ipdSummary - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

ipdSummary - Kinetik imzalardan DNA baz değişikliklerini tespit edin.

TANIM

kineticTool, genomdaki her pozisyonda gözlemlenen IPD'leri yükler ve bu IPD'leri karşılaştırır
değiştirilmemiş DNA için beklenen değere eşittir ve bu istatistiksel testin sonucunu verir.
Değiştirilmemiş DNA için beklenen IPD değeri, in-siliko kontrol ya da
güçlendirilmiş kontrol. In silico kontrol PacBio tarafından eğitilir ve
paket. Akım etrafındaki yerel dizi bağlamını kullanarak IPD'yi tahmin eder.
konum. Amplifiye edilmiş bir kontrol veri seti, modifiye edilmemiş DNA'nın
test numunesi ile aynı sıra. Amplifiye edilmiş bir kontrol numunesi genellikle şu şekilde oluşturulur:
orijinal örneğin tam genom amplifikasyonu.

Değişiklik Bulma
KineticsTools'un temel modu, her bir konumdaki IPD'lerin bağımsız bir karşılaştırmasını yapar.
her bir iplik için genomu gösterir ve CSV ve GFF'ye çeşitli istatistikler yayar (bir
önem filtresi).

Değişiklikler Kimlik
kinetikAraçlar Ayrıca vardır a Değişiklik Kimlik kip o yapabilmek kod çözmek çoklu site IPD
'parmak izleri' içine a indirimli set of aramalar of özel değişiklikler. Bu özellik vardır the
takip etme faydaları:

· Aynı temel üzerinde meydana gelen farklı modifikasyonlar ayırt edilebilir (çünkü
örnek m5C ve m4C)

· Bir modifikasyondan gelen sinyal, tek bir istatistikte birleştirilir ve iyileştirilir
hassasiyet, fazladan tepe noktalarının kaldırılması ve çağrının doğru bir şekilde ortalanması

SEÇENEKLER

Lütfen bu programı şununla arayın: --yardım et Mevcut seçenekleri görmek için

ALGORITMASı

Sentetik Control
IPD ve sekans bağlamı arasındaki ilişki üzerine yapılan araştırmalar, çoğu
bir genom boyunca ortalama IPD'deki varyasyon, 12 bazlı bir dizi bağlamından tahmin edilebilir
DNA polimerazın aktif bölgesini çevreler. İlgili bağlamın sınırları
pencere, polimeraz ile temas halindeki DNA penceresine karşılık gelir.
DNA/polimeraz kristal yapıları. DNA modifikasyonlarını bulma sürecini basitleştirmek için
PacBio verileriyle birlikte araç, 12-mer DNA'yı eşleyen önceden eğitilmiş bir arama tablosu içerir
C2 kimyasında gözlemlenen IPD'leri ifade eden diziler.

Süzme ve süsleme
kineticsTools, BLASR tarafından oluşturulan ve cmp.h5 dosyasında depolanan Mapping QV'yi kullanır.
güvenle eşlenmemiş okumaları yoksay. Gereken varsayılan minimum Eşleme QV'si:
10, BLASR'ın sahip olduğu anlamına gelir %90\% okumanın doğru şekilde eşlendiğinden emin olun. çünkü
PacBio verilerinde bulunan okuma uzunlukları aralığı Bu,
--mapQvThreshold komut satırı bağımsız değişkeni veya aşağıdakiler için SMRTPortal yapılandırma iletişim kutusu aracılığıyla
Değişiklik Tespiti.

PacBio verilerinin elde edilmesi için özel dikkat gerektiren birkaç özelliği vardır.
iyi değişiklik algılama performansı. kineticTools arasındaki hizalamayı denetler.
gözlemlenen bazlar ve referans dizisi -- bir IPD ölçümünün yapılabilmesi için
analize dahil edildiğinde, PacBio okuma dizisi, aşağıdakiler için referans diziyle eşleşmelidir: k
aynı kök çevresinde. Geçerli modülde k = 1 Bazı konumlardaki IPD dağılımı
hassas olan 'normal' kuruluş süreci IPD arasında bir karışım olarak düşünülür.
yerel dizi bağlamına ve DNA modifikasyonlarına ve kirletici bir 'duraklama' sürecine
Çok daha uzun süreli (ortalama normalden >10 kat daha uzun) ancak nadiren meydana gelen IPD
(IPD'lerin ~%1'i). Not: Mevcut anlayışımız, duraklamaların yararlı olmadığı yönündedir.
DNA'nın metilasyon durumu hakkında bilgi, ancak daha dikkatli bir analiz yapılabilir.
garantili. Ayrıca, değişikliklerin Kabaca %1'ini büyük ölçüde artıran değişikliklere de dikkat edin.
gözlemlenen IPD'ler, duraklama olayları tarafından oluşturulur. Küresel 99.'da gözlemlenen IPD'leri sınırlama
yüzdelik, sağlam hipotez testinden gelen teori tarafından motive edilir. Bazı dizi bağlamları
Bu bağlamlarda çok fazla veri sınırlamasını önlemek için doğal olarak daha uzun IPD'lere sahip olabilir,
eşik, bağlama göre şu şekilde ayarlanır: capThreshold = max(global99,
5*modelPrediction, yüzdelik dilim(ipdObservations, 75))

Istatistiksel Test yapmak
Örnekteki belirli bir lokusta gözlemlenen IPD'lerin bir
değiştirilmemiş DNA'da aynı lokusta gözlenen IPD'lerden daha uzun ortalamalar. Eğer üretmişsek
DNA modifikasyonlarını ortadan kaldıran bir Tam Genom Güçlendirilmiş veri seti, bir vaka kontrolü kullanıyoruz,
iki örnekli t testi. Bu araç ayrıca önceden kalibre edilmiş bir 'sentetik kontrol' modeli sağlar
bu, 12 baz dizi bağlamı verildiğinde, değiştirilmemiş IPD'yi tahmin eder. sentetik olarak
kontrol durumunda, tek örnekli bir t-testi kullanıyoruz ve
sentetik kontrol modeli.

GİRİŞLER

hizalanmış_okumalar.cmp.h5
Standart bir cmp.h5 dosyası hizalamaları içerir ve IPD bilgileri kinetik verileri sağlar
değişiklik tespiti yapmak için kullanılır. SMRTportal işlerinin standart cmp.h5 dosyası
veri/aligned_read.cmp.h5.

Referans Dizi
Araç, hizalamaları gerçekleştirmek için kullanılan referans sırasını gerektirir. Şu anda bu gerekir
bir SMRTportal referans veri havuzu girişine giden yol aracılığıyla sağlanabilir.

ÇIKIŞLAR

Değişiklik algılama aracı, aşağıdakiler için uygun çeşitli biçimlerde sonuçlar sağlar:
görselleştirme araçlarıyla derinlemesine istatistiksel analiz, hızlı referans ve tüketim
PacBio SMRTView gibi. Sonuçlar genellikle referans konumuna göre indekslenir ve
referans dizisi. Her durumda, iplik değeri, ipliği taşıyan ipliği ifade eder.
DNA örneğinde değişiklik. Modifikasyonun kinetik etkisinin
karşı diziye hizalanan okuma dizilerinde gözlenir. Yani hizalayarak okur
pozitif iplik, negatif iplik ve mengene üzerinde değişiklik hakkında bilgi taşır.
tam tersi, ancak bu araç setinde her zaman varsayılanı içeren diziyi rapor ediyoruz.
modifikasyonu.

modifikasyonlar.csv
Modifikasyonlar.csv dosyası, her (referans konumu, dizi) çifti için bir satır içerir.
en az x kapsama alanıyla veri kümesinde görünen. x varsayılan olarak 3'tür, ancak
ipdSummary.py için '--minCoverage' bayrağıyla yapılandırılabilir. Referans konumu indeksi
1-R ortamı gff dosyası ile uyumluluk için tabanlı.

Çıktı sütunlar
in-siliko kontrol kip

┌─────────────────────────────────────────── ──┐
│Sütun │ Açıklama │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ bunun referans dizisi kimliği │
│ │ gözlem │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ 1 tabanlı şablon konumu │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│şerit │ yerel örnek dizi burada │
│ │ kinetik üretildi. '0' │
│ │ orijinalin ipi │
│ │ FASTA, '1' zıt ipliktir │
│ │ FASTA'dan │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│temel │ bu noktada aynı kökenli taban │
│ │ referanstaki konum │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│skor │ a │ olan Phred-dönüştürülmüş p değeri
│ │ burada kinetik sapma var │
│ │ konum │
└─────────────────────────────────────────── ──┘

│tMean │ normalleştirilmiş IPD'lerin sınırlı ortalaması │
│ │ bu pozisyonda gözlemlendi │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tErr │ sınırlı standart hatası │
│ │ bu noktada gözlemlenen normalleştirilmiş IPD'ler │
│ │ konumu (standart sapma / │
│ │ sqrt(kapsam) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│modelPrediction │ tarafından tahmin edilen normalleştirilmiş ortalama IPD
│ │ için sentetik kontrol modeli │
│ │ bu dizi bağlamı │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│ipdRatio │ tOrtalama / modelTahmin │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│kapsam │ bu durumda geçerli IPD'lerin sayısı │
│ │ konumu (bkz. Filtreleme bölümü │
│ │ ayrıntılar için) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│frac │ │ kesrinin tahmini
│ │ │ taşıyan moleküller
│ │ modifikasyon │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│fracLow │ frac'ın %2.5 güven sınırı │
│ │ tahmin │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│fracUpp │ frac'ın %97.5 güven sınırı │
│ │ tahmin │
└─────────────────────────────────────────── ──┘

vaka-kontrol kip

┌─────────────────────────────────────────── ──┐
│Sütun │ Açıklama │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│refId │ bunun referans dizisi kimliği │
│ │ gözlem │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│tpl │ 1 tabanlı şablon konumu │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│şerit │ yerel örnek dizi burada │
│ │ kinetik üretildi. '0' │
│ │ orijinalin ipi │
│ │ FASTA, '1' zıt ipliktir │
│ │ FASTA'dan │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│temel │ bu noktada aynı kökenli taban │
│ │ referanstaki konum │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│skor │ a │ olan Phred-dönüştürülmüş p değeri
│ │ burada kinetik sapma var │
│ │ konum │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│caseMean │ normalleştirilmiş vaka IPD'lerinin ortalaması │
│ │ bu pozisyonda gözlemlendi │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlMean │ normalleştirilmiş kontrol IPD'lerinin ortalaması │
│ │ bu pozisyonda gözlemlendi │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│caseStd │ case IPD'lerinin standart sapması │
│ │ bu pozisyonda gözlemlendi │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlStd │ kontrolün standart sapması │
│ │ Bu pozisyonda gözlemlenen IPD'ler │
└─────────────────────────────────────────── ──┘

│ipdRatio │ tOrtalama / modelTahmin │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│testStatistic │ t-test istatistiği │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│kapsam │ durum ve kontrol ortalaması │
│ │ kapsama alanı │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│controlCoverage │ geçerli kontrol IPD'lerinin sayısı │
│ │ bu konum (bkz. Filtreleme │
│ │ ayrıntılar için bölüm) │
├─────────────────────────────────────────── ──┤
│caseCoverage │ bu durumda geçerli vaka IPD'lerinin sayısı │
│ │ konumu (bkz. Filtreleme bölümü │
│ │ ayrıntılar için) │
└─────────────────────────────────────────── ──┘

modifikasyonlar.gff
Modifikasyonlar.gff, GFF Sürüm 3 spesifikasyonu ile uyumludur (‐
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). Her şablon konumu / iplik çifti
p değeri, p değeri eşiğini aştığında satır olarak görünür. Şablon konumu 1 tabanlıdır,
GFF spesifikasyonuna göre. İplik sütunu, tespit edilen teli taşıyan ipi ifade eder.
modifikasyonu tespit etmek için kullanılanların zıttı olan modifikasyon. NS
GFF güven sütunu, Phred ile dönüştürülmüş bir algılama değeridir.

not on genom tarayıcı uygunluk

Modifikasyonlar.gff dosyası, çoğu genom tarayıcısıyla doğrudan çalışmayacaktır. Olacaksın
muhtemelen GFF dosyasının bir kopyasını oluşturmanız ve _seqid_ sütunlarını
orijinalinde bulunan FASTA başlıklarına, PacBio tarafından oluşturulan genel 'ref0000x' adları
FASTA dosyasına başvurun. Eşleme tablosu, modifikasyonlar.gff'nin başlığında yazılmıştır.
dosya #sıra-başlığı etiketler. Bu sorun, 1.4 sürümünde çözülecektir.
kinetikAraçlar.

GFF dosyasının yardımcı veri sütunu, yararlı olabilecek diğer istatistikleri içerir.
aşağı akış analizi veya filtreleme. Özellikle kullanılan okumaların kapsama düzeyi
aramayı yapın ve siteyi çevreleyen +/- 20bp dizi bağlamı.

┌──────────────────────────────────────────┐
│Sütun │ Açıklama │
├──────────────────────────────────────────┤
│seqid │ Fasta contig adı │
├──────────────────────────────────────────┤
│source │ Aracın adı -- 'kinModCall' │
├──────────────────────────────────────────┤
│type │ Değişiklik türü -- içinde │
│ │ tanımlama modu bu olacak │
│ │ tanımlananlar için m6A, m4C veya m5C │
│ │ bazlar veya genel etiket │
│ │ bir kinetik ise 'modified_base' │
│ │ olmayan olay algılandı │
│ │ bilinen bir değişikliği eşleştirin │
│ │ imza │
├──────────────────────────────────────────┤
│start │ Contig'deki değişiklik konumu │
├──────────────────────────────────────────┤
│end │ Contig'deki değişiklik konumu │
├──────────────────────────────────────────┤
│skor │ Phred dönüştürülmüş p-değeri │
│ │ algılama - bu │
│ │ tek bölge algılama p değeri │
├──────────────────────────────────────────┤
│ iplik │ │ içeren örnek iplik
│ │ modifikasyon │
└──────────────────────────────────────────┘

│faz │ Uygulanamaz │
├──────────────────────────────────────────┤
│nitelikler │ Temel ile ilgili ek alanlar │
│ │ modlar. IPDRatio gelenekseldir │
│ │ IPDRatio, bağlam │
│ │ referans dizisi -20bp ila │
│ │ Modifikasyon civarında +20bp, │
│ │ ve kapsama seviyesi sayıdır │
│ │ sonra kullanılan IPD gözlemlerinin │
│ │ QV filtrelemeyi eşleme ve │
│ │ doğruluk filtreleme. Eğer satır │
│ │ tanımlanmış bir │
│ │ modifikasyonu da dahil ediyoruz │
│ │ │ ile tanımlama Qv etiketi
│ │ modifikasyondan │
│ │ tanımlama prosedürü. │
│ │ tanımlamaQv, │
│ │ phred-dönüştürülmüş olasılık │
│ │ için yanlış bir tanımlama, │
│ │ olarak tanımlanan bazlar
│ │ belirli bir │
│ │ modifikasyon. frac, fracLow, │
│ │ fracUp tahminidir │
│ │ taşıyan moleküllerin kesri │
│ │ modifikasyon ve %5 │
│ │ güven aralıkları │
│ │ tahmin. metillenmiş │
│ │ kesir tahmini bir │
│ │ beta düzeyinde özellik ve gerekir │
│ │ sadece keşif amaçlı kullanılabilir │
│ │ amaçlar. │
└──────────────────────────────────────────┘

motifler.gff
Motif Bulucu aracı çalıştırılırsa, yeniden işlenmiş bir sürüm olan motifs.gff oluşturacaktır.
modifikasyonları.gff aşağıdaki değişikliklerle. Algılanan bir değişiklik bir
Motif bulucu tarafından tespit edilen motif, modifikasyon motif verileriyle açıklanır. Bir
motif dizesini içeren 'motif' özniteliği eklenir ve bir 'id' özniteliği eklenir
eşleştirilmemiş motifler için motif dizisi olan motif kimliğini içeren veya
Eşleştirilmiş motifler için 'motifString1/motifString2'. Genomda bir motif örneği varsa,
ancak modifikasyonlar.gff'de algılanmadı, motifs.gff'e,
o motifin varlığı ve o bölgede gözlemlenen kinetik.

motif_summary.csv
Motif Bulucu aracı çalıştırılırsa, değiştirilen öğeyi özetleyen motif_summary.csv oluşturulur.
Araç tarafından keşfedilen motifler. CSV, algılanan motif başına bir satır içerir;
aşağıdaki sütunlar

┌──────────────────────────────────────────── ─────┐
│Sütun │ Açıklama │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│motifString │ Tespit edilen motif dizisi │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│centerPos │ │ motifindeki konum
│ │ modifikasyon (0 tabanlı) │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│fraksiyon │ Bunun örneklerinin kesri │
│ │ yukarıda QV modifikasyonu olan motif │
│ │ QV eşiği │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│nDetected │ Bunun örnek sayısı │
│ │ eşik üzerinde motif │
└──────────────────────────────────────────── ─────┘

│nGenom │ Bunun örnek sayısı │
│ │ referans sırasındaki motif │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│groupTag │ Motifi tanımlayan bir dize │
│ │ gruplama. Eşleştirilmiş motifler için bu │
│ │ │
│ │" / ", │
│ │ Eşlenmemiş motifler için bu eşittir │
│ │ motifDizesi │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│partnerMotifString │ motif eşleştirilmiş motif dizesi │
│ │ (│ ile motif
│ │ ters tamamlayıcı │
│ │ motifDizesi) │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│meanScore │ Tespit edilenin Ortalama Değişiklik Qv'si │
│ │ örnekler │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│meanIpdRatio │ Algılananların ortalama IPD oranı │
│ │ örnekler │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│ortalama Kapsama │ Algılanan ortalama kapsama alanı │
│ │ örnekler │
├──────────────────────────────────────────── ─────┤
│objectiveScore │ Bu motifin │ içindeki nesnel puanı
│ │ motif bulma algoritması │
└──────────────────────────────────────────── ─────┘

onworks.net hizmetlerini kullanarak ipdSummary'yi çevrimiçi kullanın