Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-hop komutudur.
Program:
ADI
gt-hop - Aynı kökenli dizi tabanlı homopolimer hata düzeltmesi.
SİNOPSİS
gt atlama - -C -harita -okur [seçenekler...]
AÇIKLAMA
-c [dizi]
aynı kökenli dizi (gt encseq kodlaması kullanılarak kodlanmıştır)
-harita [dizi]
okumaların aynı kök diziye eşlenmesi SAM/BAM formatında olmalı ve şuna göre sıralanmalıdır:
koordinat (örneğin: samtools sort kullanılarak hazırlanabilir)
-Sam [evet|hayır]
eşleme dosyası SAM varsayılanıdır: BAM
-agresif [evet|hayır]
mümkün olduğunca doğru
-ılıman [evet|hayır]
hassasiyet ve kesinlik arasında aracılık
-tutucu [evet|hayır]
yalnızca büyük olasılıkla hataları düzeltin
-uzman [evet|hayır]
düzeltme kriterlerini manuel olarak seç
-okur
FastQ formatında düzeltilmemiş okuma dosyaları; düzeltilmiş okumalar çıktı olarak
giriş dosyaları olarak adlandırılan dosyalarda geçerli çalışma dizini, her biri başa
bir önekle ( -outprefix seçeneğine bakın) -reads, okumaların aynı şekilde çıktısını almasına izin verir
girişte olduğu gibi sipariş verin ve SAM birden fazla birincil içeriyorsa zorunludur
her okuma için hizalama (örneğin bwasw çıktısı) ayrıca alternatif olarak -o seçeneğine bakın
- önek [dizi]
çıktı dosya adları için önek (düzeltilmiş okumalar) -reads belirtildiğinde önek
her girdi dosya adının başına eklenir (varsayılan: hop_)
-o [dizi]
düzeltilmiş okumalar için çıktı dosyası (ayrıca bkz. -reads/-outprefix) -o kullanılırsa, okumalar
SAM dosyasında bulundukları sırayla (genellikle
orijinal siparişten farklıdır) bu yalnızca okumalar bir
her okuma için yalnızca 1 hizalama içeren yazılım (örn. bwa) (varsayılan: tanımsız)
-hmin [değer]
aynı kökenli dizide minimum homopolimer uzunluğu (varsayılan: 3)
-hmin oku [değer]
okumalarda minimum homopolimer uzunluğu (varsayılan: 2)
-qmax [değer]
bir okumada homopolimerin maksimum ortalama kalitesi (varsayılan: 120)
-altmaks [değer]
alternatif homopolün maksimum desteği. uzunluk; örneğin 0.8 şu anlama gelir: eğer herhangi bir okumayı düzeltmeyin
homop. uzunluk, okumaların %80'inden fazlasında aynı değere sahiptir, farklı
altmax 1.0 olarak ayarlandıysa, okumalar her zaman düzeltilir (varsayılan: 0.800000)
-cogmin [değer]
aynı kökenli dizi homopolünün min desteği. uzunluk; örneğin 0.1 şu anlama gelir: hiçbir şeyi düzeltmeyin
aynı kökenli homop varsa okuyun. uzunluk, eğer cogmin ise okumaların en az %10'unda mevcut değil
0.0'a ayarlandığında okumalar her zaman düzeltilir
-mapqmin [değer]
minimum eşleme kalitesi (varsayılan: 21)
-kovmin [değer]
minimum kapsama alanı; örneğin 5 şu anlama gelir: herhangi bir okuma if kapsamını düzeltmeyin (okuma sayısı
tüm homopolimer üzerinde eşlenir), covmin 5'e ayarlanırsa 1'ten azdır okumalar her zaman
düzeltildi (varsayılan: 1)
-izin-çoklu [evet|hayır]
bir okumada birden çok düzeltmeye izin ver (varsayılan: hayır)
-clenmax [değer]
maksimum düzeltme uzunluğu varsayılanı: sınırsız
-anne [dizi]
aynı kökenli dizinin açıklaması, aynı kökteki koordinatlara göre sıralanmalıdır
sıra (bu, örneğin: gt gff3 -sort kullanılarak yapılabilir) -ann kullanılıyorsa, düzeltmeler
ile gösterilen özellik tipi içinde başlayan veya biten homopolimerlerle sınırlı olacaktır.
-ft seçenek biçimi: sıralanmış GFF3 (varsayılan: tanımsız)
-ft [dizi]
-ann seçeneği belirtildiğinde kullanılacak özellik türü (varsayılan: CDS)
-v [evet|hayır]
ayrıntılı ol (varsayılan: hayır)
-Yardım
temel seçenekler ve çıkış için yardımı görüntüle
-yardım+
tüm seçenekler için yardımı görüntüle ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
Düzeltme modu:
Seçeneklerden biri -agresif, -ılıman, -tutucu or -uzman seçilmelidir.
The -agresif, -ılıman ve -tutucu modlar, hangi kriterlere göre ayarlandığı ön ayarlarıdır.
Aynı kökenli dizi ve bir a arasında homopolimer uzunluğunda gözlemlenen bir tutarsızlık varsa karar verilir.
okundu düzeltilecek veya düzeltilmeyecek. Tek bir kriterin açıklaması şu şekilde sağlanır:
the -yardım+' seçenek. Ön ayarlar aşağıdaki ayarlara eşdeğerdir:
-agresif -orta -muhafazakar
-hmin 3 3 3
-hmin oku 1 1 2
-altmaks 1.00 0.99 0.80
-refmin 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-kovmin 1 1 1
-clenmax sınırsız sınırsız sınırsız
-izin-çoklu evet evet hayır
Agresif mod hassasiyeti en üst düzeye çıkarmaya, muhafazakar mod ise en aza indirmeye çalışır.
yanlış pozitifler. kullanılarak daha da muhafazakar bir düzeltme seti elde edilebilir.
the -anne seçeneği (bkz. -yardım+).
The -uzman mod, bir kişinin her parametreyi manuel olarak ayarlamasına izin verir; varsayılan değerler
aynı -tutucu modu.
(Son olarak, yalnızca değerlendirme amacıyla, -gerçeğin durumu mod kullanılabilir: bu mod
dizili genomun aynı kökenli dizi olarak belirtildiğini varsayar ve bir çıktı verir.
ideal düzeltmeler listesi.)
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:[e-posta korumalı]>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-hop'u çevrimiçi kullanın
