Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen idba komutudur.
Program:
ADI
idba_hybrid - Hibrit sıralama verileri için Bruijn Graph Assembler'ın yinelemeli
SİNOPSİS
idba_hybrid -r oku.fa -o çıktı_dir [--referans referans]
TANIM
IDBA-Tran, transkriptome için yinelemeli bir De Bruijn Graph De Novo kısa okuma birleştiricisidir.
Yalnızca RNA dizileme okumalarına dayanan tamamen de novo birleştiricidir. IDBA-Tran yerel kullanır
düşük ekspresyonlu transkriptlerde eksik k-merleri yeniden yapılandırmak için montaj ve daha sonra kullanır
grafiği bileşenlere ayırmak için kontiglerde aşamalı kesme. Her bileşen
çoğu durumda bir gene karşılık gelir ve çok fazla transkript içermez. bir buluşsal
daha sonra izoformları bulmak için çift uçlu okumalara dayalı algoritma kullanılır.
SEÇENEKLER
-o, --dışarı argüman (=çıkış)
çıktı dizini
-r, --okuman arg
fasta okuma dosyası (<=128)
--read_level_2 arg
eşleştirilmiş uç, ikinci seviye iskeleler için fasta okur
--read_level_3 arg
eşleştirilmiş uç, üçüncü seviye iskeleler için fasta okur
--read_level_4 arg
eşleştirilmiş uç, dördüncü seviye iskeleler için fasta okur
--read_level_5 arg
eşleştirilmiş uç, beşinci seviye iskeleler için fasta okur
-l, --uzun_oku arg
fasta uzun okuma dosyası (>128)
--referans arg
referans genom
--vizon bağımsız değişken (=20)
minimum k değeri (<=124)
--maxk bağımsız değişken (=100)
maksimum k değeri (<=124)
--adım bağımsız değişken (=20)
her yinelemede k-mer artışı
--inner_mink bağımsız değişken (=10)
iç minimum k değeri
--iç_adım bağımsız değişken (=5)
k-mer'in iç artışı
--önek bağımsız değişken (=3)
alt k-mer tablosunu oluşturmak için kullanılan önek uzunluğu
--min_count bağımsız değişken (=2)
grafiği oluştururken k-mer'i filtrelemek için minimum çokluk
--min_destek bağımsız değişken (=1)
her yinelemede minimum destek
--num_threads bağımsız değişken (=0)
iş parçacığı sayısı
--seed_kmer bağımsız değişken (=30)
hizalama için tohum kmer boyutu
--min_contig bağımsız değişken (=200)
minimum contig boyutu
--min_region bağımsız değişken (=500)
referans genomdaki minimum bölge boyutu
--benzer bağımsız değişken (=0.95)
hizalama için benzerlik
--max_mismatch bağımsız değişken (=3)
maksimum hata düzeltme uyumsuzluğu
--min_pairs bağımsız değişken (=3)
minimum çift sayısı
--max_gap bağımsız değişken (=50)
referanstaki maksimum boşluk
--no_local
yerel montaj kullanmayın
--no_coverage
kapsama alanında yineleme yapmayın
--hayır_doğru
düzeltme yapma
--ön_düzeltme
montajdan önce ön düzeltme yapın
onworks.net hizmetlerini kullanarak idba'yı çevrimiçi kullanın
