır. İle
-grubu Seçenek, başka bir gruptaki bir atomun birinci gruptaki çoklu atomlarla teması
birden fazla kişi yerine tek kişi olarak sayılır. İle birlikte Ya da, minimum mesafeler
birinci gruptaki her kalıntı belirlenir ve kalıntının bir fonksiyonu olarak çizilir
numarası.
Seçeneği ile -pi bir grubun periyodik görüntüsüne olan minimum mesafesi çizilir. Bu
simülasyon sırasında bir proteinin periyodik görüntüsünü görüp görmediğini kontrol etmek için kullanışlıdır. Sadece bir
her yöne kayma dikkate alınır ve toplam 26 vardiya verilir. Aynı zamanda
grup içindeki maksimum mesafe ve üç kutu vektörünün uzunlukları.
Ayrıca gmx mesafe ve gmx çift yazar mesafeleri hesaplayın.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-od [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-on [<.xvg>] (sayısal.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-o [<.çık>] (atm-çifti.out) (İsteğe bağlı)
Genel çıktı dosyası
-öküz [<.xtc/.trr/...>] (mindist.xtc) (İsteğe bağlı)
Yörünge: coşku tr harika g96 pdb tng
Ya da [<.xvg>] (mindistres.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[no]matris (yok hayır)
Grup-grup mesafelerinin yarım matrisini hesaplayın
-[hayır]maks (yok hayır)
Hesaplanmış maksimum minimum yerine mesafe
-d (0.6)
Kişiler için mesafe
-[hayır]grup (yok hayır)
İlk gruptaki birden fazla atomla temasları tek olarak sayın
-[hayır]pi (yok hayır)
Periyodik görüntülerle minimum mesafeyi hesaplayın
-[Bölünme yok (yok hayır)
Zamanın sıfır olduğu bölünmüş grafik
-ng (1)
Merkezi bir gruba olan mesafeyi hesaplamak için ikincil grup sayısı
-[hayır]pbc (Evet)
Periyodik sınır koşullarını dikkate alın
-[hayır]respertime (yok hayır)
Kalıntı başına mesafeleri yazarken, her zaman noktası için mesafeyi yazın
-[no]baskı adı (yok hayır)
Kalıntı adlarını yazın
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-mindist'i çevrimiçi kullanın
