gmx-sham - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-sham - Histogramlardan serbest enerjileri veya diğer histogramları hesaplayın

SİNOPSİS

gmx sahte [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-en [<.xvg>]] [-uzaklık [<.xvg>]]
[-histo [<.xvg>]] [-çöp Kutusu [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-Ish [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[şimdi] [-xvg ]
[-[zaman yok] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[hayır]d] [-[hayır]sahte] [-tsham ]
[-pm ] [-loş ] [- ızgara ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmaks ]
[-gmaks ] [-emin ] [-emaks ]
[-nseviyeler ]

TANIM

gmx sahte çok boyutlu serbest enerji, entalpi ve entropi grafikleri yapar. gmx sahte okur
bir veya daha fazla .xvg Dosyalar ve veri kümelerini analiz eder. temel amacı gmx sahte komplo kurmak
Gibbs serbest enerji manzaraları (seçenek -ls) çok boyutlu ters çevirme Bolzmann tarafından
histogramlar (seçenek -lp), ancak aynı zamanda entalpi de yapabilir (seçenek -Ish) ve entropi (seçenek
-lss) parseller. Histogramlar, kullanıcının sağladığı herhangi bir miktar için yapılabilir. bir satır
girdi dosyası bir zamanla başlayabilir (seçenek Zamanlı) ve herhangi bir sayıda y-değerler olabilir
takip et. Birden çok küme, & (seçenek) ile ayrıldıklarında da okunabilir. -n), bunda
vaka sadece bir y-değer her satırdan okunur. # ve @ ile başlayan tüm satırlar
atlandı.

seçenek -ge topluluk olmadığında bir dosyaya serbest enerji sağlamak için kullanılabilir.
Boltzmann topluluğu, ancak bu serbest enerji tarafından önyargılı olması gerekiyor. Bir serbest enerji değeri
içindeki her (çok boyutlu) veri noktası için gerekli -f giriş.

seçenek -en enerjileri olan bir dosya sağlamak için kullanılabilir. Bu enerjiler olarak kullanılır.
Kumar ve diğerleri tarafından tek histogram analiz yönteminde ağırlıklandırma fonksiyonu. Ne zaman
sıcaklıklar sağlanır (dosyada ikinci bir sütun olarak), deneysel bir ağırlıklandırma
şeması uygulanır. Ek olarak, değerler entalpi ve entropi grafikleri yapmak için kullanılır.

Seçeneği ile -loş, mesafeler için boyutlar verilebilir. Bir mesafe 2- veya
3 boyutlu, iki parçacık tarafından örneklenen çevre veya yüzey,
artan mesafe. Neyi göstermek istediğine bağlı olarak, kişi düzeltmeyi seçebilir
Bu hacim etkisi için histogram ve serbest enerji. Olasılık r ile normalleştirilir
ve sırasıyla 2 ve 2 boyutları için r^3. belirtmek için -1 değeri kullanılır.
iki vektör arasındaki derece cinsinden açı: bir günah(açı) normalizasyonu uygulanacaktır. not
vektörler arasındaki açılar için iç çarpım veya kosinüs, elde edilecek doğal niceliktir.
aynı hacimde kutular üreteceği için kullanın.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.xvg>] (grafik.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-en [<.xvg>] (esham.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-uzaklık [<.xvg>] (enerji.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-histo [<.xvg>] (edit.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-çöp Kutusu [<.ndx>] (bindex.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası

-Ish [<.xpm>] (entalpi.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası

-lss [<.xpm>] (entropi.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (İsteğe bağlı)
Protein veri bankası dosyası

-g [<.log>] (shamlog.log) (İsteğe bağlı)
Log dosyası

Diğer seçenekler:

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-[zaman yok (Evet)
Girişte bir süre bekleyin

-b (-1)
Setten ilk kez okuyorum

-e (-1)
Setten okumak için son kez

-ttol (0)
Uygun birimlerde zamanında tolerans (genellikle ps)

-n (1)
Yalnızca ve işareti içeren satırlarla ayrılmış bu sayıda kümeyi okuyun

-[hayır]d (yok hayır)
türevi kullan

-[hayır]sahte (Evet)
Enerjiler verilse bile enerji ağırlıklandırmayı kapatın

-tsham (298.15)
Tek histogram analizi için sıcaklık

-pm (0)
Minimum olasılık. Bundan daha düşük herhangi bir şey sıfıra ayarlanacaktır.

-loş (1 1 1)
Hacim düzeltmesi için kullanılan mesafe boyutları (maks 3 değer, boyutlar > 3
son ile aynı değeri alacak)

- ızgara (32 32 32)
Enerji manzaraları için kutu sayısı (maksimum 3 değer, boyutlar > 3
son ile aynı değer)

-xmin (0 0 0)
Enerji alanındaki eksenler için minimum (> 3 boyut için yukarıya bakın)

-xmax (1 1 1)
Enerji alanındaki eksenler için maksimum (> 3 boyut için yukarıya bakın)

-pmaks (0)
Çıktıda maksimum olasılık, varsayılan hesaplamadır

-gmaks (0)
Çıkışta maksimum serbest enerji, varsayılan hesaplamadır

-emin (0)
Çıktıdaki minimum entalpi, varsayılan hesapla

-emaks (0)
Çıktıdaki maksimum entalpi, varsayılan hesaplamadır

-nseviyeler (25)
Enerji ortamı için seviye sayısı

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-sham'ı çevrimiçi kullanın