Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen micro_razers komutudur.
Program:
ADI
micro_razers
SİNOPSİS
micro_razers [SEÇENEKLER]
TANIM
MicroRazerS, muhtemelen küçük RNA okumalarını eşlemek için önek tabanlı bir eşleme stratejisi kullanır.
3' adaptör dizisi içeren.
(c) Telif Hakkı 2009 Anne-Katrin Emde'ye aittir.
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını görüntüler.
--versiyon
Sürüm bilgilerini görüntüleme
Ana Seçenekler::
-o, --çıktı DOSYA
Çıktı dosya adını değiştirin. Varsayılan: .sonuç.
-rr, --tanıma oranı NUM
yüzde tanıma oranını [80..100] aralığında ayarlayın. Varsayılan: 100.
-SH, --tohum uzunluğu NUM
tohum uzunluğu [10..inf] aralığında. Varsayılan: 16.
-sE, --seed-hata
tohumda bir hataya izin ver
-f, --ileri
map sadece satırları iletmek için okur.
-r, --ters
map sadece dizileri ters çevirmek için okur.
-mN, --match-N
'N' diğer tüm karakterlerle eşleşir
-m, --max-isabet NUM
[1..inf] aralığındaki en iyi isabetlerin yalnızca NUM'unu çıkar. Varsayılan: 100.
-pa, --temizlik-belirsiz
maksimum isabetten daha fazla en iyi eşleşmeyle okumaları temizle
-lm, --düşük bellek
çalışma zamanı pahasına bellek kullanımını azaltın
-v, --ayrıntılı
ayrıntılı mod
-vv, --vverbose
çok ayrıntılı mod
Çıktı Biçimi Seçenekleri::
-nın-nin, --çıkış formatı NUM
Çıktı biçimini ayarlayın. 0 = MicroRazerS formatı, 1 = SAM. [0..1] aralığında.
-a, -- hizalama
her maç için hizalamayı boşalt
-gn, --genom adlandırma NUM
Genomların nasıl adlandırılacağını seçin. 0 = Fasta kimliğini kullan, 1 = 1 ile başlayan numaralandır.
aralık [0..1]. Varsayılan: 0.
-rn, --okuma-adlandırma NUM
Okumaların nasıl adlandırılacağını seçin. 0 = Fasta kimliğini kullan, 1 = 1 ile başlayan numaralandır.
aralık [0..1]. Varsayılan: 0.
-yani, --sıralama düzeni NUM
Eşleşmelerin nasıl sıralanacağını seçin. 0 = okuma sayısı, 1 = genom pozisyonu. aralıkta
[0..1]. Varsayılan: 0.
-pf, --pozisyon-format NUM
Başlangıç/bitiş konumu numaralandırmasını seçin (aşağıdaki Koordinat bölümüne bakın). 0 = boşluk alanı,
1 = pozisyon uzayı. [0..1] aralığında. Varsayılan: 0.
VERSION
micro_razers sürümü: 1.0.1 Son güncelleme Temmuz 2009
onworks.net hizmetlerini kullanarak micro_razers'ı çevrimiçi kullanın
