Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut ugene'dir.
Program:
ADI
ÜGEN - entegre biyoinformatik paketi
SİNOPSİS
UGENE -ui
UGENE [SEÇENEKLER]
AÇIKLAMA
ÜGEN DNA ve protein dizi analizi için platformlar arası bir ortamdır. ÜGEN
en popüler biyoinformatik hesaplama algoritmalarını entegre eder ve hem GUI sağlar
ve genomik verilerin karmaşık analizini gerçekleştirmek için komut satırı arayüzü.
Ana özellikleri ÜGEN:
* Açıklamalı DNA veya protein dizilerinin görüntülenmesi ve analizi
* Kromatogramlar görselleştirme ve düzenleme
* PDB ve MMDB formatlarındaki dosyalar için entegre 3D görüntüleyici
* NCBI veritabanlarına arama isteklerinin entegre desteği
* MUSCLE3, MUSCLE4 ve KALign kullanarak çoklu dizi hizalama
* HMM profilleri, HMMER2 ve HMMER3 kaynağına dayalı olarak oluşturulur ve aranır
* GORIV ve PsiPred'e dayalı modern protein ikincil yapı tahmin algoritmaları
* Phylip ile filogenetik analiz
* Primer3 paketi kullanılarak PCR Primer tasarımı
* Silico'da klonlama
* SITECON kullanarak DNA dizilerinde transkripsiyon faktörü bağlama bölgelerini arayın
* Kısıtlama enzimlerini arayın ve REBASE ile entegrasyon
* Doğrudan ve ters tekrarları arayın
* Bowtie kullanarak DNA referans montajı
* Protein geri çevirisi
* ORF'leri arayın
* Karmaşık hesaplama iş akışları ve sorgular için tasarımcı
ÜGEN modüler bir yapıya sahiptir ve neredeyse tüm işlevselliği eklentiler içinde gelir.
içten ÜGEN kullanarak kar elde etmek için paralellik desteği ile tasarlanmıştır.
çok çekirdekli bilgisayarlar Her hesaplama görevi ÜGEN arka planda gerçekleştirilir ve yapar
grafik arayüz ile kullanıcı etkileşimini engellemez.
SEÇENEKLER
-ui GUI sürümünü çalıştır ÜGEN
--yardım et tüm komut satırı seçeneklerini ve programı kısaca özetleyen bir kullanım mesajı yazdırın
sürümü, ardından çıkın.
--lisans
döküm lisans bilgileri
--görev= or şema-adı> [şema seçenekleri]
verilen iş akışı şemasını çalıştır
--status-bar-gizle
görev durum çubuğunu gösterme
--ini dosyası=
özel UGENE ayarları dosyasını yükle
--log-no-show-seviyesi
günlükte mesaj seviyesini gösterme
--log-no-show-tarih
günlükte tarih ve saat bilgilerini gösterme
--log-no-show-kategorisi
günlükte mesaj kategorisini gösterme
--log-seviye-izleme
izleme günlüğü mesajlarını göster
--log-seviye-yok
günlük mesajlarını gösterme
--log-seviye bilgisi
hata ve bilgi günlüğü mesajlarını göster (varsayılan)
--log-seviye hatası
yalnızca hata günlüğü mesajlarını göster
--log-level-detaylar
ayrıntıları göster günlük mesajları
--log-renk-çıktı
renkli çıktı mesajları
--görev-uzak-makine=
verilen uzak makinede sağlanan görevleri çalıştır
--ugene-canlı kalmak
verilen görevleri bitirdikten sonra ugene'i durdurma
--transl=
Belirtilen dilin çevirilerini yükleyin. Dil, iki harfli bir ISO olarak belirtilir
639 dil kodu
KOMUTLAR
ÜGEN en önemli özellikler için komutlara sahiptir. Komutlar olarak çalıştırılabilir
UGENE [komut argümanları]
UGENE --görev= [komut argümanları]
Çalışan her komut için yardıma bakın UGENE --help= .
Kullanılabilir komutların listesi kullanılarak atılabilir UGENE --Yardım.
onworks.net hizmetlerini kullanarak ugene çevrimiçi kullanın
