Bu, en son sürümü binaries.zip olarak indirilebilen JSiteDescriptor adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
JSiteDescriptor adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
JSite Tanımlayıcısı
Ad
AÇIKLAMA
PDB dosyalarından koordinat ve kimyasal bilgileri çıkaran bir dizi java programı.
Bağlanma yeri bölgeleri, ızgaraya dayalı şema kullanılarak çıkarılır.
Bağlanma bölgesi için, Dr. Kalidas'ın (bu projenin de yazarı) PocketMatch algoritmasına dayalı olarak uzaysal-kimyasal tanımlayıcı oluşturulur.
Özellikler
- Bir bağlama sitesi için PocketMatch tabanlı vektör tanımlayıcının üretilmesi
- Tek PDB dosya modunda veya Toplu modda çalıştırma
- Sitenin ligand komşuluğu olarak belirtilmesi - (Ligand kodu, adı ve zincir kimliği)
- DÜZENLİ İFADELER kullanılarak sitenin PDB alt küme mahallesi olarak belirtilmesi
- Bir bağlanma bölgesini kaplayan birden çok atom aralığının belirtilmesi
- Toplu mod işleme dosyası, XML dosyası aracılığıyla giriş parametrelerini yakalar + XSD belirtimine uygun
- Daha fazla yapılandırılabilirlik - siteler için kalıntı grubu seçimi, yarıçap ve kategoriler
- GUI için Java Swing teknolojisi
- Gelecekteki geliştirme için basit ve genişletilebilir yazılım mimarisi
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Java Salıncak
Programlama dili
Java
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
