Bu, en son sürümü EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalıştırılacak EXCAVATOR-tool adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için EXCAVATOR-tool adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
Çevrim içi Linux'ta çalıştırılacak EXCAVATOR aracı
TANIM
DİKKAT!!!!!DİKKAT!!!!!DİKKAT!!!!!DİKKAT!!!!!Yakın zamanda BMC Genomics'te, kısa ve uzun okumalı tam genom dizileme deneylerinden CNV'lerin/CNA'ların tanımlanması için XCAVATOR adlı yeni bir yazılım paketi yayınladık (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR ücretsiz olarak şuradan edinilebilir: http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR, tam ekzom dizileme verilerinden kopya numarası değişkenlerinin (CNV'ler) tespiti için yeni bir yazılım paketidir.
EXCAVATOR, Genome Biology'de yayınlandı (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
###################
DİKKAT!!!!! EXCAVATOR aracını doğru bir şekilde kullanmak için, kullanıcıların aşağıdaki bağlantıdan benzersiz eşlenebilirlik dosyalarını indirmesi gerekir:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (hg19 için)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Özellikler
- Yeni nesil sıralama
- Numara Çeşitlerini Kopyala
- Tüm Exome Dizileme
Programlama dili
Perl
Bu, https://sourceforge.net/projects/excavatortool/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.