İngilizceFransızcaİspanyolca

Sunucuları çalıştırın | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks favicon'u

mauveAligner - Bulutta Çevrimiçi

OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında mauveAligner'ı Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü üzerinden çalıştırın

Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mauveAligner komutudur.

PROGRAM:

ADI


mauveAligner - çoklu genom hizalamalarını verimli bir şekilde oluşturma

SİNOPSİS


mauveAligner [seçenekler] ...
dosya adı>

TANIM


mauveAligner ve progresifMauve hizalama algoritmaları şu şekilde uygulanmıştır:
indirilebilir Mauve yazılımına dahil olan komut satırı programları. dan çalıştırıldığında
komut satırında, bu programlar grafik arayüzde henüz mevcut olmayan seçenekler sunar.

SEÇENEKLER


--çıktı=Çıktı dosyası adı.
Varsayılan olarak ekrana yazdırır

--anneler Yalnızca MUM'ları bulun, yerel olarak doğrusal blokları (LCB'ler) belirlemeye çalışmayın

--özyineleme yok Özyinelemeli bağlantı tanımlaması gerçekleştirmeyin (yani
--boşluksuz hizalama)

--no-lcb-uzantısı LCB'leri belirliyorsanız, LCB'leri uzatmaya çalışmayın

--tohum boyutu=İlk tohum eşleşme boyutu, varsayılan değer log_2'dir ( ortalama dizi uzunluğu )

--max-uzantı-yinelemeler=LCB uzantılarını bu sayıda denemeyle sınırlayın,
varsayılan 4

--ortadan kaldırma-inklüzyonlar Alt küme eşleşmelerinde bağlantılı eklemeleri ortadan kaldırın.

--ağırlık=Sekans başına baz çiftlerinde minimum LCB ağırlığı

--match-input=Eşleşme aramak yerine belirtilen eşleşme dosyasını kullanın

--lcb-eşleştirme-girişi Eşleşme girdi dosyasının, daha önce yapılmış eşleşmeleri içerdiğini gösterir.
LCB'lerde kümelenmiş

--lcb-giriş=LCB'ler oluşturmak yerine belirtilen lcb dosyasını kullanın (LCB'yi atlar
nesil)

--scratch-path=Büyük genomlar için geçici verilerin depolanması için bir dizin kullanın.
Farklı yollar ile iki veya daha fazla kez verilmelidir.

--id-matris=LCB istatistikleri oluşturun ve bunları belirtilen dosyaya yazın

--ada boyutu=Verilen sayıdan daha büyük adaları bulun

--ada-çıktı=Çıktı adaları verilen dosya (gerektirir --ada boyutunda)

--backbone-size=Verilen bp sayısından daha uzun omurga uzantılarını bulun

--max-backbone-gap=Bu uzunluğa kadar olan boşluklarla omurganın kesilmesine izin verin.
bp

--backbone-çıktı=Çıktı adaları verilen dosya (gerektirir --ada boyutunda)

--kapsam-çıktı=Belirtilen dosyaya bir kapsam listesi çıktısı alın (- stdout için)

--tekrarlar Tekrarlanan bir harita oluşturur. Yalnızca bir dizi belirtilebilir

--çıktı-kılavuz-ağacı=Belirlenen dosyaya bir kılavuz ağacı yazın

--doğrusal Giriş dizilerinin eşdoğrusal olduğunu varsayın - yeniden düzenlemeleri yok

Hava Aralıklı hiza kontroller:
--boşluksuz hizalama Boşluklu hizalama yapmayın

--max-boşluklu-hizalayıcı-uzunluğu=Hizalama girişiminde bulunulacak maksimum baz çifti sayısı
boşluklu hizalayıcı

--min-özyinelemeli-boşluk-uzunluğu=Mauve'nin özyinelemeli gerçekleştireceği minimum boşluk boyutu
MUM sabitleme açık (Varsayılan 200'dür)

imzalı permutasyon matris seçenekleri:
--permütasyon-matris-çıktı=LCB'leri imzalı bir permütasyon matrisi olarak yazın.
verilen dosya

--permütasyon-matris-min-ağırlık=Her biri için bir permütasyon matrisi yazılacaktır.
bu değer ile değeri arasında ağırlığa sahip LCB'ler seti --ağırlık

hiza çıktı seçenekleri:
--alignment-output-dir=Bir dizi hizalama dosyası (LCB başına bir tane) çıktısını bir
verilen dizin

--hizalama-çıktı-formatı=için çıktı biçimini seçer --alignment-output-dir

--çıktı hizalama=Belirlenen dosyaya bir XMFA formatı hizalaması yazın

Desteklenen hizalama çıktı biçimleri şunlardır: phylip, clustal, msf, nexus, mega, kodon

onworks.net hizmetlerini kullanarak mauveAligner'ı çevrimiçi kullanın


Ad


Ad