jackhmmer - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

jackhmmer - bir protein veritabanına karşı dizileri tekrar tekrar ara

SİNOPSİS

jackhmmer [seçenekler]

TANIM

jackhmmer içindeki her sorgu sırasını yinelemeli olarak arar hedefe karşı
dizi(ler) in . İlk yineleme bir ile aynıdır hafif Ara. İçin
sonraki yineleme, sorgunun tüm hedef dizilerle birlikte çoklu hizalanması
tatmin edici içerme eşikler monte edilir, bu hizalamadan bir profil oluşturulur
(kullanmakla aynı hmm inşa hizalamada) ve profil aramasında bitti
(bir ile aynı hmmarama profil ile birlikte).

Sorgu '-' (bir tire karakteri) olabilir, bu durumda sorgu dizileri
a'dan oku bir dosyadan boru yerine. NS bir yerden okunamaz
akış, çünkü jackhmmer veritabanı üzerinden birden çok geçiş yapması gerekiyor.

Çıktı formatı, insan tarafından okunabilecek şekilde tasarlanmıştır, ancak genellikle o kadar hacimlidir ki,
onu okumak pratik değildir ve onu ayrıştırmak bir acıdır. NS --tbloout ve --domtbloout seçenekleri
çıktıyı özlü ve ayrıştırılması daha kolay olan basit tablo biçimlerinde kaydedin. NS -o seçenek
/dev/null içine atmak da dahil olmak üzere ana çıktının yeniden yönlendirilmesine izin verir.

SEÇENEKLER

-h Yardım; komut satırı kullanımı ve mevcut tüm seçenekler hakkında kısa bir hatırlatma yazdırın.

-N Maksimum yineleme sayısını şu şekilde ayarlayın: . Varsayılan 5'tir. N=1 ise, sonuç
bir eşdeğerdir hafif arama.

SEÇENEKLER KONTROL ÇIKTI

Varsayılan olarak, her yineleme için çıktı, stdout'ta bir şekilde insan tarafından okunabilir bir şekilde görünür,
biraz ayrıştırılabilir biçim. Bu seçenekler, bu çıktının yeniden yönlendirilmesine veya kaydedilmesine izin verir.
her yineleme için kontrol noktası dosyaları dahil olmak üzere dosyalara ek çıktı türleri.

-o İnsan tarafından okunabilir çıktıyı bir dosyaya yönlendirin .

-A Son yinelemeden sonra, tüm isabetlerin açıklamalı çoklu hizalamasını kaydedin
tatmin edici dahil etme eşikleri (orijinal sorgu dahil) in
Stokholm formatı.

--tbloout
Son yinelemeden sonra, en üst sıradaki isabetlerin tablo halinde bir özetini şuraya kaydedin: içinde
kolayca ayrıştırılabilir, sütunlu, boşlukla ayrılmış biçim.

--domtbloout
Son yinelemeden sonra, en iyi etki alanı isabetlerinin tablo halinde bir özetini şuraya kaydedin: içinde
kolayca ayrıştırılabilir, sütunlu, boşlukla ayrılmış biçim.

--chkhmm
Her yinelemenin başlangıcında, HMM sorgusunu kontrol edin ve sorguyu adlı bir dosyaya kaydedin.
- .Hmm nerede yineleme sayısıdır (1..N'den).

--chkali
Her yinelemenin sonunda, tatmin edici tüm etki alanlarının bir hizalamasını kontrol edin.
dahil etme eşikleri (örneğin, bir sonraki yineleme için HMM sorgusu ne olacak),
adlı bir dosyaya kaydetme <kontrol noktası dosya önek>- .sto Stockholm formatında,
nerede yineleme sayısıdır (1..N'den).

--acc Profiller için uygun olduğunda ana çıktıda adlar yerine erişimleri kullanın
ve/veya diziler.

--noali
Hizalama bölümünü ana çıktıdan çıkarın. Bu, çıktıyı büyük ölçüde azaltabilir
hacmi.

--notextw
Ana çıktıdaki her satırın uzunluğunu sınırlandırın. Varsayılan sınır 120'dir
çıktının terminallerde temiz bir şekilde görüntülenmesine yardımcı olan satır başına karakter ve
editörlerde, ancak hedef profil açıklama satırlarını kesebilir.

--metin
Ana çıkışın satır uzunluğu sınırını şuna ayarlayın: satır başına karakter. Varsayılan
120

SEÇENEKLER KONTROL TEK SIRA PUANLAMA (İLK İTERASYON)

Varsayılan olarak, ilk yineleme, tek bir sorgudan oluşturulmuş bir arama modeli kullanır.
sıra. Bu model, kalıntı için standart bir 20x20 ikame matrisi kullanılarak oluşturulmuştur.
olasılıklar ve pozisyondan bağımsız boşluk açık ve boşluk için iki ek parametre
olasılıkları genişletin. Bu seçenekler, varsayılan tek sıralı puanlama parametrelerine izin verir
Değiştirilecek.

--popen
Tek sıralı bir sorgu modeli için boşluk açma olasılığını şu şekilde ayarlayın: . Varsayılan
0.02. >= 0 ve < 0.5 olmalıdır.

--pexend
Tek sıralı bir sorgu modeli için boşluk genişletme olasılığını şu şekilde ayarlayın: .
varsayılan 0.4'tür. >= 0 ve < 1.0 olmalıdır.

--mx
Adlı yerleşik ikame matrisinden kalıntı hizalama olasılıklarını elde edin.
. Birkaç standart matris yerleşiktir ve bunlardan okunması gerekmez.
Dosyalar. matris adı PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45 olabilir,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 veya BLOSUM90. sadece biri --mx ve --mx dosyası
seçenekler kullanılabilir.

--mx dosyası
Dosyadaki ikame matrisinden kalıntı hizalama olasılıklarını elde edin
. Varsayılan puan matrisi BLOSUM62'dir (bu matris HMMER'in içindedir
ve bir dosya olarak mevcut olması gerekmez). Bir ikame matrisinin formatı
BLAST, FASTA ve diğer diziler tarafından kabul edilen standart formattır
analiz yazılımı.

SEÇENEKLER KONTROL RAPORLAMA EŞİKLER

Raporlama eşikleri, çıktı dosyalarında (ana çıktı,
--tbloout, ve --domtbloout). Her yinelemede, dizi isabetleri ve etki alanı isabetleri sıralanır
istatistiksel anlamlılığa göre (E-değeri) ve çıktı, per- olarak adlandırılan iki bölümde oluşturulur.
hedef ve etki alanı başına çıktı. Hedef başına çıktıda, varsayılan olarak, tüm dizi isabetleri bir
E-değeri <= 10 rapor edilir. Alan başına çıktıda, geçen her hedef için
hedef raporlama eşikleri, alan başına raporlama eşiklerini karşılayan tüm alanlar
bildirildi. Varsayılan olarak bunlar, koşullu E değerleri <= 10 olan etki alanlarıdır.
seçenekler, varsayılan E-değeri raporlama eşiklerini değiştirmenize veya bit puanı kullanmanıza izin verir.
yerine eşikler.

-E E-değerleri <= ile rapor dizileri sıra başına çıktıda. Varsayılan 10.0'dır.

-T E-değeri eşiği yerine dizi başına çıktı için bir bit puanı eşiği kullanın
(herhangi bir ayar -E göz ardı edilir). Bit puanı >= olan dizileri rapor edin . Tarafından
varsayılan olarak bu seçenek ayarlanmamıştır.

-Z Veritabanının toplam boyutunu bildir diziler, E-değeri amacıyla
hesaplama. Normalde E değerleri, veritabanının boyutuna göre hesaplanır
gerçekten aradınız (örn. hedef_seqdb). Bazılarında
durumlar (örneğin, hedef dizi veritabanınızı birden çok
aramanızın paralelleştirilmesi için dosyalar), gerçek boyutun ne olduğunu daha iyi bilebilirsiniz.
arama alanınızdır.

--domE
Etki alanlarını koşullu E-değerleri <= ile bildirin ek olarak etki alanı başına çıktıda
önemli dizi isabeti başına en yüksek puan alan alana. Varsayılan 10.0'dır.

--domT
E-değeri eşiği yerine etki alanı başına çıktı için bir bit puanı eşiği kullanın
(herhangi bir ayar --domT göz ardı edilir). Bit puanı >= olan alanları bildir in
önemli dizi başına en yüksek puan alan alana ek olarak etki alanı başına çıktı
vurmak. Varsayılan olarak bu seçenek ayarlanmamıştır.

--domZ
Önemli dizilerin sayısını bildir amacıyla, diziler
ek alan önemi için koşullu E-değeri hesaplaması. Normalde
koşullu E değerleri, geçen dizilerin sayısına göre hesaplanır
sıra başına raporlama eşiği.

SEÇENEKLER KONTROL DAHİL EŞİKLER

Dahil etme eşikleri, çoklu hizalama ve profile hangi isabetlerin dahil edildiğini kontrol eder
sonraki arama yinelemesi için oluşturulmuştur. Varsayılan olarak, bir dizinin bir per-
<= 0.001 dizi E-değeri (bkz. -E seçeneği) dahil edilecek ve içindeki herhangi bir ek alan
en yüksek puanı alan kişinin yanı sıra koşullu E-değeri <= 0.001 olmalıdır (bkz. --domE
seçenek). Raporlama eşikleri ile dahil etme eşikleri arasındaki fark şudur:
dahil etme eşikleri, hangi isabetlerin bir sonraki yinelemede (veya
eğer son çıktı çoklu hizalama -A seçeneği kullanılır), oysa raporlama eşikleri
çıktıda ne gördüğünüzü kontrol edin. Raporlama eşikleri genellikle daha gevşek olduğundan,
ilginizi çekebilecek gürültünün üst kısmındaki sınırdaki vuruşları görün.

--ince
E değerleri <= olan dizileri dahil et sonraki yinelemede veya son hizalamada
tarafından çıktı -A. Varsayılan 0.001'dir.

--incT
E-değeri yerine dizi başına dahil etme için bir bit puanı eşiği kullanın
eşik (herhangi bir ayar --ince göz ardı edilir). Bit puanına sahip dizileri dahil et
>= . Varsayılan olarak bu seçenek ayarlanmamıştır.

--incdomE
Koşullu E değerlerine sahip alanları dahil et <= sonraki yinelemede veya finalde
hizalama çıktısı -A, önemli nokta başına en yüksek puan alan alana ek olarak
sıra isabet. Varsayılan 0.001'dir.

--incdomT
E-değeri eşiği yerine etki alanı başına dahil etme için bir bit puanı eşiği kullanın
(herhangi bir ayar --incT göz ardı edilir). Bit puanı >= olan alanları dahil et . Tarafından
varsayılan olarak bu seçenek ayarlanmamıştır.

SEÇENEKLER KONTROL HIZLANMA SEZGİSEL

HMMER3 aramaları üç aşamalı bir filtre ardışık düzeninde hızlandırılır: MSV filtresi,
Viterbi filtresi ve İleri filtresi. İlk filtre en hızlı ve en
yaklaşık; sonuncusu, en yavaş ama en doğru olan tam İleri puanlama algoritmasıdır.
MSV ve Viterbi arasında bir önyargı filtresi adımı da vardır. Tüm adımları geçen hedefler
hızlandırma boru hattında daha sonra son işlemeye tabi tutulur - etki alanı tanımlama
ve İleri/Geri algoritmasını kullanarak puanlama.

Esasen HMMER'in buluşsal filtrelerini kontrol eden tek serbest parametre P-
geçen homolog olmayan dizilerin beklenen fraksiyonunu kontrol eden değer eşikleri
filtreler. Varsayılan eşikleri daha yükseğe ayarlamak, daha yüksek oranda
homolog olmayan dizi, hız pahasına artan hassasiyet; tersine,
daha düşük P-değeri eşiklerinin ayarlanması daha küçük bir oranı geçerek hassasiyeti azaltır
ve artan hız. Bir filtrenin P-değeri eşiğini 1.0'a ayarlamak, filtrenin geçeceği anlamına gelir
tüm dizileri ve filtreyi etkin bir şekilde devre dışı bırakır.

Filtre eşiklerini değiştirmek, yalnızca hedefleri değerlendirmeden kaldırır veya dahil eder; değiştirme
filtre eşikleri bit puanlarını, E-değerlerini veya hizalamaları değiştirmez; bunların tümü
yalnızca son işlemde belirlenir.

--maks Maksimum hassasiyet. Önyargı filtresi dahil tüm filtreleri kapatın ve tam olarak çalıştırın
Her hedefte İleri/Geri son işleme. Bu duyarlılığı artırır
biraz, hızda büyük bir maliyetle.

--F1
İlk filtre eşiği; MSV filtre adımı için P değeri eşiğini ayarlayın. NS
varsayılan 0.02'dir, yani homolog olmayan en yüksek puanın kabaca %2'si
Hedeflerin filtreyi geçmesi beklenir.

--F2
İkinci filtre eşiği; Viterbi filtre adımı için P değeri eşiğini ayarlayın.
Varsayılan 0.001'tir.

--F3
Üçüncü filtre eşiği; İleri filtre adımı için P değeri eşiğini ayarlayın. NS
varsayılan 1e-5'tir.

--nobias
Önyargı filtresini kapatın. Bu, hassasiyeti biraz arttırır, ancak bir dereceye kadar gelebilir.
özellikle sorguda önyargılı kalıntı bileşimi varsa (örneğin,
tekrarlayan bir dizi bölgesi veya geniş bölgeleri olan bir zar proteini ise
hidrofobiklik). Önyargı filtresi olmadan, filtreden çok fazla dizi geçebilir
olarak beklenenden daha yavaş performansa yol açan önyargılı sorgularla
hesaplama açısından yoğun İleri/Geri algoritmalar, anormal derecede ağır
yükleyin.

SEÇENEKLER KONTROL PROFİL İNŞAAT (SONRA TEKRARLAMALAR)

Bu seçenekler, aşağıdaki durumlarda birden çok hizalamada fikir birliği sütunlarının nasıl tanımlandığını kontrol eder.
yapı profilleri. Varsayılan olarak, jackhmmer her zaman orijinal sorgu dizinizi içerir
her yinelemede hizalama sonucu ve fikir birliği konumları bu sorgu tarafından tanımlanır
sıra: yani, bir varsayılan jackhmmer profil her zaman orijinalinizle aynı uzunluktadır
sorgu, her yinelemede.

--hızlı Konsensüs sütunlarını >= kesiri olan sütunlar olarak tanımlayın simetrik olarak kalıntıların
boşluklara karşı. (Aşağıya bakınız --symfrac seçeneği.) Bu varsayılan olmasına rağmen
başka bir yerde profil oluşturma seçeneği (içinde hmm inşa, özellikle), olabilir
istenmeyen etkiler jackhmmer, çünkü bir profil yinelemeli olarak içeri girebilir
çok az veya hiç fikir birliği sütunu bırakmadan orijinal sorgunuzdan uzağa sıralayın
kalıntılarına karşılık gelir.

--el Çoklu referans açıklamasını kullanarak bir sonraki profilde fikir birliği sütunlarını tanımlayın
hizalaması. jackhmmer referans açıklamasını önceki profilden şuraya yayar:
çoklu hizalama ve ardından bir sonraki profile. Bu varsayılandır.

--symfrac
Bir konsensüs sütunu tanımlamak için gerekli olan kalıntı fraksiyonu eşiğini tanımlayın.
ile --hızlı seçenek. Varsayılan 0.5'tir. Her sütundaki sembol kesri
göreli dizi ağırlığı dikkate alındıktan ve boşluk göz ardı edildikten sonra hesaplanır
dizi parçalarının uçlarına karşılık gelen karakterler (dahili
eklemeler/silmeler). Bunu 0.0'a ayarlamak, her hizalama sütununun
bazı durumlarda yararlı olabilecek fikir birliği olarak atanabilir. 1.0 olarak ayarlamak
yalnızca 0 boşluk içeren sütunların (dahili eklemeler/silmeler) olacağı anlamına gelir
konsensüs olarak atanmıştır.

--fragthresh
Hizalanmış sıra biliniyorsa, yalnızca terminal boşluklarını silme olarak saymak istiyoruz.
tam uzunlukta olması, bir parça olması halinde değil (örneğin, yalnızca bir parçası olduğu için)
sıralandı). HMMER, fragmanları çıkarmak için basit bir kural kullanır: eğer dizi uzunluğu
L bir kesirden küçük veya ona eşittir sütunlardaki hizalama uzunluğunun çarpımı,
daha sonra dizi bir parça olarak işlenir. Varsayılan 0.5'tir. Ayar
--fragthresh0 hiçbir (boş olmayan) diziyi parça olarak tanımlayacaktır; isteyebilirsiniz
tam uzunlukta özenle seçilmiş bir hizalamanız olduğunu biliyorsanız bunu yapın.
diziler. Ayar --fragthresh1 tüm dizileri fragmanlar olarak tanımlayacaktır; Eğer olabilir
hizalamanızın tamamen parçalardan oluştuğunu biliyorsanız, bunu yapmak istersiniz;
metagenomik av tüfeği verilerinde çevrilmiş kısa okumalar olarak.

SEÇENEKLER KONTROL BAĞIL AĞIRLIKLAR

Çoklu hizalamadan bir profil oluşturulduğunda, HMMER özel bir dizi kullanır
yakından ilişkili dizileri azaltmak ve uzaktan ilişkili dizileri büyütmek için ağırlıklandırma algoritması
olanlar. Bu, modellerin eşit olmayan filogenetik tarafından daha az önyargılı hale getirilmesi etkisine sahiptir.
temsil. Örneğin, iki özdeş dizinin tipik olarak her biri,
bir dizinin alacağı ağırlık (ve bu yüzden jackhmmer her zaman için endişelenmiyor
bulsa bile, her yinelemenin hizalamasına orijinal sorgu dizinizi dahil etmek
tekrar aradığınız veritabanında). Bu seçenekler, hangi algoritmanın kullanılacağını kontrol eder.

--wpb Henikoff pozisyon tabanlı dizi ağırlıklandırma şemasını kullanın [Henikoff ve Henikoff,
J. Mol. Biol. 243:574, 1994]. Bu varsayılandır.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia ağırlıklandırma algoritmasını kullanın [Gerstein ve diğerleri, J. Mol.
Biyol. 235:1067, 1994].

--wblosum
BLOSUM hesaplanırken verileri ağırlıklandırmak için kullanılan aynı kümeleme şemasını kullanın
ikame matrisleri [Henikoff ve Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci 89:10915, 1992].
Diziler, bir kimlik eşiğinde kümelenmiş tek bağlantıdır (varsayılan 0.62; bkz.
--geniş) ve her c dizisi kümesinde, her dizi göreceli ağırlık alır
1/ç.

--wnone
Göreceli ağırlıklar yok. Tüm dizilere tek tip ağırlık atanır.

--geniş
Kullanırken tek bağlantı kümeleme tarafından kullanılan kimlik eşiğini ayarlar. --wblosum.
Diğer ağırlıklandırma şemalarında geçersizdir. Varsayılan 0.62'dir.

SEÇENEKLER KONTROL ETKİLİ SIRA NUMBER

Göreceli ağırlıklar belirlendikten sonra, toplam efektif değere toplanacak şekilde normalleştirilirler.
Sıra numarası, eff_nseq. Bu sayı, dizideki gerçek dizi sayısı olabilir.
hizalama, ancak neredeyse her zaman bundan daha küçüktür. Varsayılan entropi ağırlığı
yöntem (--ent) bilgi içeriğini azaltmak için etkin sıra numarasını azaltır
(göreceli entropi veya gerçek homologlarda beklenen ortalama puan) fikir birliği pozisyonu başına. NS
hedef bağıl entropi, iki parametreli bir fonksiyon tarafından kontrol edilir;
parametreler ile ayarlanabilir --buraya ve --esigma.

--ent Belirli bir göreli entropi elde etmek için etkin sıra numarasını ayarlayın.
konum (bkz. --buraya). Bu varsayılandır.

--eklust
Etkin sıra numarasını, belirli bir noktada tek bağlantı kümelerinin sayısına ayarlayın.
belirli kimlik eşiği (bkz. --bayram). Bu seçenek önerilmez; bu ... için
ne kadar iyi olduğunu değerlendiren deneyler --ent olduğunu.

--enon
Etkili sıra numarası belirlemeyi kapatın ve yalnızca gerçek sayıyı kullanın.
diziler. Bunu yapmak isteyebileceğiniz bir neden, göreli değeri maksimize etmeye çalışmaktır.
kısa modeller için faydalı olabilecek modelinizin entropisi/konumu.

--eset
Tüm modeller için etkin sıra numarasını açıkça ayarlayın. .

--buraya
Minimum göreli entropi/konum hedefini şuna ayarlayın: . gerektirir --ent. Varsayılan
sıra alfabesine bağlıdır; protein dizileri için 0.59 bit/konumdur.

--esigma
Tüm model hizalamasının katkıda bulunduğu minimum göreli entropiyi ayarlar.
tüm uzunluğu. Bu, kısa modellerin göreceli olarak daha yüksek olmasını sağlama etkisine sahiptir.
konum başına entropi --buraya tek verecekti. Varsayılan 45.0 bittir.

--bayram
ile tek bağlantı kümeleme tarafından kullanılan kesirli ikili kimlik kesmesini ayarlar.
the --eklust seçenek. Varsayılan 0.62'tür.

SEÇENEKLER KONTROL ÖNCEKİLER

Profil yapımında, varsayılan olarak, ağırlıklı sayılar ortalama arkaya dönüştürülür
Karışım Dirichlet önceliklerini kullanarak olasılık parametresi tahminleri. Varsayılan karışım Dirichlet
protein modelleri ve nükleik asit (RNA ve DNA) modelleri için önceki parametreler oluşturulur
Aşağıdaki seçenekler, varsayılan öncelikleri geçersiz kılmanıza izin verir.

--pnone Herhangi bir öncelik kullanmayın. Olasılık parametreleri basitçe gözlemlenecek
bağıl dizi ağırlıklandırmasından sonra frekanslar.

--yer Önceden varsayılan Dirichlet karışımı yerine bir Laplace +1 kullanın.

SEÇENEKLER KONTROL E-DEĞER KALİBRASYON

MSV filtresi için beklenen puan dağılımları için konum parametrelerinin tahmin edilmesi
puanlar, Viterbi filtre puanları ve İleri puanlar üç kısa rastgele dizi gerektirir
simülasyonlar.

--EmL
için konum parametresini tahmin eden simülasyondaki dizi uzunluğunu ayarlar.
MSV filtre E değerleri. Varsayılan 200'dür.

--EmN
Konum parametresini tahmin eden simülasyondaki dizilerin sayısını ayarlar mu
MSV filtre E değerleri için. Varsayılan 200'dür.

--EvL
için konum parametresini tahmin eden simülasyondaki dizi uzunluğunu ayarlar.
Viterbi filtre E değerleri. Varsayılan 200'dür.

--EvN
Konum parametresini tahmin eden simülasyondaki dizilerin sayısını ayarlar mu
Viterbi filtresi E değerleri için. Varsayılan 200'dür.

--EfL
Konum parametresi tau'yu tahmin eden simülasyondaki dizi uzunluğunu ayarlar
İleri E-değerleri için. Varsayılan 100'dür.

--EfN
Konum parametresini tahmin eden simülasyondaki dizilerin sayısını ayarlar
İleri E-değerleri için tau. Varsayılan 200'dür.

--Eft
Kuyruk kütle fraksiyonunu konumu tahmin eden simülasyona sığacak şekilde ayarlar
İleri değerler için tau parametresi. Varsayılan 0.04'tür.

DİĞER SEÇENEKLER

--null2
Önyargılı kompozisyon için null2 puan düzeltmelerini kapatın.

-Z Aramalarınızdaki toplam hedef sayısının , amaçları için
gerçek hedef sayısı yerine dizi başına E-değeri hesaplamaları
görüldü.

--domZ
Aramalarınızdaki toplam hedef sayısının , amaçları için
hedef sayısı yerine alan başına koşullu E-değeri hesaplamaları
raporlama eşiklerini geçen

--tohum
Rastgele sayı üretecini şu şekilde tohumlayın , bir tamsayı >= 0. >0, herhangi
stokastik simülasyonlar tekrarlanabilir olacaktır; aynı komut aynı şeyi verecek
Sonuçlar. Eğer 0 ise, rastgele sayı üreteci keyfi olarak ekilir ve
stokastik simülasyonlar, aynı komutun çalıştırılmasından çalıştırılmasına değişiklik gösterecektir. Varsayılan
tohum 42'dir.

--qformat
giriş olduğunu beyan sorgu_seq dosyası formatta . Kabul edilen dizi dosyası
formatlar FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm ve SELEX'i içerir. Varsayılan
dosyanın biçimini otomatik olarak algılamaktır.

--t biçimi
giriş olduğunu beyan hedef_seqdb formatta . Kabul edilen dizi dosyası
formatlar FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm ve SELEX'i içerir. Varsayılan
dosyanın biçimini otomatik olarak algılamaktır.

--İşlemci
Paralel çalışan iş parçacığı sayısını şuna ayarlayın: . Varsayılan olarak, HMMER bunu şu şekilde ayarlar:
makinenizde algıladığı CPU çekirdeği sayısı - yani en üst düzeye çıkarmaya çalışır
mevcut işlemci çekirdeklerinizin kullanımı. Ayar sayısından daha yüksek
mevcut çekirdeklerin değeri çok azdır, ancak bunu bir şeye ayarlamak isteyebilirsiniz.
az. Bu numarayı bir ortam değişkeni ayarlayarak da kontrol edebilirsiniz,
HMMER_NCPU.

Bu seçenek yalnızca HMMER, POSIX iş parçacığı desteğiyle derlendiyse kullanılabilir.
Bu varsayılandır, ancak siteniz için derleme zamanında kapatılmış olabilir.
veya herhangi bir nedenle makine.

--ahır
MPI ana/işçi sürümünde hata ayıklamak için: başlatıldıktan sonra duraklatın,
çalışan ana ve çalışan(lar) süreçlerine hata ayıklayıcılar eklemek için geliştirici. Göndermek
Duraklatmayı bırakmak için SIGCONT sinyali. (gdb altında: (gdb) işaret SONRAKİCONT) (Bir tek
derleme zamanında isteğe bağlı MPI desteği etkinleştirildiyse kullanılabilir.)

--mpi kullanarak MPI ana/işçi modunda çalıştırın. mpirun. (Yalnızca isteğe bağlı MPI
destek derleme zamanında etkinleştirildi.)

onworks.net hizmetlerini kullanarak jackhmmer'ı çevrimiçi kullanın