mdrun_mpi.mpich - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-mdrun - Bir simülasyon gerçekleştirin, normal mod analizi yapın veya enerji minimizasyonu yapın

SİNOPSİS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [masaları [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [-masa [<.xvg>]] [-tablob [<.xvg>]]
[-tekrar çalıştır [<.xtc/.trr/...>]] [-ei [<.edi>]]
[-çoklu [ [...]]] [- üye [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-dk [<.ndx>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-alan [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [eo [<.xvg>]]
[-dindar [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-Eğer [<.xvg>]] [-takas [<.xvg>]] [-defnm ]
[-xvg ] [-DD ] [-ddorder ]
[-npme ] [-Nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-Pin ] [-pin ofset ]
[- ince adım ] [-gpu_id ] [-[hayır]ddcheck]
[-rdd ] [-rkon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[hayır]tunepme]
[-[hayır]v] [-[hayır]kompakt] [-pforce ] [-[hayır]tekrar]
[-cpt ] [-[hayır]cpnum] [-[hayır]ekle] [-nsteps ]
[-maks ] [-çok ] [-repleks ] [-sonraki ]
[-yeniden tohum ]

TANIM

Bu versiyon of the program irade bir tek koşmak süre kullanma the MPICH paralel bilgisayar
kütüphane. Yerimizi mpirun(1). kullanım the normal gmx(1) program için geleneksel tek dişli
işlemleri.

gmx mdrun GROMACS içindeki ana hesaplamalı kimya motorudur. Açıkçası, bu
Moleküler Dinamik simülasyonlarını gerçekleştirir, ancak Stokastik Dinamikleri de gerçekleştirebilir,
Enerji Minimizasyonu, test parçacığı yerleştirme veya enerjilerin (yeniden) hesaplanması. Normal mod
Analiz başka bir seçenektir. Bu durumda mdrun tek bir Hessian matrisi oluşturur
konformasyon. Normal Normal Modlar benzeri hesaplamalar için, yapının
Sağlanan, uygun şekilde enerji en aza indirilir. Üretilen matris şu şekilde köşegenleştirilebilir: gmx
Nmeig.

The mdrun program çalıştırma girdi dosyasını okur (-s) ve eğer varsa topolojiyi sıralara dağıtır
gerekli. mdrun en az dört çıktı dosyası üretir. Tek bir günlük dosyası (-g) yazılmış.
yörünge dosyası (-o), koordinatları, hızları ve isteğe bağlı olarak kuvvetleri içerir. NS
yapı dosyası (-c) son adımın koordinatlarını ve hızlarını içerir. Enerji
dosya (-e) enerjileri, sıcaklığı, basıncı vb. içerir, bunların çoğu
ayrıca günlük dosyasına yazdırılır. İsteğe bağlı olarak koordinatlar sıkıştırılmış bir forma yazılabilir.
yörünge dosyası (-x).

Seçenek -dhdl sadece serbest enerji hesaplaması açıldığında kullanılır.

mdrun'u paralel olarak verimli bir şekilde çalıştırmak, birçok yönü tartışmalı olan karmaşık bir konudur.
çevrimiçi Kullanım Kılavuzunda ele alınmıştır. Birçoğunu kullanmakla ilgili pratik tavsiyeler için oraya bakmalısınız.
mdrun'da bulunan seçeneklerden.

ED (temel dinamikler) örneklemesi ve/veya ek taşma potansiyelleri şu şekilde açılır:
ile -ei ardından bir bayrak .edi dosya. .edi dosya ile üretilebilir.
make_edi aracını kullanarak veya WHAT IF programının essdyn menüsündeki seçenekleri kullanarak. mdrun
üretir .xvg konumların, hızların ve kuvvetlerin projeksiyonlarını içeren çıktı dosyası
seçilen özvektörler üzerine

Kullanıcı tanımlı potansiyel fonksiyonlar seçildiğinde .mdp dosyala masaları
seçeneği geçmek için kullanılır mdrun potansiyel işlevlere sahip biçimlendirilmiş bir tablo. dosya okunur
geçerli dizinden veya GMXLIB dizin. Önceden biçimlendirilmiş bir dizi
tablolarda sunulmuştur. GMXLIB dir, 6-8, 6-9, 6-10, 6-11, 6-12 Lennard-Jones için
normal Coulomb ile potansiyeller. Çift etkileşimler mevcut olduğunda, ayrı bir tablo
çift ​​etkileşim fonksiyonları kullanılarak okunur -masa seçeneği.

Topolojide tablolaştırılmış bağlı fonksiyonlar mevcut olduğunda, etkileşim fonksiyonları
kullanarak oku -tablob seçenek. Her farklı tablolaştırılmış etkileşim için tabloyu yazın
dosya adı farklı bir şekilde değiştirilir: dosya uzantısından önce bir alt çizgi
eklenmiş, daha sonra bağlar için bir 'b', açılar için bir 'a' veya dihedraller için bir 'd' ve son olarak
etkileşim türünün tablo numarası.

Seçenekler -px ve -pf çekerken COM koordinatlarını ve kuvvetlerini yazmak için kullanılır
içinde seçildi .mdp dosyası.

Son olarak, uygun seçenekler belirlendiğinde bazı deneysel algoritmalar test edilebilir.
verildi. Şu anda inceleme altında olanlar: polarize edilebilirlik.

Seçenek - üye eskiden g_membed olanı yapar, yani bir proteini bir zara gömer.
Bu modül, bir veri dosyasında sağlanan bir dizi ayarı gerektirir.
Bu seçeneğin argümanı. Membran gömmeyle ilgili daha fazla ayrıntı için, içindeki belgelere bakın.
kullanım kılavuzu. Seçenekler -dk ve -mp indeks ve topoloji dosyalarını sağlamak için kullanılır
gömmek için kullanılır.

Seçenek -pforce çok büyük olması nedeniyle bir simülasyonun çöktüğünden şüpheleniyorsanız kullanışlıdır.
kuvvetler. Bu seçenekle, bir kuvvetten daha büyük bir kuvvete sahip atomların koordinatları ve kuvvetleri
belirli bir değer stderr'e yazdırılacaktır.

Sistemin tam durumunu içeren kontrol noktaları düzenli aralıklarla yazılır
(seçenek -cpt) dosyaya -cpo, seçenek olmadıkça -cpt -1 olarak ayarlanır. önceki kontrol noktası
kadar yedeklenir durum_prev.cpt sistemin son bir durumunun her zaman olduğundan emin olmak için
kontrol noktası yazarken simülasyon sonlandırılsa bile kullanılabilir. İle birlikte -cpnum
tüm kontrol noktası dosyaları tutulur ve adım numarası ile eklenir. simülasyon olabilir
seçeneği ile dosyadan tam durumu okuyarak devam etti -cpi. Bu seçenek akıllı
herhangi bir kontrol noktası dosyası bulunamazsa, GROMACS sadece normal bir çalışmayı varsayar ve
ilk adımdan başlar .tpr dosya. Varsayılan olarak çıktı eklenecek
mevcut çıktı dosyaları. Kontrol noktası dosyası, tüm çıktı dosyalarının sağlama toplamlarını içerir,
bazı çıktı dosyaları değiştirildiğinde, bozulduğunda veya
kaldırıldı. ile üç senaryo vardır -cpi:

* eşleşen adlara sahip hiçbir dosya yok: yeni çıktı dosyaları yazıldı

* tüm dosyalar, denetim noktasında depolananlarla eşleşen adlar ve sağlama toplamlarıyla birlikte bulunur
dosya: dosyalar eklenir

* aksi takdirde hiçbir dosya değiştirilmez ve önemli bir hata oluşturulur

İle -ekleme yok yeni çıktı dosyaları açılır ve simülasyon parça numarası hepsine eklenir
çıktı dosyası adları. Her durumda kontrol noktası dosyasının kendisinin yeniden adlandırılmadığını ve
adı ile eşleşmediği sürece üzerine yazılacaktır. -cpo seçeneği.

Kontrol noktası ile çıktı, daha önce yazılmış çıktı dosyalarına eklenir.
-ekleme yok kullanılmış veya önceki çıktı dosyalarından hiçbiri mevcut değil (
kontrol noktası dosyası). Eklenecek dosyaların bütünlüğü sağlama toplamları kullanılarak doğrulanır
kontrol noktası dosyasında saklanır. Bu, çıktının karıştırılmamasını veya
dosya ekleme nedeniyle bozuk. Yalnızca önceki çıktı dosyalarından bazıları mevcut olduğunda,
önemli bir hata oluşturulur ve eski çıktı dosyaları değiştirilmez ve yeni çıktı dosyaları olmaz
açılır. Ekleme ile sonuç, tek bir çalıştırmadan elde edilenle aynı olacaktır. NS
farklı sayıda rütbe veya dinamik kullanmadığınız sürece içerikler ikili aynı olacaktır.
yük dengeleme veya FFT kitaplığı, zamanlama yoluyla optimizasyonları kullanır.

Seçeneği ile -maks bir simülasyon sonlandırılır ve ilk önce bir kontrol noktası dosyası yazılır
çalışma süresinin aşıldığı komşu arama adımı -maks*0.99 saat. Bu seçenek
özellikle ayar ile birlikte kullanışlıdır adımlar mdp'de veya kullanarak -1'e
benzer şekilde adlandırılmış komut satırı seçeneği. Bu, yalnızca sonlandırılan sonsuz bir çalıştırmayla sonuçlanır
tarafından belirlenen zaman sınırı -maks ulaşıldığında (varsa) veya bir sinyal alındığında.

Ne zaman mdrun bir TERM sinyali alırsa, mevcut adıma nsteps artı bir ayarlayacaktır. Ne zaman
mdrun bir INT sinyali alırsa (örneğin ctrl+C'ye basıldığında), bir sonraki sinyalden sonra duracaktır.
komşu arama adımı (bir sonraki adımda nstlist=0 ile). Her iki durumda da olağan
çıktı dosyaya yazılacaktır. MPI ile çalışırken, aşağıdakilerden birine bir sinyal mdrun rütbeleri
yeterliyse, bu sinyal mpirun'a veya mdrun süreç olan
diğerlerinin ebeveyni.

Etkileşimli moleküler dinamikler (IMD), üç yöntemden en az biri kullanılarak etkinleştirilebilir.
IMD anahtarları: -imdterm anahtarı, simülasyonun sonlandırılmasına izin verir.
moleküler görüntüleyici (örn. VMD). İle birlikte -imdwait, mdrun hiçbir IMD istemcisi olmadığında duraklar
bağlı. IMD uzaktan kumandadan çekerek açılabilir -imdpull. Liman mdrun
tarafından değiştirilebilir dinler -imdport. tarafından işaret edilen dosya -Eğer atom indeksleri içerir ve
IMD çekme kullanılıyorsa kuvvetler.

Ne zaman mdrun MPI ile başlatılır, varsayılan olarak düzgün çalışmaz.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası

-cpi [<.cpt>] (durum.cpt) (İsteğe bağlı)
kontrol noktası dosyası

masaları [<.xvg>] (tablo.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-masa [<.xvg>] (tablo.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-tablob [<.xvg>] (tablo.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-tekrar çalıştır [<.xtc/.trr/...>] (tekrar çalıştır.xtc) (İsteğe bağlı)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng

-ei [<.edi>] (sam.edi) (İsteğe bağlı)
ED örnekleme girişi

-çoklu [ [...]] (koşturucu) (İsteğe bağlı)
Dizini çalıştır

- üye [<.dat>] (üye.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

-mp [<.top>] (üye.top) (İsteğe bağlı)
topoloji dosyası

-dk [<.ndx>] (üye.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Tam hassas yörünge: tr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (İsteğe bağlı)
Sıkıştırılmış yörünge (tng formatı veya taşınabilir xdr formatı)

-cpo [<.cpt>] (durum.cpt) (İsteğe bağlı)
kontrol noktası dosyası

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
enerji dosyası

-g [<.log>] (md.log)
Log dosyası

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-alan [<.xvg>] (alan.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-dindar [<.xvg>] (sapma.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-px [<.xvg>] (çekmex.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-pf [<.xvg>] (çek.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-ro [<.xvg>] (rotasyon.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-ra [<.log>] (döndürme.log) (İsteğe bağlı)
Log dosyası

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (İsteğe bağlı)
Log dosyası

-rt [<.log>] (rottorque.log) (İsteğe bağlı)
Log dosyası

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (İsteğe bağlı)
Kendir matrisi

-dn [<.ndx>] (dipol.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

-Eğer [<.xvg>] (imdforces.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-takas [<.xvg>] (takaslar.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

Diğer seçenekler:

-defnm
Tüm dosya seçenekleri için varsayılan dosya adını ayarlayın

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-DD (0 0 0)
Etki alanı ayrıştırma ızgarası, 0 optimize edildi

-ddorder (araya girme)
DD sıralama sırası: araya ekleme, pp_pme, kartezyen

-npme (-1)
PME için kullanılacak ayrı sıra sayısı, -1 tahmindir

-Nt (0)
Başlatılacak toplam iş parçacığı sayısı (0 tahmindir)

-ntmpi (0)
Başlatılacak iş parçacığı-MPI iş parçacığı sayısı (0 tahmindir)

-ntomp (0)
Başlamak için MPI sıralaması başına OpenMP iş parçacığı sayısı (0 tahmindir)

-ntomp_pme (0)
Başlamak için MPI sıralaması başına OpenMP iş parçacığı sayısı (0 -ntomp'tur)

-Pin (Oto)
mdrun'un iş parçacığı benzeşimlerini ayarlamaya çalışıp çalışmaması: otomatik, açık, kapalı

-pin ofset (0)
mdrun'un ilk iş parçacığını sabitlemesi gereken en düşük mantıksal çekirdek numarası

- ince adım (0)
Dişler için mantıksal çekirdeklerde sabitleme mesafesi, sayısını en aza indirmek için 0 kullanın.
fiziksel çekirdek başına iş parçacığı

-gpu_id
Kullanılacak GPU cihaz kimliklerinin listesi, düğüm başına PP sıralamasını GPU eşlemeye göre belirtir

-[hayır]ddcheck (Evet)
DD ile tüm bağlı etkileşimleri kontrol edin

-rdd (0)
DD (nm) ile bağlı etkileşimler için maksimum mesafe, 0'dan belirlenir.
başlangıç ​​koordinatları

-rkon (0)
P-LINCS (nm) için maksimum mesafe, 0 tahminidir

-dlb (Oto)
Dinamik yük dengeleme (DD ile): otomatik, hayır, evet

-dds (0.8)
(0,1)'deki kesir, karşılıklı olarak başlangıçtaki DD hücre boyutunun artacağı
korurken dinamik yük dengelemenin hareket edebileceği bir marj sağlamak için
minimum hücre boyutu.

-gcom (-1)
Küresel iletişim frekansı

-nb (Oto)
Şunlarda bağlı olmayan etkileşimleri hesaplayın: auto, cpu, gpu, gpu_cpu

-nstlist (0)
Verlet arabellek toleransı kullanırken nstlist'i ayarlayın (0 tahmindir)

-[hayır]tunepme (Evet)
PP/PME sıraları veya GPU/CPU arasında PME yükünü optimize edin

-[hayır]v (yok hayır)
Gürültülü ve gürültülü ol

-[hayır]kompakt (Evet)
Kompakt bir günlük dosyası yazın

-pforce (-1)
Bundan daha büyük tüm kuvvetleri yazdırın (kJ/mol nm)

-[hayır]tekrar (yok hayır)
İkili yeniden üretilebilirliği etkileyen optimizasyonlardan kaçınmaya çalışın

-cpt (15)
Kontrol noktası aralığı (dakika)

-[hayır]cpnum (yok hayır)
Kontrol noktası dosyalarını saklayın ve numaralandırın

-[hayır]ekle (Evet)
Eklemek yerine kontrol noktasından devam ederken önceki çıktı dosyalarına ekleyin
tüm dosya adlarına simülasyon parça numarası

-nsteps (-2)
Bu sayıda adımı çalıştırın, .mdp dosya seçeneğini geçersiz kılar (-1 sonsuz anlamına gelir, -2
mdp seçeneğini kullanın, daha küçük geçersizdir)

-maks (-1)
Bu sefer 0.99 defadan sonra sonlandır (saat)

-çok (0)
Paralel olarak birden çok simülasyon yapın

-repleks (0)
Bu süre ile periyodik olarak replika değişimi deneyin (adımlar)

-sonraki (0)
Her değişim aralığını gerçekleştirmek için rastgele değişim sayısı (N^3 birdir
öneri). -nex sıfır veya belirtilmemiş komşu replika değişimi verir.

-yeniden tohum (-1)
Kopya değişimi için tohum, -1 bir tohum üretir

onworks.net hizmetlerini kullanarak mdrun_mpi.mpich'i çevrimiçi kullanın