prof - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

prof - ikincil yapı ve solvent erişilebilirlik tahmincisi

SİNOPSİS

profesyonel [GİRİŞ DOSYASI+] [SEÇENEKLER]

TANIM

İkincil yapı, beklenen bir sinir ağı derecelendirme sistemi tarafından tahmin edilir.
üç durumlu sarmal, sarmal ve döngü için ortalama doğruluk > %72 (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; ve Rost & Sander,
Proteinler, 1994, 19, 55-72; doğruluk değerlendirmesi). Aynı veri seti üzerinde değerlendirilen,
PROFsec, kullanılan yöntemlere göre yüzde on puan daha yüksek üç durumlu doğrulukla derecelendirilmiştir.
yalnızca tek sıra bilgisi ve yüzde altıdan fazla puanla,
örneğin, istatistiklere dayalı hizalama bilgilerini kullanan bir yöntem (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). PHDsec tahminlerinin üç ana özelliği vardır:

1. çoklu dizi hizalamalarından elde edilen evrimsel bilgiler aracılığıyla geliştirilmiş doğruluk
2. dengeli bir eğitim prosedürü aracılığıyla geliştirilmiş beta dizisi tahmini
3. Çok seviyeli bir sistem kullanarak ikincil yapı bölümlerinin daha doğru tahmini

Çözücü erişilebilirliği, bir korelasyondaki bir sinir ağı yöntemi derecelendirmesi ile tahmin edilir
katsayısı (deneysel olarak gözlemlenen ve tahmin edilen bağıl çözücü arasındaki korelasyon
0.54 küresel protein (Rost & Sander,
Proteinler, 1994, 20, 216-226; doğruluk değerlendirmesi). Sinir ağının çıktısı
10 göreli erişilebilirlik durumu için kodlar. Fark birimlerinde ifade edilir
homoloji modellemesi ile tahmin (en iyi yöntem) ile rastgele tahmin (en kötü) arasında
yöntemi), PROFacc, karşılaştırılabilir bir sinir ağından yaklaşık 26 puan üstündür.
üç çıkış durumu kullanarak (gömülü, ara, açıkta) ve hiçbir bilgi kullanmadan
çoklu hizalamalar

İntegral membran proteinlerindeki transmembran helisleri, bir sinir sistemi tarafından tahmin edilir.
ağlar. Ağ sisteminin eksikliği, genellikle çok uzun sarmalların olmasıdır.
tahmin edildi. Bunlar ampirik bir filtre tarafından kesilir. Nihai tahmin (Rost ve diğerleri,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; doğruluk değerlendirmesi) beklenen kalıntı başına
yaklaşık %95 doğruluk. Yanlış pozitiflerin sayısı, yani zar ötesi sarmallar
küresel proteinlerde tahmin edilen, yaklaşık %2'dir. sinir ağı tahmini
transmembran sarmallar (PHDhtm), dinamik programlama benzeri bir algoritma ile rafine edilmiştir. Bu
yöntem, 89'in% 131'u için tüm transmembran sarmalların doğru tahminleriyle sonuçlandı.
çapraz doğrulama testinde kullanılan proteinler; transmembran sarmalların %98'inden fazlası
doğru tahmin edilmiştir. Bu yöntemin çıktısı, topolojiyi, yani
N-teriminin zara göre oryantasyonu. Beklenen doğruluk
topoloji tahmini > %86. Tahmin doğruluğu, ökaryotik için ortalamanın üzerindedir
proteinler ve prokaryotlar için ortalamanın altında. PHDtopoloji hepsinden daha doğrudur
özdeş veri kümeleri üzerinde test edilen diğer yöntemler.

Çıktı dosyası seçeneği yoksa (örneğin --fileRdb or --fileOut) biçimlendirilmiş RDB verilir
çıktı yazılır ./INPUTFILENAME.prof 'prof' uzantısının yerini aldığı yerde
giriş dosyası. Uzantı olmaması durumunda, girdi dosyası adına '.prof' eklenir.

Çıktı biçim
RDB formatı kendi kendine açıklamalıdır, bkz. /paylaş/profphd/prof/exa.

REFERANSLAR

Rost, B. ve Sander, C. (1994a). Evrimsel bilgi ve sinir ağlarını birleştirerek
Protein ikincil yapısını tahmin eder. proteinler, 19(1), 55-72.
Rost, B. ve Sander, C. (1994b). Solvent erişilebilirliğinin korunması ve tahmini
protein aileleri. proteinler, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. ve Sander, C. (1995). transmembran sarmallar
%95 doğrulukla tahmin edilmiştir. Protein Bilimi, 4(3), 521-33.

SEÇENEKLER

Daha fazla yardım için her bir anahtar kelimeye bakın. Bunların çoğunun kırılması muhtemeldir.

alternatif bir bağlantı modeli (varsayılan=3)

3 tahmin sn + acc + htm

acc solvent erişilebilirliğini tahmin eder, yalnızca

hepsi 'insan tarafından okunabilir' PROF çıktı dosyalarına hizalama ekleyin

kemer
sistem mimarisi (örn: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ascii
'insan tarafından okunabilir' PROF çıktı dosyalarını yaz

en iyi
En iyi doğruluk ve en uzun çalışma süresi ile PROF

her ikisi de
ikincil yapıyı ve solvent erişilebilirliğini tahmin edin

veri
veri= HTML çıkışı için: tahminlerin yalnızca yazılan kısımları

ayıklamak
ara dosyaların çoğunu saklayın, hata ayıklama mesajlarını yazdırın

dirİş
çalışma dizini, varsayılan: File::Temp::tempdir'den geçici bir dizin. tamamen olmalı
nitelikli yol.

Çalıştığı biliniyor.

doEval
Liste için değerlendirme yapın (sadece bilinen yapılar ve listeler için)

doFilterHssp
giriş HSSP dosyasını filtreleyin (bazı çiftler hariç)

doHtmfil
Zar tahminini filtreleyin (varsayılan)

doHtmisit
YAPIN tahmin edilen membran sarmalının gücünü kontrol edin (varsayılan)

doHtmref
Zar tahminini hassaslaştırın (varsayılan)

doHtmtop
DO membran sarmal topolojisi (varsayılan)

dssp
PROF'i DSSP formatına dönüştürün

genişletmek
çıktıyı MSF formatına dönüştürürken eklemeleri genişlet

hızlı
En düşük doğruluk ve en yüksek hız ile PROF

dosya Casp
CASP formatında PROF çıkışının adı (file.caspProf)

dosyaDssp
DSSP formatında PROF çıktısının adı (file.dsspProf)

dosyaHtml
HTML formatında PROF çıktısının adı (file.htmlProf)

dosyaMsf
MSF formatında PROF çıktısının adı (file.msfProf)

dosyaNotHtm
zar sarmalının bulunmadığını işaretleyen dosyanın adı

dosyaÇıkış
RDB formatında PROF çıkışının adı (file.rdbProf)

Çalıştığı biliniyor.

dosyaProf
insan tarafından okunabilir formatta PROF çıktısının adı (file.prof)

Kırık.

dosyaRdb
RDB formatında PROF çıkışının adı (file.rdbProf)

Çalıştığı biliniyor.

dosyaSaf
SAF formatında PROF çıktısının adı (file.safProf)

filtre
giriş HSSP dosyasını filtreleyin (bazı çiftler hariç)

Tercih Etmenizin
İyi doğruluk ve orta hız ile PROF

grafik
'insan tarafından okunabilir' PROF çıktı dosyalarına ASCII grafiği ekleyin

htm kullanımı: 'htm= ' minimum transmembran sarmalını verir algılanan varsayılan 'htm=0'
(örn. htm=0.8) daha küçük sayılar daha fazla yanlış pozitif ve daha az yanlış negatif!

html argümanı
'hmtl' veya 'html= ' 'html' tahmininin HTML biçimini yaz sonuçlanacak
PROF çıktısının HTML'ye dönüştürülmesi 'html=body', HTML dosyasını
HTML_BODY etiket bölümü 'html=head', HTML dosyasını HTML_HEADER etiket bölümüyle kısıtlar
'html=all' hem HEADER hem de BODY verir

tutmakDönüşüm
giriş dosyasının HSSP formatına dönüştürülmesini koruyun

KeepFilter argümanı
<*|doKeepFilter=1> filtrelenmiş HSSP dosyasını sakla

KeepHssp argümanı
<*|doKeepHssp=1> ara HSSP dosyasını sakla

KeepNetDb argümanı
<*|doKeepNetDb=1> ara DbNet dosyalarını tut

liste argümanı
<*|isList=1> girdi dosyası, dosyaların listesidir

msf, PROF'i MSF formatına dönüştürür

güzel
işin güzel değerini (önceliğini) ayarlamak için 'güzel-D' verin

noProfHead
tablolar içeren dosyayı yerel dizine kopyalamayın

noArama
doSearchFile=0 için kısa, yani DB dosyaları aranmaz

noascii
ASCII (yani insan tarafından okunabilir) sonuç dosyalarını yazma

nohtml
HTML sonuç dosyalarının yazılmasını engelle

hayır
iş iyi olmayacak, yani daha düşük öncelikle çalıştırılmayacak

notEval
Bilinen yapılar olsa bile doğruluğu kontrol ETMEYİN

değilHtmfil
membran tahminini filtrelemeyin

değilHtmisit
membran sarmalının yeterince güçlü olup olmadığını KONTROL ETMEYİN

değilHtmref
membran tahminini hassaslaştırmayın

değilHtmtop
membran sarmal topolojisi YAPMAYIN

nresPerLineAli
MSF dosyası için kullanılan karakter sayısı. Varsayılan: 50.

sayılarMin
Ağı çalıştırmak için minimum kalıntı sayısı, aksi takdirde prd=symbolPrdShort. Varsayılan: 9.

optJüri
Jüriye doktora ekler. Varsayılan: `normal,usePHD'.

Diğer birçok parametre bunun için varsayılanı bir yan etki olarak değiştirir, liste
kapsamlı değil:

phd, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
sec+acc+htm için parametre dosyası. Varsayılan: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
acc için parametre dosyası. Varsayılan: ` /net/PROFacc_best.par'.

her ikisi de
sec+acc için parametre dosyası. Varsayılan: ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Saniye için parametre dosyası. Varsayılan: ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
PROFacc alt kümesi için minimum güvenilirlik indeksi (RI). Varsayılan: 4.

riSubSec
PROFsec alt kümesi için minimum güvenilirlik indeksi (RI). Varsayılan: 5.

riSubSym
RI < riSubSec/Acc ile tahmin edilen kalıntılar için sembol. Varsayılan: `.'.

atlamak
sorunlar, kılavuz, ipuçları, gösterim, txt, bilinen, YAPILDI, Tarih, tarih, aa, Lhssp, numaa,
kod

saf PROF'i SAF formatına dönüştürün

scrAddYardım
scrHedef
sinir ağı anahtarlama

scrHelpTxt
Kabul edilen giriş dosyası biçimleri:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,isviçre

yazı
list_of_files (veya tek dosya) parametre_dosyası

scrName
profesör

scrNarg
2

sn ikincil yapıyı tahmin et, yalnızca

sessiz
ekrana hiçbir bilgi yazılmadı - bu varsayılan değerdir

atlaEksik
girdi dosyası eksikse iptal etmeyin!

Kaynak dosyası
profesör

test
sadece bir testtir (daha hızlı)

param-değerlerinde-jobid-in-translate
'jobid' dizesi $par{jobid} ile değiştirilir

tst program üzerinden hızlı çalıştırma, düşük doğruluk

kullanıcı
Kullanıcı adı

--versiyon
Baskı versiyonu

onworks.net hizmetlerini kullanarak prof'u çevrimiçi kullanın