showfeate - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

showfeat - Bir dizinin özelliklerini güzel biçimde göster

SİNOPSİS

gösteriş -sıra devamı [-kaynak eşleşmesi dizi] [-tür eşleşmesi dizi] [-etiket eşleşmesi dizi]
[-değer eşleşmesi dizi] [-çeşit liste] [-birleştirme özellikleri boole] [-Dipnot menzil]
-html boole -İD boole -tanım boole ölçeğindeki boole -Genişlik tamsayı
-çöküş boole -ileri boole -ters boole -Bilinmeyen boole
-iplik boole -Menşei boole -durum boole tipi boole -etiketler boole
-değerler boole -sıkı etiketler boole -outfile dış dosya

gösteriş -Yardım

AÇIKLAMA

gösteriş EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Görüntü,Özellik tabloları" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.

SEÇENEKLER

Giriş Bölüm
-sıra devamı

Ek Bölüm
-kaynak eşleşmesi dizi
Varsayılan olarak, özellik tablosundaki herhangi bir özellik kaynağı gösterilir. Bunu eşleşecek şekilde ayarlayabilirsiniz
göstermek istediğiniz herhangi bir özellik kaynağı. Kaynak adı genellikle ya kaynağın adıdır.
özelliği algılayan program veya özellik tablosu (örneğin: EMBL)
özelliği geldi. Kaynak, '*' kullanılarak joker karaktere dönüştürülebilir. Daha fazlasını göstermek isterseniz
birden fazla kaynak varsa, adlarını '|' karakteriyle ayırın, örneğin: gen* | embl Varsayılan
değer: *

-tür eşleşmesi dizi
Varsayılan olarak, özellik tablosundaki herhangi bir özellik türü gösterilir. Bunu eşleşecek şekilde ayarlayabilirsiniz
göstermek istediğiniz herhangi bir özellik türü. Görmek http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ bir liste için
EMBL özellik türleri ve Swissprot kullanıcı kılavuzunun Ek A'sına bakın.
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot özellik türlerinin listesi için.
Tür, '*' kullanılarak joker karaktere dönüştürülebilir. Birden fazla tür göstermek istiyorsanız,
adlarını '|' karakteriyle ayırın, örneğin: *UTR | intron Varsayılan değer: *

-etiket eşleşmesi dizi
Etiketler, bir özelliğin sahip olabileceği ekstra değer türleridir. Örneğin, EMBL'de
özellik tablosunda, bir 'CDS' tipi özellik '/codon', '/codon_start' etiketlerine sahip olabilir,
'/db_xref', '/EC_number', '/kanıt', '/istisna', '/işlev', '/gen', '/etiket',
'/harita', '/not', '/sayı', '/kısmi', '/ürün', '/protein_id', '/sözde',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' veya '/usedin'.
Bu etiketlerin bazılarının değerleri de vardır, örneğin '/gene',
gen adı. Varsayılan olarak, özellik tablosundaki herhangi bir özellik etiketi gösterilir. Bunu ayarlayabilirsiniz
göstermek istediğiniz herhangi bir özellik etiketiyle eşleştirmek için. Etiket, '*' kullanılarak joker karaktere dönüştürülebilir. Eğer
birden fazla etiket göstermek istiyorsanız, adlarını '|' karakteriyle ayırın, örneğin:
gen | etiket Varsayılan değer: *

-değer eşleşmesi dizi
Etiket değerleri, bir özellik etiketiyle ilişkili değerlerdir. Etiketler ekstra türleridir
bir özelliğin sahip olabileceği değerlerdir. Örneğin, EMBL özellik tablosunda, bir 'CDS' tipi
özellik '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' etiketlerine sahip olabilir,
'/kanıt', '/istisna', '/işlev', '/gen', '/etiket', '/harita', '/not', '/numara',
'/kısmi', '/ürün', '/protein_id', '/sözde', '/standart_adı', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table' veya '/usedin'. Bu etiketlerin yalnızca bazılarında olabilir
değerler, örneğin '/gene' gen adının değerine sahip olabilir. Varsayılan olarak herhangi
özellik tablosundaki özellik etiketi değeri gösterilir. Bunu herhangi bir özellikle eşleşecek şekilde ayarlayabilirsiniz.
göstermek istediğiniz etiket değeri. Etiket değeri '*' kullanılarak joker karaktere dönüştürülebilir. Eğer istersen
birden fazla etiket değeri göstermek için adlarını '|' karakteriyle ayırın, örneğin: pax*
| 10 Varsayılan değer: *

-çeşit liste
Varsayılan değer: başlangıç

-birleştirme özellikleri boole
Varsayılan değer: N

-Dipnot menzil
İşaretleyerek açıklama eklenecek bölgeler. Bu boş bırakılırsa, açıklama eklenmez. A
bölge kümesi, isteğe bağlı metin tarafından takip edilen bir dizi konum çiftiyle belirtilir.
Konumlar tam sayılardır. Bunları herhangi bir metin izler (ancak ekrandayken rakamlar değil).
Komut satırı). Bölge spesifikasyonlarının örnekleri şunlardır: 24-45 yeni alan 56-78 eşleşmesi
Fare 1-100 Birinci kısım 120-156 oligo Açıklama eklenecek bir aralık dosyası (satır başına bir aralık)
'@dosyaadı' olarak belirtilebilir.

Advanced Bölüm
-html boole
Varsayılan değer: N

-İD boole
Dizinin kimlik adını görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın.
Varsayılan değer: Y

-tanım boole
Dizinin açıklamasını görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın.
Varsayılan değer: Y

ölçeğindeki boole
Ölçek çizgisini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. Varsayılan değer: Y

-Genişlik tamsayı
ASCII karakterli grafik görüntüsünün genişliğini genişletebilir (veya daraltabilirsiniz).
Bu değeri kullanan özelliklerin konumları. Örneğin, 80 karakterlik bir genişlik
standart bir sayfa genişliğini ve 10 karakterlik bir genişliği kapsayacaktır.
okunamaz. Genişlik 4'ten az olarak ayarlanırsa, grafik çizgileri ve ölçek çizgisi
görüntülenmeyecek. Varsayılan değer: 60

-çöküş boole
Bu ayarlanırsa, aynı kaynaktan ve aynı tip ve anlamdaki özellikler
hepsi aynı satıra yazdırılır. Örneğin, EMBL'den birkaç özellik varsa
hepsi aynı anlamda 'ekson' türü olan özellik tablosu (yani aynı kaynak),
sonra hepsi aynı satırda gösterilecektir. Bu ayırt etmeyi zorlaştırır
örtüşen özellikler Bu false olarak ayarlanırsa, her özellik bir
özelliklerin nerede başlayıp nerede bittiğini ayırt etmeyi kolaylaştıran ayrı bir çizgi. Varsayılan
değer: N

-ileri boole
İleri algılama özelliklerini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. Varsayılan
değer: Y

-ters boole
Ters algılama özelliklerini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. Varsayılan
değer: Y

-Bilinmeyen boole
Bilinmeyen duyu özelliklerini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. (yani.
yönselliği olmayan özellikler - tüm protein özellikleri bu türdendir ve bazıları
nükleik özellikler (örneğin, CG açısından zengin bölgeler)). Varsayılan değer: Y

-iplik boole
Özellik dizisini görüntülemek istiyorsanız bunu ayarlayın. Protein özellikleri
her zaman yönsüz ('0' ile gösterilir), ileri '+' ile gösterilir ve geri
'-'. Varsayılan değer: N

-Menşei boole
Unsurların kökenini görüntülemek istiyorsanız bunu ayarlayın. Kaynak adı genellikle
ya özelliği algılayan programın adı ya da
özelliğin geldiği özellik tablosu (örneğin: EMBL). Varsayılan değer: N

-durum boole
Unsurların başlangıç ​​ve bitiş konumunu görüntülemek istiyorsanız bunu ayarlayın. eğer birkaç
özellikler aynı satırda görüntüleniyorsa, başlangıç ​​ve bitiş konumları
virgülle birleştirilmelidir, örneğin: '189-189,225-225'. Varsayılan değer: N

tipi boole
Özelliklerin türünü görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. Varsayılan
değer: Y

-etiketler boole
etiketlerini ve değerlerini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın.
özellikleri. Varsayılan değer: N

-değerler boole
Özelliklerin etiket değerlerini görüntülemek istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın. Eğer
bu false olarak ayarlanır, yalnızca etiket adları görüntülenecektir. etiketler değilse
görüntülenirse, değerler görüntülenmez. 'Çeviri' etiketinin değeri
genellikle çok uzun olduğu için asla görüntülenmez. Varsayılan değer: Y

-sıkı etiketler boole
Varsayılan olarak, bir özellikteki herhangi bir etiket/değer çifti belirtilen etiket ve değerle eşleşirse,
sonra o özelliğin tüm etiketleri/değer çiftleri görüntülenecektir. Bu ayarlanırsa
true ise, yalnızca belirtilen etiketle eşleşen bir özellikteki etiket/değer çiftleri ve
değeri görüntülenecektir. Varsayılan değer: N

Çıktı Bölüm
-outfile dış dosya

onworks.net hizmetlerini kullanarak showfeate'i çevrimiçi kullanın