Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mauveAligner komutudur.
Program:
ADI
mauveAligner - çoklu genom hizalamalarını verimli bir şekilde oluşturma
SİNOPSİS
mauveAligner [seçenekler] ...
dosya adı>
TANIM
mauveAligner ve progresifMauve hizalama algoritmaları şu şekilde uygulanmıştır:
indirilebilir Mauve yazılımına dahil olan komut satırı programları. dan çalıştırıldığında
komut satırında, bu programlar grafik arayüzde henüz mevcut olmayan seçenekler sunar.
SEÇENEKLER
--çıktı=Çıktı dosyası adı.
Varsayılan olarak ekrana yazdırır
--anneler Yalnızca MUM'ları bulun, yerel olarak doğrusal blokları (LCB'ler) belirlemeye çalışmayın
--özyineleme yok Özyinelemeli bağlantı tanımlaması gerçekleştirmeyin (yani
--boşluksuz hizalama)
--no-lcb-uzantısı LCB'leri belirliyorsanız, LCB'leri uzatmaya çalışmayın
--tohum boyutu=İlk tohum eşleşme boyutu, varsayılan değer log_2'dir ( ortalama dizi uzunluğu )
--max-uzantı-yinelemeler=LCB uzantılarını bu sayıda denemeyle sınırlayın,
varsayılan 4
--ortadan kaldırma-inklüzyonlar Alt küme eşleşmelerinde bağlantılı eklemeleri ortadan kaldırın.
--ağırlık=Sekans başına baz çiftlerinde minimum LCB ağırlığı
--match-input=Eşleşme aramak yerine belirtilen eşleşme dosyasını kullanın
--lcb-eşleştirme-girişi Eşleşme girdi dosyasının, daha önce yapılmış eşleşmeleri içerdiğini gösterir.
LCB'lerde kümelenmiş
--lcb-giriş=LCB'ler oluşturmak yerine belirtilen lcb dosyasını kullanın (LCB'yi atlar
nesil)
--scratch-yolu=Büyük genomlar için geçici verilerin depolanması için bir dizin kullanın.
Farklı yollar ile iki veya daha fazla kez verilmelidir.
--id-matris=LCB istatistikleri oluşturun ve bunları belirtilen dosyaya yazın
--ada boyutu=Verilen sayıdan daha büyük adaları bulun
--ada-çıktı=Çıktı adaları verilen dosya (gerektirir --ada boyutunda)
--omurga boyutu=Verilen bp sayısından daha uzun omurga uzantılarını bulun
--max-omurga-boşluğu=Bu uzunluğa kadar olan boşluklarla omurganın kesilmesine izin verin.
bp
--backbone-çıktı=Çıktı adaları verilen dosya (gerektirir --ada boyutunda)
--kapsam-çıktı=Belirtilen dosyaya bir kapsam listesi çıktısı alın (- stdout için)
--tekrarlar Tekrarlanan bir harita oluşturur. Yalnızca bir dizi belirtilebilir
--çıktı-kılavuz-ağacı=Belirlenen dosyaya bir kılavuz ağacı yazın
--doğrusal Giriş dizilerinin eşdoğrusal olduğunu varsayın - yeniden düzenlemeleri yok
Hava Aralıklı hiza kontroller:
--boşluksuz hizalama Boşluklu hizalama yapmayın
--max-boşluklu-hizalayıcı-uzunluğu=Hizalama girişiminde bulunulacak maksimum baz çifti sayısı
boşluklu hizalayıcı
--min-özyinelemeli-boşluk-uzunluğu=Mauve'nin özyinelemeli gerçekleştireceği minimum boşluk boyutu
MUM sabitleme açık (Varsayılan 200'dür)
imzalı permutasyon matris seçenekleri:
--permütasyon-matris-çıktı=LCB'leri imzalı bir permütasyon matrisi olarak yazın.
verilen dosya
--permütasyon-matris-min-ağırlık=Her biri için bir permütasyon matrisi yazılacaktır.
bu değer ile değeri arasında ağırlığa sahip LCB'ler seti --ağırlık
hiza çıktı seçenekleri:
--alignment-output-dir=Bir dizi hizalama dosyası (LCB başına bir tane) çıktısını bir
verilen dizin
--hizalama-çıktı-formatı=için çıktı biçimini seçer --hizalama-çıkış-dir
--çıktı hizalama=Belirlenen dosyaya bir XMFA formatı hizalaması yazın
Desteklenen hizalama çıktı biçimleri şunlardır: phylip, clustal, msf, nexus, mega, kodon
onworks.net hizmetlerini kullanarak mauveAligner'ı çevrimiçi kullanın
