mincresample - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mincresample - bir minc dosyasını yeni uzamsal boyutlar boyunca yeniden örnekler

SİNOPSİS

küçük örnek [ ]

TANIM

küçük örnek yeni voksel ile yeni uzamsal boyutlar boyunca bir minc dosyasını yeniden örnekleyecektir
pozisyonlar. Girdi dosyasındaki her birim (uzaysal boyutlar xspace, yspace tarafından verilir)
ve zspace) komut satırı seçeneklerine göre yeniden örneklenir. Mekansal olmayan boyutlar
orijinal düzeninde korunur, ancak mekansal boyutlar vermek için yeniden düzenlenebilir
enine, sagital veya koronal görüntüler. Yeni voksel değerleri tri- kullanılarak hesaplanır.
doğrusal, üç kübik veya en yakın komşu enterpolasyonu.

DÜNYA KOORDİNATLAR

Dünya koordinatları, bazı fiziksel kökenlere göre milimetrik koordinatlara atıfta bulunur.
(tarayıcı veya bazı anatomik yapı). Voksel koordinatları basitçe
belirli bir vokselin görüntü hacmine endeksler. Uygun belirtmek için
yeniden örnekleme seçenekleri için MINC koordinat dönüşümlerinin nasıl çalıştığını anlamak gerekir.

Bir MINC görüntü hacminin her boyutu adla belirtilir - uzamsal boyutlar
xspace, yspace ve zspace. Kural, pozitif xspace koordinatlarının
hastanın sol tarafından sağa, pozitif yspace koordinatları hastanın posteriorundan çalışır
öne ve pozitif zspace koordinatları aşağıdan yukarıya doğru ilerler. her biri için
bu uzamsal boyutlar, dünya koordinat dönüşümü bir çift ile belirtilir.
nitelikler: adım ve başlangıç. xspace dünya koordinatı, örneğin x kullanılarak hesaplanır
= v*adım + başlangıç, burada x x dünya koordinatıdır ve v voksel sayısıdır (başlangıçta
sıfır). Böylece step niteliğinin büyüklüğü, vokseller ve vokseller arasındaki mesafeyi belirtir.
step niteliğinin işareti, eksenin yönünü belirtir.

Bir başka bükülme daha var: MINC dosyalarının ortogonal olmayan eksenlere sahip olmasına izin verilir.
boyutlar, adlandırılmış eksenle tam olarak hizalanmamış. Direction_cosine olabilir
eksenin gerçek yönünü veren nitelik. Örneğin, normalde xspace
boyut, dünya x ekseni ile aynı hizada olmalıdır, yani. yön kosinüs = (1,0,0); Yine de,
(0.9, 0.43589, 0) bir yön kosinüsüne sahip olmak mümkündür.

Bu nitelikler (adım, başlangıç ​​ve yön_kosinüsleri) vokselden bir dönüşüm sağlar
koordinatlar dünya koordinatlarına. boyunca bir dizi eleman veya numune ile birleştirilmiş
eksen, çıktı örneklemesinin nerede olması gerektiğine dair tam bir açıklama sağlarlar.
Bununla birlikte, verileri yeniden örneklediğimiz zaman, sıklıkla dünyanın değişmesiyle ilgileniriz.
koordinatlar: MRI tarayıcısının koordinat sisteminden PET tarayıcısının koordinat sistemine,
örneğin, veya kendi edinme alanındaki bir hacimden standartlaştırılmış bir koordinattaki koordinatlara
Uzay. Dünya koordinatlarındaki bu değişiklik, bir
dönüştürme (.xfm) dosyası. Bu nedenle, genel olarak, yeniden örnekleme üç
dönüşümler: girdi dosyasının voksel koordinatlarından dünya koordinatlarına
(giriş dosyası tarafından belirtilir), girdi dünyası koordinatlarından çıktı dünyasına
koordinatlar (dönüşüm dosyası tarafından belirtilir) ve çıktı dosyasının dünyasından
voksel koordinatlarına göre koordinatlar (komut satırı seçenekleriyle belirtilir).

Genel olarak, yön kosinüsleri nadiren kullanılır - eksen yeniden yönlendirmesi bir
dünya koordinatlarının değişimi (dönüşüm dosyası). Ayrıca, yeniden örnekleme pozisyonları
(çıktı dünyasından voksele dönüştürme) genellikle bir model dosyasına (örn.
bu dosyayı, o dosyaya benzeyecek şekilde yeniden örnekleyin). için birçok seçenek olmasına rağmen
dönüşümün tam belirtimi, genellikle daha fazlasını belirtmeye gerek yoktur
birkaç tanesinden daha.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin kısaltılmış biçimde (benzersiz oldukları sürece) belirtilebileceğini ve
komut satırında herhangi bir yerde verilebilir.

genel seçenekleri

-2 MINC 2.0 formatında çıktı dosyaları oluşturun.

-kaba
Mevcut bir dosyanın üzerine yazın.

-noklobber
Mevcut bir dosyanın üzerine yazmayın (varsayılan).

-ayrıntılı
Hesaplanan her dilim için ilerleme bilgilerini yazdırın (varsayılan).

-sessiz İlerleme bilgilerini yazdırmayın.

yeniden örnekleme şartname

Çıktı örneklemesini veren seçenekler (aşağıdakilerin tümü -dönüşüm)
komut satırında göründükleri sırayla ayrıştırılır. Böylece bir komut ile -Gibi
dosya.mnc -zneler 34 -z adım 2 dosyada böyle bir örnekleme verecek dosya.mnc fakat
boyunca 34 mm'de 2 numune ile z alanı eksen. Varsayılan örnekleme,
girdi dosyası, herhangi bir dönüşüme göre dönüştürülür.

-dönüşüm dosya.xfm
Dünya koordinat dönüşümünü veren bir dosya belirtin (varsayılan
dönüşüm).

-invert_dönüşüm
Kullanmadan önce dönüşümü ters çevirin.

-noinvert_transformation
Dönüşümü tersine çevirmeyin (varsayılan).

-tfm_input_örnekleme
Girdi örneklemesini dönüştürün (belirtilen dönüşümü kullanarak -dönüşüm)
verilerle birlikte kullanın ve bunu varsayılan örnekleme (varsayılan) olarak kullanın.

-use_input_örnekleme
Giriş örneklemesini olduğu gibi varsayılan örnekleme olarak kullanın, dönüştürme olmadan, hatta
veriler dönüştürülse de (eski davranış).

-Gibi dosya.mnc
Çıktı dünyasını voksel dönüşümüne ve sayısına veren bir model dosyası belirtin
(yani, bu dosyayı şuna benzeyecek şekilde dönüştürün).

-standart_örnekleme
Örneklemeyi standart değerlere ayarlayın (başlangıç ​​= 0, adım = 1, yön kosinüs noktası
uygun eksenler boyunca).

-uzay tipi dizi
Çıktı alanının adını ayarlayın (genellikle yerli____ or talairach_).

-talairach
Çıktı alanının adını talairach_ olarak ayarlayın.

-Birimler dizi
Çıktı alanının birimlerini ayarlayın.

-Menşei ox oy oz
İlk vokselin koordinatını belirtin. Bu başlangıç ​​değeriyle aynı değil
yön kosinüsleri standart değilse. Ayrıca, başlangıç ​​sadece bir
orijinin eksene dik izdüşümü, paralel izdüşümdür
(çok boyutlu paralelkenar izdüşümünde olduğu gibi). Dönüşüm işlenir
bu seçenekle doğru şekilde

-nelementler nx ny nz
Dünya boyutlarının her biri boyunca öğelerin sayısı.

-xnelementler nx
xspace boyutu boyunca öğelerin sayısı.

-yelementler ny
yspace boyutu boyunca öğelerin sayısı.

-zneler nz
zspace boyutu boyunca öğelerin sayısı.

-adımlı x adım adım adım
Dünya boyutlarının her biri boyunca vokseller arasında adım atın.

-x adım x adım
xspace boyutu boyunca vokseller arasında adım atın.

-y adım adım
yspace boyutu boyunca vokseller arasında adım atın.

-z adım adım
zspace boyutu boyunca vokseller arasında adım atın.

-başla xbaşlangıç başla zbaşlangıç
Dünya boyutlarının her biri boyunca birinci voksel merkezinin konumu.

-xstart xbaşlangıç
xspace boyutu boyunca birinci voksel merkezinin konumu.

-ystart başla
yspace boyutu boyunca birinci voksel merkezinin konumu.

-zbaşlangıç zbaşlangıç
zspace boyutu boyunca birinci voksel merkezinin konumu.

-dircolar x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Dünya eksenlerinin her biri için yön kosinüsleri.

-xdircos x1 x2 x3
xspace boyutu için yön kosinüsleri.

-ydircos y1 y2 y3
yspace boyutu için yön kosinüsleri.

-zdircos z1 z2 z3
zspace boyutu için yön kosinüsleri.

Boyut sipariş

Varsayılan, orijinal boyut sırasını korumaktır.

-enine
Enine dilimleri yazın.

-sagital
Sagital dilimleri yazın.

-koronal
Koronal dilimleri yazın.

Çıktı veri tip ve menzil

Tür, işaret ve geçerli aralık için varsayılan giriş dosyasındakileri kullanmaktır. tür ise
belirtilirse, o tür için hem işaret hem de geçerli aralık varsayılana ayarlanır. işareti ise
belirtilirse, geçerli aralık, tür ve işaret için varsayılana ayarlanır.

-bayt Çıkış voksellerini 8 bit tamsayı formatında saklayın.

-kısa Çıkış voksellerini 16 bit tamsayı formatında saklayın.

-t Çıkış voksellerini 32 bit tamsayı formatında saklayın.

-uzun Yerini alan -t.

yüzer Çıkış voksellerini 32 bit kayan nokta biçiminde saklayın.

-çift
Çıkış voksellerini 64 bit kayan nokta biçiminde saklayın.

-imzalı
Değerleri işaretli tamsayılar olarak yazın (kısa ve uzun için varsayılan). için yoksayıldı
kayan nokta türleri.

-imzasız
Değerleri işaretsiz tamsayılar olarak yazın (bayt için varsayılan). Yüzen için yoksayıldı
nokta türleri.

-Aralık dk maksimum
geçerli çıkış voksel değerleri aralığını belirtir. Varsayılan, tam aralıktır.
yazın ve imzalayın. Bu seçenek, kayan nokta değerleri için yoksayılır.

-gerçek_aralığı koru
Giriş hacminden gerçek minimum ve maksimumu koruyun, böylece değerler
çıktıda aynı şekilde ölçeklenir. Bu özellikle etiketi yeniden örneklemek için kullanışlıdır
enterpolasyonlu yoğunluk değerlerinin anlamlı olmadığı hacimler.

-nokeep_real_range
Her çıktı dilimi için gerçek minimum ve maksimumu yeniden hesaplayın. Bu varsayılandır.

kullanma of tanımlanmamış (geçersiz) voksel değerlerimiz

-doldurmak Giriş hacminin dışında kalan çıkış vokselleri tanımsız değerlere sahiptir. Ne zaman
-doldurmak seçeneği kullanılırsa, bu voksellere geçerli olanın dışında bir değer verilir.
aralık (tür, işaret ve geçerli aralık izin veriyorsa, geçerli minimumdan daha az) yani
diğer yazılımlar tarafından algılanabilecekleri anlamına gelir. Bu voksellerin değerleri
Dahil görüntü-maks ve görüntü-min değişkenler.

-Dolu değil
Girişin dışındaki noktalar için gerçek/fiziksel bir değer (voksel değeri değil) kullanın
Ses. Bu noktalar hesaplamaya dahil edilir. görüntü-maks ve görüntü-min
değişkenler. Bu varsayılandır.

-dolgu değeri dolgu değeri
Girişin dışındaki noktalar için gerçek/fiziksel bir değer (voksel değeri değil) belirtir
Ses. Puanlar hesaplamaya dahil edilmez. görüntü-maks ve görüntü
dk değişkenler.

interpolasyon seçenekleri

-üç çizgili
Vokseller arasında üç doğrusal enterpolasyon yapın. Hacmin kenarları,
bir boyutun ilk ve son voksellerinin merkezi. Bu varsayılandır.

-trikubik
Vokseller arasında üç kübik enterpolasyon yapın. Hacmin kenarları,
bir boyutun ilk ve son voksellerinin merkezi.

-en yakın_komşu
Vokseller arasında en yakın komşu enterpolasyonu yapın (örn.
nokta ve değerini kullanın). Birimin kenarları birincinin kenarındadır.
ve bir boyutun son vokselleri (merkez +/- yarım voksel ayrımı).

-gün Thacker tarafından açıklandığı gibi, vokseller arasında yeniden normalleştirilmiş pencereli-sinc enterpolasyonu yapın
ve diğerleri JMRI 10:582-588 (1999).

-Genişlik n
1 ile XNUMX aralığında, sinc enterpolasyon çekirdeğinin yarı genişliğini belirtir.
10. Tam sinc çekirdek genişliği n * 2+1 ve dolayısıyla 3 ile 21 arasında değişmektedir.
Varsayılan değer 5'tir ve tam genişlik 11'dir.

-hanning
Sinc enterpolantı ile bir Hanning penceresi kullanın. Bu varsayılandır.

-dövme
Sinc interpolantı ile bir Hamming penceresi kullanın.

genel seçenekleri

-Yardım Komut satırı seçeneklerinin özetini yazdırın ve çıkın.

-version
Programın sürüm numarasını yazdırın ve çıkın.

ÖRNEKLER

Standart bir örnekleme ızgarasında standart bir alanda bir bireyin beynini yeniden örnekleyin:

mincresample birey.mnc in_std_space.mnc \
-transform_to_standard_space.xfm \
-standart_örnekleme.mnc gibi

Bir MRI hacmini, PET hacmiyle, ancak daha iyi çözünürlükle eşleştirilecek şekilde yeniden örnekleyin:

küçük örnek mri.mnc mri_resampled.mnc \
-mri_to_pet.xfm'yi dönüştürün -pet.mnc gibi \
-adım 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-nelementler 256 256 64

Enine bir hacmi sagital bir hacme dönüştürün:

mincresample enine.mnc sagittal.mnc \
-sagital -en yakın

256x256x64 (1x1x2mm) çapraz hacmi 256x128x256 (1x1x1mm) sagital hacme çevirin:

mincresample enine.mnc sagital.mnc -sagittal \
-zadım 1 -znelem 128

PET hacminde daha ince bir eksenel örnekleme elde edin:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -znelementler 46

onworks.net hizmetlerini kullanarak mincresample'ı çevrimiçi kullanın