Bu, en son sürümü kSNP3.1_Linux_package.zip olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak kSNP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için kSNP adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
kSNP Linux'ta çevrimiçi çalışacak
Ad
AÇIKLAMA
kSNP, bir dizi genom dizisindeki pan-genom SNP'lerini tanımlar ve bu SNP'lere dayalı olarak filogenetik ağaçları tahmin eder. SNP keşfi, k-mer analizine dayanır ve çoklu dizi hizalaması veya referans genom seçimi gerektirmez, bu nedenle kSNP girdi olarak 100'lerce mikrobiyal genom alabilir. Bir SNP lokusu, merkezi bir SNP alelini çevreleyen k uzunluğundaki bir oligo tarafından tanımlanır. kSNP, birleştirilmiş contig'lerde veya ham, birleştirilmemiş okumalarda hem tamamlanmış (bitmiş) genomları hem de bitmemiş genomları analiz edebilir. Tamamlanmış ve tamamlanmamış genomlar birlikte analiz edilebilir ve kSNP, tamamlanmış genomların Genbank dosyalarını otomatik olarak indirebilir ve bu dosyalardaki bilgileri SNP notuna dahil edebilir.Gardner, SN ve Hall, BG 2013. Tüm genom hizalamaları işe yaramadığında: hizalama gerektirmeyen SNP keşfi ve yüzlerce mikrobiyal genomun filogenetiği için kSNP v2 yazılımı. PLoS BİR, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Bu, https://sourceforge.net/projects/ksnp/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
