mincreshape - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mincreshape - minc dosyasından bir hiperslab'ı keser (boyutların yeniden düzenlenmesiyle)

SİNOPSİS

küçük şekil [ ] .mnc .mnc

TANIM

Mincreshape'in asıl iş, bir minc dosyasından bir hiperslab'ı kesmek ve onu yeni bir yere koymaktır.
Minc dosyası. "Hiper levha nedir?" diye soruyorsunuz. Bu sadece belirtilen çok boyutlu bir kutudur
bir başlangıç ​​indeksi (voksel koordinatını veren bir vektör) ve bir sayım vektörü (bir dizi
her eksen boyunca vokseller). Bir hacmin tek bir dilimi bir hiperslab'dır (1 sayısıyla)
dilim yönünde), büyük bir hacimden çıkarılan küçük bir blok bir hiperslab'dır, bir
çok ekolu MRI veri kümesindeki tek eko hacmi bir hiperslab'dır, bir zaman noktasının dışındadır.
dinamik edinim bir hiperslab'dır - fikri anladınız. Kontrol et -başla, -Miktar ve
-karartma aralığı Bunun nasıl yapılacağı hakkında daha fazla ayrıntı için seçeneklere bakın (ve örneklere bakın!). Eğer sen
bir boyut boyunca yalnızca bir noktayı dışarı çekiyorsanız, bunu yapma seçeneğiniz vardır.
boyut kayboluyor, bu yüzden küçük şekil boyutluluğunu azaltma yeteneği verir.
bir minc dosyası. Ayrıca, yalnızca içinde olan bir hiperslab belirtmekle sınırlı değilsiniz.
giriş dosyasında, giriş dosyasındaki boyutların sınırlarının ötesine genişletebilirsiniz ve
ayrıca verileri bir boyuta göre çevirecek bir sayım da verebilirsiniz.

Bütün bunlar yetmezmiş gibi, küçük şekil boyutları yeniden sıralama yeteneğine sahiptir. En çok
bariz durum, enine bir görüntüyü koronal görüntüye dönüştürmektir. Ama bir yazabilirsin
Boyutların isteğe bağlı bir sırasını almak için boyut adlarının listesi.

Daha fazla istiyorsun!?! Tamam tamam. Mincreshape minc kütüphanesinin tüm ICV işlemlerini yapar
komut satırında mevcuttur. Tanımlanmış şeylerden hoşlananlar için ICV bir görüntüdür
temel olarak size şunu söylemenizi sağlayan dönüşüm değişkeni (bana neden öyle dediğimi sormayın)
neye benzeyeceğini gösteren veriler. Başka bir deyişle, sizin için bir sürü dönüşüm gerçekleştirir.
Bu dönüşümler, voksel değerlerinin tipini, aralığını ve normalizasyonunu değiştirmeyi içerir.
belirli bir değer vermek üzere görüntülerin genişletilmesi veya daraltılması (voksel çoğaltma veya ortalama alma yoluyla)
görüntü boyutu ve vektör görüntüleri skalere dönüştürme.

Kafanız karışmasın diye burada açıkça söyleyeyim: küçük şekil hepsini yapar
Önce ICV dönüşümleri, ardından hiperslab ve boyut yeniden sıralama işlemleri uygulanır.
bunun sonucu. Yani bunları bir arada karıştırmak istiyorsanız (gibi -imgsize, -başla, -Miktar),
önce bunu kafanızda netleştirin.

Tamam, yerinize oturun: İşte seçeneklerin listesi.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin kısaltılmış biçimde (benzersiz oldukları sürece) belirtilebileceğini ve
komut satırında herhangi bir yerde verilebilir.

genel seçenekleri

-2 MINC 2.0 formatında çıktı dosyaları oluşturun.

-kaba
Mevcut bir dosyanın üzerine yazın.

-noklobber
Mevcut bir dosyanın üzerine yazmayın (varsayılan).

-ayrıntılı
Kopyalanan her veri parçası için ilerleme bilgisini yazdırın (varsayılan). Bir yığın
çoğunlukla boyutları yeniden sipariş edip etmemenize bağlı olarak boyut olarak değişir ve
dahili arabelleğin ne kadar büyük olmasına izin verilir.

-sessiz İlerleme bilgilerini yazdırmayın.

-max_chunk_size_in_kb boyut
Kopya arabelleğinin maksimum boyutunu belirtin (kbayt cinsinden). Varsayılan 4096 kbayttır
(4meg).

Resim Dönüştürme seçenekleri (piksel tip ve Aralık):

Tür, işaret ve geçerli aralık için varsayılan giriş dosyasındakileri kullanmaktır. tür ise
belirtilirse, o tür için hem işaret hem de geçerli aralık varsayılana ayarlanır. işareti ise
belirtilirse, geçerli aralık, tür ve işaret için varsayılana ayarlanır.

-dosya tipi
Herhangi bir tür dönüştürme yapmayın (varsayılan).

-bayt Çıkış voksellerini 8 bit tamsayı formatında saklayın.

-kısa Çıkış voksellerini 16 bit tamsayı formatında saklayın.

-t Çıkış voksellerini 32 bit tamsayı formatında saklayın.

-uzun Yerini alan -t.

yüzer Çıkış voksellerini 32 bit kayan nokta biçiminde saklayın.

-çift
Çıkış voksellerini 64 bit kayan nokta biçiminde saklayın.

-imzalı
Değerleri işaretli tamsayılar olarak yazın (kısa ve uzun için varsayılan). için yoksayıldı
kayan nokta türleri.

-imzasız
Değerleri işaretsiz tamsayılar olarak yazın (bayt için varsayılan). Yüzen için yoksayıldı
nokta türleri.

-geçerli_aralık dk maksimum
tamsayı gösterimlerinde geçerli çıkış voksel değerleri aralığını belirtir.
Varsayılan, tür ve işaret için tam aralıktır. Bu seçenek için yoksayılır
kayan nokta değerleri.

-image_aralığı dk maksimum
Görüntüleri belirli bir minimum ve maksimum gerçek değere (voksel değerine değil) göre normalleştirin.

-normalleştirmek
Tüm girdi dosyası için görüntüleri gerçek minimum ve maksimum değerlere normalleştirin.

-normalleştirme
Görüntüleri normalleştirmeyin (varsayılan).

-nopixfill
Giriş dosyasındaki aralık dışı değerleri dönüştürmeyin, yalnızca kopyalayın.

-pixfill
Giriş dosyasındaki aralık dışı değerleri mümkün olan en küçük değerle (varsayılan) değiştirin.

-pixfillvalue değer
Giriş dosyasındaki aralık dışı değerleri değiştirmek için yeni bir piksel değeri belirtin.

Resim Dönüştürme seçenekleri (boyut yön ve boyut):

-skaler
Vektör görsellerini skaler görsellere dönüştürün (vektör görseli, vektör_boyut
en hızlı değişen boyut olarak). Vektör boyutu kaldırılır ve değerler
ortalama.

-noskalar
Vektör görsellerini skaler görsellere dönüştürmeyin (varsayılan).

+yön
Uzamsal eksenlere pozitif adım değeri vermek için görüntüleri çevirin. Çevirme işlemine dikkat edin
Uzamsal eksenlerin seçimi yalnızca "görüntü boyutları" için geçerlidir. Bunlar en hızlı ikisi
dosyada değişen (vektörel olmayan) boyutlar. Görüntü olmayan bir şeyi çevirmek istiyorsanız
boyutunu kullanarak bunu bir görüntü boyutuna dönüştürebilirsiniz. -küçültme kısa isim= -1 (
-1, boyutu gerçekten değiştirmeyin anlamına gelir). Örneklere göz atın.

-yön
Uzamsal eksenlere negatif adım değeri vermek için görüntüleri çevirin.

-herhangi bir yön
Görüntüleri uzaysal eksenler boyunca çevirmeyin (varsayılan).

+xyön
Pozitif xspace:step değeri (soldan sağa) vermek için görüntüleri çevirin.

-xyön
Negatif xspace:step değeri (sağdan sola) vermek için görüntüleri çevirin.

-xanydireksiyon
Görüntüleri x ekseni boyunca çevirmeyin.

+yön
Pozitif yspace:step değeri (arkadan öne) vermek için görüntüleri çevirin.

-yön
Negatif yspace:step değeri (önden arkaya) vermek için görüntüleri çevirin.

-yandireksiyon
Görüntüleri y ekseni boyunca çevirmeyin.

+zyön
Pozitif zspace:step değeri (düşükten üstüne) vermek için görüntüleri çevirin.

-zyön
Negatif zspace:step değeri (üstün-düşük) vermek için görüntüleri çevirin.

-zanydiyön
Görüntüleri z ekseni boyunca çevirmeyin.

-keepaspect
Görüntüleri yeniden boyutlandırırken en boy oranını koruyun. Bu, voksellerin kopyalandığı anlamına gelir
Her görüntü boyutu boyunca aynı sayıda (veya ortalaması alınır).

-gözlemsiz
Görüntüleri yeniden boyutlandırırken en boy oranının korunmasını zorlamayın (varsayılan).

-imgsize boyut
İstediğiniz görüntü boyutunu belirtin (eğer kullanılırsa) -satır boyutu or -colsize verilmedi).

-satır boyutu boyut
Görüntüde istediğiniz satır sayısını belirtin.

-colsize boyut
Görüntüde istediğiniz sütun sayısını belirtin.

-küçültme boyut=boyut
Adlandırılmış bir boyutun boyutunu belirtin (boyut=boyut). Yalnızca yeniden boyutlandırmanın
"görüntü boyutları" için geçerlidir - genellikle en hızlı değişen (vektörel olmayan) iki boyut
boyutlar. Boyutu yeniden boyutlandırmak için, en hızlı değişen boyutların tümü
adlandırılmış boyut görüntü boyutlarına dönüştürülür ve bunlar daha sonra şunlardan etkilenir:
yön seçenekleri. Boyut adı ve boyutu tek bir komut satırında olmalıdır
argümanı kullanırsanız (bunda sorun yoktur), bunları gizlemek için tırnak işaretleri kullanmayı unutmayın
kabuğundan.

yeniden şekillendirme seçenekleri:

-enine
Enine dilimleri yazın.

-sagital
Sagital dilimleri yazın.

-koronal
Koronal dilimleri yazın.

-düzenli dim1,dim2,dim3, ...
Boyut sırasını belirtin; loş mu? boyutların adlarıdır. Verebilirsin
dosyada mevcut olandan daha az boyut: bunların en hızlı değişen boyutlar olduğu varsayılır
çıktı dosyasındaki boyutlar (yani -enine tam olarak eşdeğerdir -düzenli
zspace,yspace,xspace). Yine adlar arasında boşluklara izin verilir, ancak şunu unutmayın:
tırnak işaretleriyle bunları kabuktan gizleyin.

-karartma aralığı sönük=başlama[,saymak]
Boyut için boyut aboneliği aralığını belirtin sönük. Eğer saymak eksik veya
0 ise 1 anlamına gelir, ancak boyutu çıktı dosyasından kaldırın (bir
1 sayısı, boyut 1'in boyutunu koruyacaktır). Olumsuz saymak verileri çevirmek anlamına gelir
bu boyut boyunca - bu durumda başlama en yüksek voksel koordinatını belirtir
boyut için (-karartma aralığı xspace=3,-3 ters çevrilmiş bir versiyonunu verir
-karartma aralığı xspace=1,3). Seçenekler -başla ve -Miktar alternatif bir yol sağlamak
aynı bilgileri belirtin.

-başla koordinat0,koordinat1,koordinat2, ...

Hiperslab'ın başlangıç ​​köşesini belirtir (koordinatlar en yavaş değişenden başlayarak değişir)
en hızlı boyut). Boyutlardan daha az koordinat verilmişse
dosyasında, bunların en yavaş değişen boyutlara uygulanacağı varsayılır ve
kalan koordinatlar 0 olarak ayarlanmıştır. Bkz. -karartma aralığı daha fazla ayrıntı için. İkisi birden -başla ve
-Miktar görüntüden sonra giriş dosyası boyutlarına karşılık gelen vektörleri verin
dönüştürme (ICV) seçenekleri uygulandı.

-Miktar size0,size1,size2, ...
Okunacak hiperslab'ın kenar uzunluklarını belirtir (koordinatlar en yavaş değişenden başlayarak değişir)
en hızlı boyut). Dosyada mevcut boyutlardan daha az boyut verilmişse,
daha sonra bunların en yavaş değişen boyutlara ve geri kalan boyutlara uygulanacağı varsayılır.
boyutlar, boyutun tam boyutuna ayarlanır. Görmek -karartma aralığı daha fazla ayrıntı için.
Her ikisi de -başla ve -Miktar sonra giriş dosyası boyutlarına karşılık gelen vektörleri verin
görüntü dönüştürme (ICV) seçenekleri uygulandı.

Eksik veri seçenekleri:

-Dolu değil
Giriş hacminin dışındaki noktalar için sıfır değerini kullanın (varsayılan).

-doldurmak Giriş hacminin dışındaki noktalar için bir doldurma değeri kullanın (mümkün olan minimum değer).

-dolgu değeri değer
Giriş hacminin dışındaki noktalar için bir dolgu değeri belirtin (bu gerçek bir değerdir,
bir piksel değeri değil).

genel seçenekleri için herşey komutları:

-Yardım Komut satırı seçeneklerinin özetini yazdırın ve çıkın.

-version
Programın sürüm numarasını yazdırın ve çıkın.

ÖRNEKLER:

zspace, yspace, xspace boyutlarında bir hacmimiz olduğunu varsayalım (bu eninedir)
ve boyutları 128, 256, 256. Eğer 40. dilimi çıkarmak istiyorsak (koordinatını koruyarak)
zspace boyutu için bilgi), o zaman kullanabiliriz

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -dimrange zspace=40,1

Alternatif olarak şunu kullanabiliriz:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Ya da basitçe

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -start 40 -count 1

Eğer zspace boyutundan kurtulmak istiyorsak şunu kullanabiliriz:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -dimrange zspace=40,0

Ortadan bir blok çıkaralım ve onu xspace boyunca çevirelim:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc \
-40,10,240'ı başlat -1,200,-200'ü say

Ama neden kendinizi kısıtlayasınız ki? Hadi sınırların dışına çıkalım:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc \
-40'ı başlat,-100,340 -1,200,-200'ü say

Sajital bir hacim istiyorsanız şunu kullanın:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -sagittal

Bazı yan kafalara ne dersiniz - x ve y'yi çevirin. Ve yerden tasarruf etmek için bayta dönüştürün
işte buradayız:

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

Hacimleri x,y,z sırasına göre saklamayı seviyorsunuz (bu z'nin en hızlı değiştiği durumdur!
yap!)? Tamam aşkım.

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

Ama sen bir minimalistsin (ve şansını denemekten çekinme). İşte aynı şey (ama
başka bir dosya için bozulabilir):

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -dimorder zspace

Tüm boyutların negatif adım özelliğine sahip olduğundan emin olalım (bkz. +yön seçeneği
bazı ayrıntılar için):

mincreshape orijinal.mnc yeni.mnc -yön -dimsize zspace=-1

Onworks.net hizmetlerini kullanarak mincreshape'i çevrimiçi kullanın