Bu, OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan biri kullanılarak çalıştırılabilen wiggle2gff3p komutudur.
Program:
ADI
wiggle2gff3.pl - UCSC WIG formatındaki dosyaları gff3 dosyalarına dönüştürür
SİNOPSİS
wiggle2gff3.pl [seçenekler] WIG_FILE > load_data.gff3
UCSC WIG formatındaki dosyaları GBrowse'a yüklenmeye uygun gff3 dosyalarına dönüştürür
veritabanları. Bu, CNV, SNP ve ifade gibi yüksek yoğunluklu nicel veriler için kullanılır.
diziler.
AÇIKLAMA
Xyplot kullanarak görüntülemek için yoğun nicel verileriniz olduğunda bu dönüştürücüyü kullanın,
yoğunluk veya ısı haritası glifleri ve GBrowse'a yüklenemeyecek kadar çok (binlerce) veri öğesi. Bilişim Teknoloji
nicel verileri içeren bir veya daha fazla alan açısından verimli ikili dosya oluşturur.
ayrıca Chado veya diğer GBrowse veritabanlarına yüklenebilen küçük bir GFF3 dosyası.
Tipik kullanım aşağıdaki gibidir:
% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3
Opsiyonlar
Aşağıdaki seçenekler kabul edilir:
--yöntem= temsil eden GFF3 satırları için yöntemi ayarlayın.
izdeki her nicel veri noktası.
Varsayılan "microarray_oligo"dur.
--kaynak= GFF3 dosyası için kaynak alanını ayarlayın. Varsayılan
hiçbiri.
--gff3 GFF3 biçiminde bir dosya oluşturun (varsayılan)
--featurefile Bir "özellik dosyası" biçiminde dosya oluşturun -- bu
GBrowse yüklemeleri için kullanılan basitleştirilmiş biçim. Bu
seçenek --gff3 seçeneğiyle uyumlu değil.
--sample Doğruysa, çok büyük dosyalar (>5 MB) örneklenecektir
minimum, maksimum ve standart sapmayı elde etmek için; aksi halde
bu istatistikleri elde etmek için tüm dosya taranacaktır.
Bu, dosyaları daha hızlı işler ancak aykırı değerleri kaçırabilir
değerleri.
--yol= İkili kıpırdatmanın yerleştirileceği dizini belirtin
Dosyalar. Varsayılan, geçerli geçici dizindir
(/ Tmp veya işletim sisteminiz için uygun olanı).
--taban= "--path" ile aynı.
--trackname wigfile oluşturma için iz adı tabanını belirtir
--help Bu belge.
Bu komut dosyası, kısaltılmış seçenekler de dahil olmak üzere çeşitli seçenek stillerini kabul edecektir.
("--meth=foo"), tek karakter seçenekleri ("-m foo") ve diğer yaygın değişkenler.
İkili kıpırdatmak Dosyaları
Bu yardımcı program tarafından oluşturulan ikili "kıpırdatma" dosyaları,
Bio::Graphics::Wiggle modülü. Nicel veriler 1-255 aralığına ölçeklenir
(çok fazla hassasiyet kaybeder, ancak yine de veri görselleştirme için fazlasıyla yeterli) ve depolanır
her dosyanın tek bir kromozomun uzunluğuna karşılık geldiği paketlenmiş bir biçimde veya
devam
Bir kez oluşturulduktan sonra, dikkatli olmadıkça ikili dosyalar taşınmamalı veya yeniden adlandırılmamalıdır.
GFF3'te "wigfile" özniteliği tarafından verilen yol adlarında ilgili değişiklikleri yapın
dosya özelliği satırları. Kopyalamak için cp komutunu kullanırken de dikkatli olmalısınız.
ikili dosyalar; eksik veriler olmayacak şekilde "delikler" ile biçimlendirilirler.
diskte herhangi bir yer kaplar. Onları cp yaparsanız, delikler sıfırlarla dolar ve
yer tasarrufu kaybolur. --sparse seçeneğiyle "tar" komutunu kullanmak daha iyidir.
dosyaları bir yerden başka bir yere taşıyın.
Örnek E-posta PERUK fileto
Bu örnek şuradanhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:
# dosya adı: örnek.wig
#
# 300 tabanlı geniş çubuk grafik, otomatik ölçeklendirme varsayılan olarak açıktır == grafik oluşturma
# limitler her zaman tam veri aralığını gösterecek şekilde dinamik olarak değişecek
# görüntüleme penceresinde, öncelik = 20 bunu ikinci grafik olarak konumlandırır
# Not, sıfır göreli, yarı açık koordinat sistemi yatak formatı için kullanılıyor
track type=wiggle_0 name="Yatak Formatı" açıklama="BED formatı" \
görünürlük=tam renkli=200,100,0 altColor=0,100,200 öncelik=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# Keyfi aralıklı konumlarda 150 tabanlı geniş çubuk grafik,
# y=11.76'da çizilen eşik çizgisi
# autoScale kapalı görüntüleme aralığı [0:25] olarak ayarlandı
# öncelik = 10 bunu ilk grafik olarak konumlandırıyor
# Not, bu format için kullanılan tek göreli koordinat sistemi
parça tipi=wiggle_0 name="variableStep" açıklama="variableStep formatı" \
görünürlük=tam autoScale=kapalı viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=öncelikte=10
değişkenAdım krom=chr19 aralık=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# Her 200 bazda 300 taban geniş nokta grafiği, 50 piksel yüksek grafik
# autoScale kapalı ve görüntüleme aralığı [0:1000] olarak ayarlandı
# öncelik = 30 bunu üçüncü grafik olarak konumlandırıyor
# Not, bu format için kullanılan tek göreli koordinat sistemi
parça tipi=wiggle_0 name="sabit Adım" açıklama="sabit adım" görünürlük=tam \
autoScale=viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=puan önceliği=30
sabit Adım krom=chr19 başlangıç=59307401 adım=300 açıklık=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100
Bunu, aşağıdaki komutla yüklenebilir bir GFF3 dosyasına dönüştürebilirsiniz:
wiggle2gff3.pl --meth=örnek --so=örnek --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> örnek.gff3
Çıktı şöyle görünecektir:
##gff-sürüm 3
chr19 örnek örnek 59302001 59304700 . . . İsim=Yatak Formatı;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 örnek örnek 59304701 59308020 . . . Ad=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 örnek örneği 59307401 59310400 . . . Ad=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig
onworks.net hizmetlerini kullanarak wiggle2gff3p'yi çevrimiçi kullanın
