Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen hhmake komutudur.
Program:
ADI
hhmake - bir giriş hizalamasından bir HMM oluşturun veya HMMER formatı ile HHsearch arasında dönüştürün
biçim
SİNOPSİS
hh yapmak -i dosya [seçenekleri]
TANIM
HHmake sürüm 2.0.16 (Ocak 2013) A2M, A3M veya AXNUMXM'deki bir giriş hizalamasından bir HMM oluşturun.
FASTA formatı veya HMMER formatı (.hmm) ile HHsearch formatı (.hhm) arasında dönüştürme yapın. Remmert
M, Biegert A, Hauser A ve Soding J. HHblits: Yıldırım hızında yinelemeli protein dizisi
HMM-HMM hizalaması ile arama. Nat. Yöntemler 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser
-i
sorgu hizalama (A2M, A3M veya FASTA) veya HMM sorgusu
Çıktı seçenekleri:
-o
Yazılacak HMM dosyası (varsayılan= )
-a
HMM dosyası eklenecek
-v
ayrıntılı mod: 0: ekran çıktısı yok 1: yalnızca uyarılar 2: ayrıntılı
-seq
maks. görüntülenen sorgu/şablon dizisi sayısı (def=10) Taşmalara karşı dikkatli olun! Tüm
bu diziler bellekte saklanır.
-Eksileri MSA sorgusunun konsensüs dizisini ana dizisini yap
-tatlı patates
HMM için bu adı kullanın (varsayılan: ilk dizinin adını kullanın)
Filtre sorgusu çoklu sıra hizalaması
-İD [0,100] maksimum ikili dizi özdeşliği (%) (def=90)
-fark [0,inf[
en az bu kadarını koruyarak en çeşitli dizileri seçerek MSA'yı filtreleyin
50 uzunluğundaki her bir MSA bloğundaki sıralar (def=100)
-cov [0,100] sorgu ile minimum kapsam (%) (def=0)
-kid [0,100] sorgu ile minimum dizi kimliği (%) (def=0)
-qsc [0,100] sorgulu sütun başına minimum puan (def=-20.0)
-neff [1,inf]
hedef hizalama çeşitliliği (varsayılan=kapalı)
Giriş hiza biçimi:
-M a2m, A2M/A3M'yi kullanır (varsayılan): büyük harf = Eşleşme; küçük harf = Ekle; '-' = Sil; '.' =
uçlara hizalanmış boşluklar (atlanabilir)
-M ilk
FASTA kullanın: 1. dizide kalıntı bulunan sütunlar eşleşme durumlarıdır
-M [0,100]
FASTA kullanın: %X'ten daha az boşluk içeren sütunlar eşleşme durumlarıdır
Sözde sayım (Pc) seçenekleri:
-pcm Bilgisayar katkısı 'tau'nun 0-2 konum bağımlılığı (pc modu, varsayılan=0)
0: sözde sayım yok:
tau = 0
1: sabit
tau = bir
2: çeşitliliğe bağlı: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: sayısı
i) sütunu etrafındaki yerel MSA'da etkili diziler 3: sabit çeşitlilik sözde sayımları
-pca [0,1] genel pseudocount karışımı (def=1.0)
-pcb [1,inf[ için Neff eşik değeri -pcm 2 (def=1.5)
-pcc [0,3] için yok olma üssü c -pcm 2 (def=1.0)
-pre_pca [0,1]
PREFILTER pseudocount katkısı (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ Neff için ÖN FİLTRE eşiği (def=1.8)
bağlama özel sözde sayılar:
-bağlamsız
bağlama özel sözde sayımlar yerine ikame matrisi kullanın
-bağlam bağlama özel sözde sayıları hesaplamak için bağlam dosyası
(varsayılan=./data/context_data.lib)
-cslib
hızlı veritabanı ön filtrelemesi için sütun durumu dosyası (default=./data/cs219.lib)
Örnek: hhmake -i test.a3m
onworks.net hizmetlerini kullanarak hhmake'i çevrimiçi kullanın
