Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ipcress komutudur.
Program:
ADI
ipcress - In-silico PCR deney simülasyon sistemi
SİNOPSİS
ippress [ seçenekleri ] <primer dosya> <sequence yollar>
TANIM
ippress olduğunu In-siliko PCR Edeney Staklit Ssistem.
Bu, PCR deneylerinin simülasyonu için bir araçtır. Primerleri içeren bir dosya sağlıyorsunuz
ve bir dizi dizi ve PCR ürünlerini tahmin eder.
Ipcress, NCBI'nin e-PCR programına benzer, ancak çok daha hızlıdır ve
primerin yanında belirsizlik sembolleri olduğunda eşleşmeleri belirlemede sorun yaşar
biter.
Birçok primer çiftini birlikte sağlarsanız, ipcress PCR deneylerini şu şekilde simüle eder:
paralel olarak, çok sayıda deneyin genom çapında simülasyonuna izin verir. çok kullanır
kütüphanelerden temize çıkarmak sıra karşılaştırma aracı.
GİRİŞ FORMAT
ipcress girişi, her bir deneme için bir deneyi açıklayan, beyaz boşlukla ayrılmış basit bir dosyadır.
hat. Her satır aşağıdaki 5 alanı içerir:
id Bu deney için bir tanımlayıcı
astar_A İlk astar için sıra
astar_B İkinci astar için sıra
min_product_len Raporlanacak minimum ürün uzunluğu
max_product_len Raporlanacak maksimum ürün uzunluğu
İşte bu formatta örnek bir satır:
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
ÇIKTI FORMAT
Çıktı formatı, satır başına bir PCR ürününü tanımlar,
ve "ipcress:" ön eki ve ardından aşağıdaki 11 alan gelir:
sıra_kimliği sıra tanımlayıcısı
deney_kimliği PCR deney kimliği
ürün_uzunluğu PCR ürün uzunluğu
astar_5 5' primer (A veya B)
konum_5 5' primerin konumu
uyumsuzluk_5 5' primerdeki uyumsuzluk sayısı
astar_3 |
konum_3 | 3' primer için aynı alanlar
uyumsuzluk_3 |
tanım PCR ürününün açıklaması
Açıklama alanı aşağıdaki 4 dizeden biridir:
ileri Normal ürün, astar A ve ardından B
yeniden düzenleme Normal ürün, astar B, ardından A
bekar_A Yalnızca primer_A tarafından oluşturulan hatalı ürün
bekar_B Yalnızca primer_B tarafından oluşturulan hatalı ürün
Ayrıca görüntülenen, insan tarafından okunabilen bir çıktı vardır, ayrıştırma için tasarlanmamıştır (bkz:
-- oldukça aşağıda).
GENEL SEÇENEKLER
Çoğu argümanın kısa ve uzun formları vardır. uzun formlar
zamanla kararlı olma olasılığı daha yüksektir ve bu nedenle, komut dosyalarında kullanılmalıdır.
ipcress'i ara.
-h | --kısa yardım
Yardımı göster. Bu, mevcut seçeneklerin, varsayılanların kısa bir özetini görüntüler.
ve şu anda ayarlanan değerler.
--yardım et
Bu, varsayılanlar dahil tüm yardım seçeneklerini gösterir, şu anda ayarlanan değer,
ve her parametreyi ayarlamak için kullanılabilecek ortam değişkeni. Orada olacak
hangi seçeneklerin zorunlu olduğunun bir göstergesi olabilir. Zorunlu seçenekler yok
varsayılandır ve ipcress'in çalışması için sağlanan bir değere sahip olmalıdır. Zorunlu seçenekler ise
sırayla kullanılırsa, bayrakları komut satırından atlanabilir (örneklere bakın)
aşağıda). Bu kılavuz sayfasından farklı olarak, bu seçenekteki bilgiler her zaman güncel olacaktır.
Programın en son sürümü ile bugüne kadar.
-v | --versiyon
Sürüm numarasını görüntüleyin. Ayrıca inşa tarihi gibi diğer bilgileri de görüntüler
ve glib sürümü kullanıldı.
DOSYA GİRİŞ SEÇENEKLER
-i | --giriş
Yukarıda açıklanan ipcress dosya formatındaki PCR deney verileri.
-s | --sıra
Sıraları belirtin. Burada birden fazla dosya belirtilebilir, bu da FSM'yi azaltır.
ek yük oluşturmak ve ipcress'in süreci çalıştırmaktan daha hızlı çalışmasını sağlar
ayrı ayrı.
IPCRESS PARAMETRELERİ
-m | --uyumsuzluk
Astar başına izin verilen uyumsuzluk sayısını belirtin. Uyumsuzluklara izin vermek azaltır
Programın hızı, büyük bir primer komşuluk olarak oluşturulmalı ve
dizinin her taramasından önce belleğe daha az deney yerleştirilebilir
veritabanları.
-M | --hafıza
Programın kullanması gereken bellek miktarını belirtin. Daha fazla bellek yapıldı
kullanılabilir ipcress, daha fazla PCR deneyi yapılabileceğinden daha hızlı çalışır
dizi veritabanlarının her taramasında. Bu, sırasında kullanılan belleği içermez.
tarama (kısmi sonuçları ve dizileri depolamak için), dolayısıyla gerçek miktar
kullanılan bellek biraz daha yüksek olacaktır.
-p | --güzel
Sonuçları, ayrıştırma için tasarlanmamış, insan tarafından okunabilir bir biçimde görüntüleyin.
-P | --Ürün:% s
PCR ürünlerini bir FASTA format dizisi olarak görüntüleyin.
-S | --tohum
FSM için komşu kelime için tohum uzunluğunu belirtin. Sıfır olarak ayarlanırsa,
tam astar kullanılır. Daha kısa kelimeler mahallenin boyutunu küçültür, ancak
yanlış pozitif eşleşmeleri filtrelemek için ipcress tarafından geçen süreyi artırın.
ÇEVRE
Henüz belgelenmedi.
ÖRNEKLER
ippress test.ipress sıra.fasta
Bu, ipcress'in kullanılabileceği en basit yoldur.
ippress dbsts_human.ipress --sıra ncbi30/*.fasta --uyumsuzluk 1
Bir girdi dosyasını bir dizi fasta dosyasıyla karşılaştırın, her birinde bir uyumsuzluğa izin verin
astar.
VERSION
Bu belge, muafiyet paketinin 2.2.0 sürümüyle birlikte gelir.
onworks.net hizmetlerini kullanarak ipcress'i çevrimiçi kullanın
