gmx-wham - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-wham - Şemsiye örneklemesinden sonra ağırlıklı histogram analizi gerçekleştirin

SİNOPSİS

gümbür gümbür [-ix [<.dat>]] [-Eğer [<.dat>]] [-o [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-dır-dir [<.dat>]] [-iact [<.dat>]] [sekme [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-geçmiş [<.xvg>]] [-yaygın [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-bsprof [<.xvg>]] [-xvg ]
[-min ] [-max ] [-[hayır]otomatik] [-binler ]
[-sıcaklık ] [-tol ] [-[hayır]v] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[hayır]tarihsel olarak] [-[hayır]sadece sınırlı]
[-[hayır]günlük] [-birim ] [-zprof0 ] [-[hayır]döngü]
[-[hayır]sem] [-[hayır]ac] [- acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-yöntemi ] [-bs-tau ]
[-bs-tohum ] [-histbs-blok ] [-[hayır]vbs]

TANIM

gmx vay Ağırlıklı Histogram Analiz Yöntemini uygulayan bir analiz programıdır.
(WHAM). Şemsiye örnekleme simülasyonları tarafından oluşturulan çıktı dosyalarının analiz edilmesi amaçlanmıştır.
ortalama kuvvet potansiyelini (PMF) hesaplamak için.

gmx vay şu anda tam olarak güncel değil. Yalnızca ilkinin olduğu çekme kurulumlarını destekler.
çekme koordinat(lar)ı şemsiye çekme koordinatlarıdır ve eğer birden fazla koordinat gerekiyorsa
analiz edilecek, hepsi aynı geometri ve boyutları kullandı. Çoğu durumda bu bir
konu.

Şu anda, üç giriş modu desteklenmektedir.

· Seçenek ile -o, kullanıcı, şemsiyenin dosya adlarını içeren bir dosya sağlar.
simülasyon çalıştırma girdi dosyaları (.tpr dosyaları), AND, seçeneğiyle -ix, içeren bir dosya
pullx'in dosya adları mdrun çıktı dosyaları. NS .tpr ve pullx dosyaları içinde olmalıdır
karşılık gelen sipariş, yani ilk .tpr ilk pullx'i yarattı, vb.

· Kullanıcının çekme kuvveti çıkışı sağlaması dışında önceki giriş moduyla aynı
dosya adları (pullf.xvg) seçeneği ile -Eğer. Çekme kuvvetinden pozisyondaki
şemsiye potansiyeli hesaplanır. Bu tablolanmış şemsiye potansiyelleri ile çalışmaz.

· Seçenek ile -ip, kullanıcı (gzip'li) .pdo dosyalarının dosya adlarını sağlar, yani GROMACS
3.3 şemsiye çıktı dosyaları. Alışılmadık bir reaksiyon koordinatınız varsa, şunları da yapabilirsiniz:
kendi .pdo dosyalarınızı oluşturun ve bunları -ip seçeneği gmx vay.
.pdo dosya başlığı aşağıdakine benzer olmalıdır:

# ŞEMSİYE 3.0
# Bileşen seçimi: 0 0 1
# n1 atla
# Referans Grup 'TestAtom'
#Nr. çekme gruplarının 2
# Grup 1 'GR1' Umb. konum 5.0 Um. Eksileri. 1000.0
# Grup 2 'GR2' Umb. konum 2.0 Um. Eksileri. 500.0
#####

Çekme gruplarının sayısı, şemsiye konumları, kuvvet sabitleri ve adları (
tabii) farklıdır. Başlığın ardından, her çekme için bir zaman sütunu ve bir veri sütunu
grup takip eder (yani şemsiye merkezine göre yer değiştirme). dörde kadar
şu anda .pdo dosyası başına çekme grupları mümkündür.

Varsayılan olarak, tüm pullx/pulf dosyalarında bulunan tüm çekme grupları WHAM'da kullanılır. eğer sadece bazıları
çekme gruplarından biri kullanılmalıdır, bir çekme grubu seçim dosyası (seçenek -dır-dir) olabilir
tedarik edilen. Seçim dosyası, tpr-files.dat içindeki her tpr dosyası için bir satır içermelidir.
Bu satırların her biri, tpr dosyasındaki her çekme grubu için bir rakam (0 veya 1) içermelidir.
Burada 1, WHAM'de çekme grubunun kullanıldığını, 0 ise atlandığı anlamına gelir. Örnek:
Her biri 4 çekme grubu içeren, ancak yalnızca çekme grubu 1 ve 2'yi içeren üç tpr dosyanız varsa
kullanılmalıdır, groupsel.dat şöyle görünür:

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

Varsayılan olarak, çıktı dosyaları

· -o PMF çıktı dosyası

· -geçmiş Histogram çıktı dosyası

Her zaman histogramların yeterince örtüşüp örtüşmediğini kontrol edin.

Şemsiye potansiyelinin harmonik olduğu varsayılır ve kuvvet sabitleri
.tpr veya .pdo dosyaları. Harmonik olmayan bir şemsiye kuvveti uygulandıysa, tablo halinde bir potansiyel
ile sağlamak sekme.

ne seçenekleri
· -binler Analizde kullanılan kutu sayısı

· -sıcaklık Simülasyonlarda sıcaklık

· -tol Profil (olasılık) toleranstan daha az değiştiyse yinelemeyi durdur

· -Oto Otomatik sınırların belirlenmesi

· -en az en çok Profilin sınırları

Profili hesaplamak için kullanılan veri noktaları seçeneklerle sınırlandırılabilir. -b,
-e, ve -dt. Ayarla -b her şemsiye penceresinde yeterli dengeyi sağlamak için.

İle log (varsayılan) profil enerji birimlerinde yazılır, aksi takdirde (ile -nolog) gibi
olasılık. Birim ile belirtilebilir -birim. Enerji çıkışı ile, içindeki enerji
ilk bin sıfır olarak tanımlanır. Serbest enerjiyi farklı bir konumda istiyorsanız
sıfır ol, ayarla -zprof0 (önyükleme ile yararlıdır, aşağıya bakın).

Döngüsel veya periyodik reaksiyon koordinatları için (iki köşeli açı, ozmotik olmayan kanal PMF
gradyan), seçenek -sikl kullanışlı. gmx vay periyodunu kullanacaktır.
sistem ve periyodik bir PMF oluşturun. Reaksiyon koordinatının ilk ve son kutusu
komşu olduğu varsayılacaktır.

seçenek -sim çıktıdan önce profili z=0 civarında simetrikleştirir; bu, aşağıdakiler için yararlı olabilir:
örneğin membranlar.

parallelleştirme
Varsa, g_wham tarafından kullanılan OpenMP iş parçacıklarının sayısı ile kontrol edilir. -Nt.

otokorelasyonlar
İle -AC, gmx vay her biri için entegre otokorelasyon süresini (IACT) tau tahmin eder
şemsiye penceresi ve ilgili pencereyi 1/[1+2*tau/dt] ile ağırlıklandırır. IACT'ler
ile tanımlanan dosyaya yazılır -yaygın. Ayrıntılı modda, tüm otokorelasyon işlevleri
(ACF'ler) yazılır hist_autocorr.xvg. Çünkü IACT'ler ciddi şekilde hafife alınabilir
sınırlı örnekleme durumunda, seçenek - acsig boyunca IACT'leri yumuşatmasına izin verir
Gauss ile reaksiyon koordinatı (sigma ile sağlanan - acsig, çıktıya bakın iact.xvg).
IACT'lerin, ACF'lerin basit entegrasyonu ile tahmin edilirken, ACF'ler
daha büyük 0.05. IACT'leri daha karmaşık (ancak muhtemelen
daha az sağlam) bir çift üstel uydurma gibi bir yöntem, IACT'leri hesaplayabilirsiniz.
ile gmx çözümlemek ve onlara sağlamak gmx vay dosya ile iact-in.dat (seçenek -iact),
giriş dosyası (.pdo veya pullx/f dosyası) başına bir satır ve başına bir sütun içermelidir.
grubu ilgili dosyada çekin.

Hata analiz
İstatistiksel hatalar, önyükleme analizi ile tahmin edilebilir. Dikkatli kullanın, aksi takdirde
istatistiksel hata büyük ölçüde hafife alınabilir. Daha fazla arka plan ve örnek
Bootstrap tekniği için Hub, de Groot ve Van der Spoel, JCTC (2010) bulunabilir.
6: 3713-3720. -nBootstrap önyükleme sayısını tanımlar (kullanım, örneğin, 100). dört
önyükleme yöntemleri ile desteklenir ve seçilir -bs-yöntemi.

· b-geçmiş Varsayılan: tam histogramlar bağımsız veri noktaları olarak kabul edilir ve
önyükleme, histogramlara rastgele ağırlıklar atanarak gerçekleştirilir ("Bayes
önyükleme"). Reaksiyon koordinatı boyunca her noktanın kapsanması gerektiğini unutmayın.
birden fazla bağımsız histogram (örneğin 10 histogram), aksi takdirde istatistiksel hata
hafife.

· dur Tam histogramlar bağımsız veri noktaları olarak kabul edilir. Her biri için
önyükleme, N histogram, verilen N histogramdan rastgele seçilir (izin veren
çoğaltma, yani değiştirme ile örnekleme). boyunca veri içermeyen boşlukları önlemek için
histogramların reaksiyon koordinat blokları (-histbs-blok) tanımlanabilir. Bu durumda,
verilen histogramlar bloklara bölünür ve sadece her blok içindeki histogramlar
karışık. Her blok içindeki histogramların, tüm blokları temsil etmesi gerektiğini unutmayın.
olası histogramlar, aksi takdirde istatistiksel hata hafife alınır.

· yörünge Verilen histogramlar, yeni rastgele yörüngeler oluşturmak için kullanılır;
oluşturulan veri noktaları verilen histogramlara göre dağıtılır ve uygun şekilde
otokorelasyonlu. Her pencere için otokorelasyon süresi (ACT) bilinmelidir, bu nedenle -AC
veya ACT'ye sağlayın -iact. Tüm pencerelerin ACT'si aynıysa (ve biliniyorsa),
ayrıca onlara sağlayabilir -bs-tau. Bu yöntemin ciddi şekilde hafife alabileceğini unutmayın.
sınırlı örnekleme durumunda hata, yani bireysel histogramlar temsil etmiyorsa
ilgili konumlarda tam faz alanı.

· traj-gauss Yöntemle aynı yörünge, ancak yörüngeler
şemsiye histogramları ancak şemsiyenin ortalaması ve genişliği ile Gauss'lardan
histogramlar. Bu yöntem, yöntem gibi benzer hata tahminleri verir. yörünge.

Önyükleme çıktısı:

· -bsres Ortalama profil ve standart sapmalar

· -bsprof Tüm önyükleme profilleri

İle -vbs (ayrıntılı önyükleme), her önyüklemenin histogramları yazılır ve
önyükleme yöntemi yörünge, histogramların kümülatif dağılım işlevleri.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-ix [<.dat>] (çekme dosyaları.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-Eğer [<.dat>] (pulf-files.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-o [<.dat>] (tpr dosyaları.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-ip [<.dat>] (pdo dosyaları.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-dır-dir [<.dat>] (grupsel.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-iact [<.dat>] (iact-in.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

sekme [<.dat>] (umb-pot.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xvg>] (profil.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-geçmiş [<.xvg>] (histo.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-yaygın [<.xvg>] (iact.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-bsres [<.xvg>] (bsResult.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-bsprof [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

Diğer seçenekler:

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-min (0)
Profildeki minimum koordinat

-max (0)
Profilde maksimum koordinat

-[hayır]otomatik (Evet)
Min ve max'ı otomatik olarak belirleyin

-binler (200)
Profildeki kutu sayısı

-sıcaklık (298)
Sıcaklık

-tol (1e-06)
Hoşgörü

-[hayır]v (yok hayır)
ayrıntılı mod

-b (50)
Analiz için ilk kez (ps)

-e (1e+20)
Analiz için son kez (ps)

-dt (0)
Yalnızca her dt ps'yi analiz edin

-[hayır]tarihsel olarak (yok hayır)
Histogramları yaz ve çık

-[hayır]sadece sınırlı (yok hayır)
Min ve max'ı belirleyin ve çıkın (ile -Oto)

-[hayır]günlük (Evet)
Yazdırmadan önce profilin günlüğünü hesaplayın

-birim (Kj)
Log çıkışı durumunda enerji birimi: kJ, kCal, kT

-zprof0 (0)
Bu konumda profili 0.0 olarak tanımlayın (ile log)

-[hayır]döngü (yok hayır)
Döngüsel/periyodik profil oluşturun. Min ve max'ın aynı nokta olduğunu varsayar.

-[hayır]sem (yok hayır)
Profili z=0 etrafında simetrikleştir

-[hayır]ac (yok hayır)
Entegre otokorelasyon sürelerini hesaplayın ve wham'da kullanın

- acsig (0)
Bu sigmanın Gaussian ile reaksiyon koordinatı boyunca düzgün otokorelasyon süreleri

-ac-trestart (1)
Otokorelasyon işlevlerini hesaplarken, her .. (ps) hesaplamayı yeniden başlatın

-nBootstrap (0)
istatistiksel belirsizliği tahmin etmek için önyükleme sayısı (örneğin, 200)

-bs-yöntemi (b-geçmiş)
Önyükleme yöntemi: b-hist, geçmiş, traj, traj-gauss

-bs-tau (0)
Tüm histogramlar için varsayılan otokorelasyon süresi (ACT). seçeneği kullan -AC ACT ise
bilinmiyor.

-bs-tohum (-1)
Önyükleme için tohum. (-1 = kullanım süresi)

-histbs-blok (8)
Histogramları karıştırırken sadece bloklar içinde karıştırın -histbs-blok.

-[hayır]vbs (yok hayır)
Ayrıntılı önyükleme. Her önyükleme için CDF'leri ve bir histogram dosyasını yazdırın.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-wham'ı çevrimiçi kullanın