Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mhap komutudur.
Program:
ADI
mha - örtüşen olasılık dizisi
TANIM
Lütfen ayarlayın -s ya da -p seçenekler. Aşağıdaki seçeneklere bakın: MHAP: MinHash Hizalama Protokolü.
Uzun okuma dizilerinin (PacBio veya Nanopore gibi) çakışmalarını bulmak için bir araç
biyoinformatik.
Sürüm: 1.6, Oluşturma zamanı: 09 12:2015 Kullanım 11 (doğrudan yürütme): java
sunucu -Xmx -kavanoz -s[-Q
dosya>] [-f ] Kullanım 2 (önceden hesaplanmış oluştur
ikili dosyalar): java sunucu -Xmx -kavanoz -p
-q [-F ]
-- hizalama, varsayılan = yanlış
Deneysel seçenek.
-- hizalama ofseti, varsayılan = -0.535
Hizalama eşleşmesi puanındaki farklılığı hesaba katacak dengeleme.
-- hizalama puanı, varsayılan = 1.0E-6
Hizalama eşleşmeleri için kesme puanı.
--filtre eşiği, varsayılan = 1.0E-5
[double], k-mer filtre dosyasındaki k-mer'in dikkate alındığı kesme noktası
tekrarlayan. Belirli bir k-mer için bu değer ikinci sütunda belirtilmiştir.
filtre dosyası. Filtre dosyası sağlanmazsa bu seçenek dikkate alınmaz.
--yardım et, varsayılan = yanlış
Yardım menüsünü görüntüler.
--max-shift, varsayılan = 0.2
[double], türetildiği şekliyle tahmini örtüşmenin solunda ve sağındaki bölge boyutu
k-mer eşleşmelerinin hala olduğu medyan kayma ve dizi uzunluğundan
geçerli sayılır. Yalnızca ikinci aşama filtre.
--min-mağaza-uzunluğu, varsayılan = 0
[int], Kutuda saklanan okumanın minimum uzunluğu. Filtrelemek için kullanılır
FASTA dosyasından kısa okumalar.
--nanopore-hızlı, varsayılan = yanlış
Nanopore hızlı ayarları için tüm parametreleri ayarlayın. Bu şu andaki en iyisi
rehberlik eder ve herhangi bir zamanda uyarı yapılmaksızın değiştirilebilir.
--hayır-öz, varsayılan = yanlış
Bir kutu içindeki diziler arasındaki örtüşmeleri hesaplamayın. Ne zaman kullanılmalıdır?
gidiş ve dönüş dizileri farklı dosyalardan geliyor.
--num-karma sayısı, varsayılan = 512
[int], MinHashing'de kullanılacak min-mer sayısı.
--num-min-eşleşmeler, varsayılan = 3
[int], ikinci aşama filtreyi hesaplamadan önce paylaşılması gereken minimum # dk-mer.
Bu değerin altındaki herhangi bir dizi, örtüşmeyen olarak kabul edilir.
--num-threads, varsayılan = 12
[int], hesaplama için kullanılacak iş parçacığı sayısı. Genellikle 2 x #cores'a ayarlanır.
--pacbio-hızlı, varsayılan = yanlış
PacBio hızlı ayarı için tüm parametreleri ayarlayın. Bu şu andaki en iyisi
rehberlik eder ve herhangi bir zamanda uyarı yapılmaksızın değiştirilebilir.
--pacbio'ya duyarlı, varsayılan = yanlış
PacBio hassas ayarları için tüm parametreleri ayarlayın. Bu şu andaki en iyisi
rehberlik eder ve herhangi bir zamanda uyarı yapılmaksızın değiştirilebilir.
--mağaza-tam kimlik, varsayılan = yanlış
Yalnızca diziyi saklamak yerine tam kimlikleri FASTA dosyasında görüldüğü gibi saklayın
dosyadaki konumu. Bazı FASTA dosyalarının uzun kimlikleri vardır ve bu da sonuçların çıktısını yavaşlatır.
Sıkıştırılmış dosya formatı kullanıldığında bu seçenekler göz ardı edilir.
--eşik, varsayılan = 0.04
[çift], ikinci aşama sıralama-birleştirme için eşik benzerlik puanı kesme noktası
filtre. Bu, örtüşen konumlarda eşleşen k-merlerin ortalama sayısına dayanmaktadır.
bölgesi.
--versiyon, varsayılan = yanlış
Sürümü ve derleme süresini görüntüler.
--ağırlıklı, varsayılan = yanlış
Ağırlıklı MinHashing gerçekleştirin.
-f, varsayılan = ""
Oldukça tekrarlanan k-merleri filtrelemek için kullanılan k-mer filtre dosyası. Sıralanmalı
azalan sıklık sırasına göre (ikinci sütun).
-h, varsayılan = yanlış
Yardım menüsünü görüntüler.
-k, varsayılan = 16
[int], MinHashing için kullanılan k-mer boyutu. İkinci aşama filtre için k-mer boyutu:
ayrıdır ve değiştirilemez.
-p, varsayılan = ""
Yalnızca kullanım 2. Dönüştürülmesi gereken FASTA dosyalarını içeren dizin
Depolama için ikili format.
-q, varsayılan = ""
Kullanım 1: Karşılaştırılacak FASTA okuma dosyası veya dosya dizini
kutudaki okuma seti (bkz. -s). Kullanım 2: İkili dosyanın çıktı dizini
biçimlendirilmiş dat dosyaları.
-s, varsayılan = ""
Yalnızca kullanım 1. Okumaların FASTA veya ikili veri dosyası (bkz. Kullanım 2)
bir kutuda saklanır ve sonraki tüm okumalar karşılaştırılacaktır.
Onworks.net hizmetlerini kullanarak mhap'ı çevrimiçi kullanın
