Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen çivit mavisi komuttur.
Program:
ADI
indigo-tasvir - molekül ve reaksiyon oluşturma yardımcı programı
SİNOPSİS
çivit tasviri dosya.{mol,rxn,cml,smi} dış dosya.{png,svg,pdf} [parametreler]
çivit tasviri dosya.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [parametreler]
çivit tasviri dosya.smi dış dosya.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [parametreler]
çivit tasviri - SMILES dış dosya.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [parametreler]
çivit tasviri -Yardım
TANIM
çivit tasviri Molekülleri göstermek için kullanılır.
SEÇENEKLER
çivit tasviri standart girişten giriş dosyalarını veya SMILES kodunu okuyabilir. Bunlar olabilir
ardından aşağıdaki parametrelerden bir veya daha fazlası gelir.
-w
Piksel cinsinden resim genişliği
-h
Piksel cinsinden resim yüksekliği
-bağlamak
Piksel cinsinden ortalama bağ uzunluğu
-marjlar
Yatay ve dikey kenar boşlukları, piksel cinsinden. Varsayılan olarak kenar boşluğu yok
-kalınlık
Göreceli kalınlık faktörünü ayarlayın. Varsayılan 1.0
-hat genişliği
Bağ çizgisi genişliği faktörünü ayarlayın. Varsayılan 1.0
-etiket
Atom etiketi görüntüleme modunu ayarlayın. Varsayılan terminal-hetero
-hidro
Örtük hidrojenleri göster. Varsayılan on
-[de]aroma
Zorla [de]aromatizasyon
-müzik seti
Stereogruplar görüntüleme modu. Varsayılan eski
-cdbwsa
Bitişik stereo bağa sahip orta çift bağlar (varsayılan olarak devre dışıdır)
-sorgu Girdiyi bir sorgu molekülü veya reaksiyon olarak ele alın (varsayılan olarak devre dışıdır)
-akıllılar
Girdiyi bir SMARTS sorgu molekülü veya reaksiyonu olarak ele alın (varsayılan olarak devre dışıdır)
-id alanı
Kaydedilen dosyaların adlarında '%s' yerine konacak SDF/RDF alanı (varsayılan
molekül/reaksiyon numarası)
-katalizörler
Reaksiyon katalizörlerinin okla yerleştirilmesi. Varsayılan yukarıda ve aşağıda
-Yorum
Molekül veya reaksiyonun üzerine yazılacak yorum. Varsayılan değer yok
-yorum ofset
Yorum ve yapı arasındaki dikey boşluk (piksel cinsinden)
-yorum alanı
Belirtilen SDF/RDF alanını yorum olarak kullan
-yorum adı
Molekül/reaksiyon adını yorum olarak kullan
-yorum yap
Bağ kalınlığına göre metin yorumu yazı tipi boyutu faktörü. Varsayılan 6
-yorumlar
Metin yorumu konumu (varsayılan olarak altta)
-yorum hizala <0,.1>
Metin yorumu hizalaması, bir kayan nokta değeri: 0 = sol, 0.5 = merkez, 1 = sağ
-boyama
Renklendirmeyi etkinleştir/devre dışı bırak. Varsayılan on
-hlthick
Kalın çizgiler ve kalın karakterlerle vurgulamayı etkinleştirin
-hlcolor
Renkle vurgulamayı etkinleştirin. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-bgrenk
Arka plan rengini ayarlayın. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-ana renk
Varsayılan ön plan rengini ayarlayın. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-aamrenk
AAM endekslerinin rengini ayarlayın. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-dsgcolor
Veri gruplarının rengini ayarlayın. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-yorum rengi
Yorumun rengini ayarlayın. Bileşen değerleri aralık içinde olmalıdır [0 255 ..]
-atom sayıları
Atom numaralarını göster (yalnızca hata ayıklama amacıyla)
-tahvil numaraları
Tahvil numaralarını göster (yalnızca hata ayıklama amacıyla)
-tek tabanlı
Atom ve bağ endekslerini birinden başlatın. Varsayılan sıfırdan
-Yardım Bu yardım mesajını yazdır
ÖRNEKLER
çivit tasviri dosya.mol outfile.png -boyama kapalı -arom
çivit tasviri veritabanı.sdf molekül_%s.png -id alanı cdbregno -kalınlık 1.1
çivit tasviri veritabanı.smi veritabanı.sdf
çivit tasviri - CC.[O-][*-]([O-])=O sorgu.png -sorgu
çivit tasviri - OCO>>CC(C)N reaksiyon.rxn
onworks.net hizmetlerini kullanarak indigo-depict'i çevrimiçi kullanın
