Bu, en son sürümü Sample_Files.zip olarak indirilebilen BIRAP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
BIRAP adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
BİRAP
AÇIKLAMA
BIRAP (Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline), deneysel verileri kullanarak bakteri genomlarını yeniden açıklamak için kullanılabilen, açık kaynaklı, kullanımı kolay bir Perl boru hattıdır. Araç, RNA-seq ve/veya proteogenomikten türetilen ekspresyon profilini entegre eder, bunu mevcut in silico notasyonu ile karşılaştırır ve notasyonun doğrulanmasına, yeni protein kodlama bölgelerinin, varsayılan kodlamayan RNA'nın tanımlanmasına ve ayrıca mevcut notasyondaki hataların düzeltilmesine yardımcı olur. . İşlem hattı, RNA-seq verileri için SAMtools'tan "birikme" çıktısı ve genomla birlikte prote-ogenomik verileri için Proteogenomik Haritalama aracından peptit/ePST lokus dosyası (GFF) gerektirir ve silico ek açıklamasında bulunur. Genomdaki destekleyicilerin ve sonlandırıcıların yeri ile ilgili bilgiler (.coords formatında) sağlandığında, ardışık düzen aynı zamanda kodlamayan RNA'nın tanımlanmasına da yardımcı olacaktır.
Özellikler
- bakteri genomlarının intergenik bölge analizi
- bakteri genomlarının yeniden açıklanması
- küçük RNA (sRNA) tespiti
- RNA seq
- Proteogenomik
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Konsol/Terminal, Komut satırı
Programlama dili
Perl
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/birap/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
