Bu, en son sürümü fusioncatcher_v1.33.zip olarak indirilebilen FusionCatcher adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
FusionCatcher adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
Füzyon Yakalayıcı
Ad
TANIM
FusionCatcher, hastalıklı örneklerden alınan RNA-seq verilerinde (Solexa ve HiSeq gibi Illumina NGS platformlarından çift uçlu okumalar) yeni/bilinen somatik füzyon genleri, translokasyonlar ve kimeraları arar.
FusionCatcher'ın amaçları şunlardır:
- aday füzyon genlerini bulmak için çok iyi tespit oranı,
- kullanımı çok kolay (yani, FusionCatcher'ı çalıştırmak için veritabanları ve biyoinformatik hakkında önceden bilgi sahibi olmak gerekmez),
- örneğin IGH füzyonları, CIC füzyonları, DUX4 füzyonları, CRLF2 füzyonları, TCF3 füzyonları vb. gibi zorlu füzyon genlerinin çok iyi tespiti.
- mümkün olduğunca otomatik olmak (yani FusionCatcher, aday füzyon genlerini bulmak için en iyi parametreleri otomatik olarak seçecektir, örneğin, adaptörleri otomatik olarak bulmak, ekson-ekson bağlantılarını girdi okumalarının uzunluğuna göre otomatik olarak oluşturmak, vb.) füzyon genlerini bulmak için mümkün olan en iyi tespit oranını sağlarken.
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Python
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.