gtf2gff3p - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gtf2gff3 - GTF formatlı dosyaları geçerli GFF3 dosyalarına dönüştürür

VERSION

Bu belge, 0.1 sürümünü açıklar

SİNOPSİS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

TANIM

Bu komut dosyası, GTF formatlı dosyaları geçerli GFF3 formatlı dosyalara dönüştürecektir. Harita olacak
sütun 3'teki (\"type\" sütunu) değer geçerli SO'ya eşittir, ancak birçok standart olmayan terim
GTF dosyalarında o sütunda görünebilir, kendi dosyanızı sağlamak için yapılandırma dosyasını düzenleyebilirsiniz.
SO eşleme için GTF özelliği. Senaryo ayrıca ekzonlardan, CDS'lerden ve
GTF dosyasında verilen diğer özellikler. Şu anda Ensemble ve Twinscan üzerinde test edilmektedir.
GTF ve aynı spesifikasyonu takip eden diğer dosyalar üzerinde çalışmalıdır. yapar
UCSC tablo tarayıcısından GTF üzerinde çalışmaz çünkü bu dosyalar gen için aynı kimliği kullanır
ve transkript, bu nedenle çoklu transkriptleri bir gene gruplamak imkansızdır. Bkz.
Daha fazla bilgi için komut dosyasıyla birlikte gelen README.

SEÇENEKLER:

--cfg
Bir yapılandırma dosyası için dosya adını sağlayın. Bununla sağlanan yapılandırma dosyasına bakın
biçim ayrıntıları için komut dosyası. davranışını değiştirmek için bu yapılandırma dosyasını kullanın.
senaryo. Herhangi bir yapılandırma dosyası verilmezse ./gtf2gff3.cfg dosyasını arar, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg bu sırayla.

--yardım et
Ayrıntılı bir kılavuz sayfası stili yardım mesajı sağlayın ve ardından çıkın.

TANI

"HATA: Eksik veya standart olmayan öznitelikler: parse_attributes"
GTF dosyasındaki bir satırın özniteliği yoktu veya öznitelikler sütunu
ayrıştırılamaz.

"HATA: Transkript olmayan gen özelliği desteklenmiyor. Lütfen destek için yazarla iletişime geçin:
build_gene"
Bu uyarı, transkript olmayan bir satır içerdiğinden bir satırın atlandığını gösterir.
gen özelliğidir ve kod şu anda bu tür bir özelliği işlemek için donatılmamıştır.
Bunu eklemek muhtemelen çok zor değildir, bu yüzden bu hatayı alırsanız ve
bu özelliklerin desteklenmesini ister.

"HATA: Bir transkript oluşturmak için en az eksonlara veya CDS'lere sahip olmalıdır: build_trnsc"
Bazı özelliklerin bir transkript_id'si vardı ve bununla ilişkili hiçbir ekson veya CDS yoktu.
bu transkript_id, böylece komut dosyası bir transkript oluşturamadı.

"HATA: seq_id çakışması: validate_and_finish_trnsc"
Aynı transkript içinde aynı seq_id'yi paylaşmayan iki özellik bulundu.

"HATA: kaynak çakışması: validate_and_finish_trnsc"
Aynı dökümde aynı kaynağı paylaşmayan iki özellik bulundu.

"HATA: tür çakışması: validate_and_finish_trnsc"
Aynı transkript içinde aynı şeyi paylaşması beklenen iki özellik bulundu
yazın ve henüz yapmadılar.

"HATA: zincir çakışması: validate_and_finish_trnsc"
Aynı transkript içinde aynı zinciri paylaşmayan iki özellik buldum.

"HATA: seq_id çakışması: validate_and_build_gene"
Aynı gen içinde aynı seq_id'yi paylaşmayan iki özellik bulundu.

"HATA: kaynak çakışması: validate_and_build_gene"
Aynı gende aynı kaynağı paylaşmayan iki özellik buldum.

"HATA: zincir çakışması: validate_and_build_gene"
Aynı gende aynı ipliği paylaşmayan iki özellik buldum.

"HATA: gene_id çakışması: validate_and_build_gene"
Aynı gen içinde, aynı gene_id'yi paylaşmayan iki özellik bulundu.

"FATAL: GTF dosyası açılamıyor: dosya_adı okumak için."
GTF dosyası okuma için açılamıyor.

"FATAL: Transkript oluşturmak için eksonlara veya CDS'lere ihtiyaç var: process_start"
Bir start_codon özelliğine açıklama eklendi ve henüz ilişkili ekson veya CDS yoktu
bu transkript_id ile komut dosyası başarısız oldu.

"FATAL: process_start'ta denenmemiş kod. Destek için yazarla iletişime geçin."
Komut dosyası, 5' UTR'nin varlığına dayalı bir başlangıç ​​kodonu çıkarmak için yazılmıştır, ancak biz
kodu yazarken bu tür bir GTF örneği yoktu, bu yüzden süreci öldürdük
test edilmemiş kodu çalıştırmaktan daha iyidir. Destek için yazarla iletişime geçin.

"ÖNEMLİ: Geçersiz özellik seti: process_start"
Bir başlangıç ​​kodonu çıkarmanın veya olmayan bir aa çıkarmanın tüm olası yollarını düşünmeye çalıştık.
gen kodluyor ve yine de başarısız olduk. Gen özellikleri kombinasyonunuz
bize anlam ver. Bu hatayı asla almamalısınız ve alırsanız gerçekten görmek isteriz
onu oluşturan GTF dosyası. Destek için lütfen yazarla iletişime geçin.

"FATAL: Transkript oluşturmak için eksonlara veya CDS'lere ihtiyacınız var: process_stop"
Bir stop_codon özelliğine açıklama eklendi ve bununla ilişkili hiçbir ekson veya CDS yoktu.
bu transkript_id, böylece komut dosyası başarısız oldu.

"FATAL: process_stop'ta denenmemiş kod. Destek için yazarla iletişime geçin."
Komut dosyası, 3' UTR'nin varlığına dayalı bir durdurma kodonu çıkarmak için yazılmıştır, ancak biz
kodu yazarken bu tür bir GTF örneği yoktu, bu yüzden süreci öldürdük
test edilmemiş kodu çalıştırmaktan daha iyidir. Destek için yazarla iletişime geçin.

"ÖLÜMCÜL: Geçersiz özellik seti: process_stop"
Bir durdurma kodonu çıkarmanın veya olmayan bir aa çıkarmanın tüm olası yollarını düşünmeye çalıştık.
gen kodluyor ve yine de başarısız olduk. Gen özellikleri kombinasyonunuz
bize anlam ver. Bu hatayı asla almamalısınız ve alırsanız gerçekten görmek isteriz
onu oluşturan GTF dosyası. Destek için lütfen yazarla iletişime geçin.

"ÖLÜMCÜL: Geçersiz özellik seti: process_exon_CDS_UTR"
Eksonları, CDS'leri ve UTR'leri çıkarmanın tüm olası yollarını düşünmeye çalıştık ve yine de
arızalı. Gen özellikleri kombinasyonunuz bize mantıklı gelmiyor. Gerçekten
bu hatayı almalı ve alırsanız, GTF dosyasını gerçekten görmek isteriz.
üretti. Destek için lütfen yazarla iletişime geçin.

"FATAL: Dizi başvurusu gerekli: sort_features."
Bir kullanıcı bu hatayı tetiklememelidir. Neredeyse kesinlikle bir
yazılım hatası. Lütfen yazarla iletişime geçin.

"FATAL: sort_feature_types içindeki dizi belirlenemiyor."
Bu, GTF dosyanızın aşağıdaki özelliklerin dizisini belirtmediğini gösterebilir.
bunu gerektirir. Ayrıca bir yazılım hatasını da gösterebilir. Lütfen yazarla iletişime geçin.

"FATAL: Hash referansı gerekli: sort_feature_types."
Bir kullanıcı bu hatayı tetiklememelidir. Neredeyse kesinlikle bir
yazılım hatası. Lütfen yazarla iletişime geçin.

"ÖLÜMCÜL: Diziye geçersiz değer iletildi: dizi."
Bu, GTF dosyanızın aşağıdaki özelliklerin dizisini belirtmediğini gösterebilir.
bunu gerektirir. Yapılandırma dosyasında DEFAULT_STRAND parametresini kullanmayı düşünün. Olabilir
ayrıca bir yazılım hatasını gösterir. Lütfen yazarla iletişime geçin.

YAPILANDIRMA VE ÇEVRE

Bu komut dosyasıyla birlikte bir yapılandırma dosyası sağlanır. Senaryo bunu arayacak
./gtf2gff3.cfg içindeki yapılandırma dosyası, ~/gtf2gff3.cfg veya /etc/gtf2gff3.cfg bu sırayla.
Yapılandırma dosyası bu konumlardan birinde bulunamazsa ve sağlanmazsa
--cfg bayrağı aracılığıyla bazı makul varsayılanları seçmeye çalışacak, ancak gerçekten sağlamalısınız
yapılandırma dosyası. Sağlanan yapılandırma dosyasının kendisine ve BENİOKU'ya bakın
yapılandırma dosyasıyla ilgili biçim ve ayrıntılar için bu paketle birlikte gelen

BAĞIMLILIKLAR

Bu betik, CPAN'dan temin edilebilen aşağıdaki Perl paketlerini gerektirir
(www.cpan.org).

Getopt::Uzun; Config::Std'yi kullanın;

UYUMSUZLUKLAR

Hiçbiri rapor edilmedi.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gtf2gff3p'yi çevrimiçi kullanın